مهم ترین اثر او كتاب سنن است كه در زمینه ابواب فقهی (طهارت تا دیات) در دو جلد نگاشته و در میان صحاح سته اهل سنت به عنوان آخرین كتاب از نظر اعتبار شناخته شده است. البته غالباً مؤلفان مالکی به جای سنن ابن ماجه، موطأ مالک را به عنوان كتاب معتبر در میان صحاح سته می شناسند
. گذشته از طرفداران مذهب مالکی، شماری از صاحب نظران ؛ هم چون ابن اثیر جزری، موطأ مالک را بر سنن ابن ماجه ترجیح داده و برخی دیگر سنن دارمی را از سنن ابن ماجه برتر می دانند
.
سنن ابن ماجه دارای ۴۳۴۱ حدیث است كه حدود ۳۰۰۲ حدیث آن در پنج كتاب دیگر از میان صحاح آمده و از میان روایات باقیمانده تنها ۴۲۸ حدیث به عنوان روایت صحیح شناخته شده است
