کتاب فرات، تفسیرى است روایى; همانند تفسیر عیاشی و تفسیر علی بن ابراهیم قمی که به روش تفاسیر روایی، روایات تفسیری و تطبیقى را جمع آورى کرده و بیشترین موضوعش درباره اهل بیت - علیهم السلام - است.
مرحوم صدوق - از شیعه - و برخى دیگر از قدما، مانند حاکم حسکانی - از اهل سنت - از فراتکوفى و کتابش روایت کرده اند و او را معتمد خودشان دانسته اند. این کتاب مدتى پس از تألیف از حضور در مجامع و کتابخانه ها مخفى بود; تا اینکه مرحوم علامه مجلسی به آن دسترسى پیدا مى کند و روایات وى را در کتاب خود بحارالانوار نقل مى کند. روایات تفسیری در این کتاب بر اساس ترتیب سوره ها و آیه ها است و روش مفسر در نقل اسامى روات و مشایخ حدیثى خود گزیده گویى و اشاره است. در این تفسیر، جز نقل حدیث، کلامى از مؤلف در توضیح آن روایات یا نقد وجود ندارد و نکته و یا تعلیقه اى افزوده نشده است.
سرآغاز کتاب با مقدمه اى درباره جایگاه اهل بیت - علیهم السلام - در تفسیر و فضیلت آن شروع مى گردد. آن گاه مؤلف روایات تفسیری و تطبیقى و تأویلى را که عمدتاً در باب اهل بیت - علیهم السلام - است، نقل مى کند. بنابراین عمده گزینش این روایات، چه در توضیح و تبین آیات و چه در منطبق کردن آیات به امیرمؤمنان و اهل بیت - علیهم السلام - ، با جهت گیرى کلامى است.
