گفته‌اند علت این اختلاف، برداشت‌های متفاوت از توقف پیامبر صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم بر یک کلمه، هنگام قرائت است. برخی پنداشتند محل وقف پیامبر صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم فاصله میان دو آیه نیست؛ در نتیجه، آن آیه را به بعد آن وصل می‌کردند. برخی دیگر، آن را وقف و خاتمه آیه تلقی کرده و به ادامه آن وصل نمی‌کردند؛ لذا در شمارش آیات در مصاحف اختلاف پدید آمد. شاید هم علت اختلاف، نبودن هرگونه علامت در مصاحف مختلفی باشد که عثمان به اطراف فرستاد. به هر حال، امروزه تقریبا بیشتر آیات قرآن با روش کوفیان شمارش می‌شود که ابوعبدالرحمان سلمی از امیرمؤمنانعلی بن ابی طالب علیه‌السّلام نقل کرده است.
شماره آیات قرآن در دیدگاه‌های مختلف به شرح ذیل است: ۱. ۶۲۳۶ آیه به شماره کوفی که به امام علی علیه‌السّلام منسوب است و حمزه و کسائی و خلف ، آن را نقل کرده‌اند؛ ۲. ۶۲۲۶ آیه به عدد شامی، منسوب به یحیی بن حارث (ابی الحرث) ذماری و عبدالله ابن عامر؛ ۳. ۶۲۲۰ آیه به عدد مکی، منسوب به عبدالله ابن کثیر که یکی از قاریان سبعه است و از مجاهد از ابن عباس از ابی بن کعب نقل می‌کند؛ ۴. ۶۲۱۹ آیه به عدد بصری، منقول از قتاده ؛ ۵. ۶۲۱۸ آیه، منقول از ابن مسعود ؛ ۶. ۶۲۱۷ آیه، عدد مدنی اول، این شماره به کسی منسوب نیست و اهل کوفه آن را به صورت مرسل از اهل مدینه نقل می‌کنند، و نافع ؛ ۷. ۶۲۱۶ آیه، منقول از ابن عباس و ابن سیرین ؛ ۸. ۶۲۱۴ آیه، عدد مدنی اخیر، که منسوب به ابو جعفر یزید بن قعقاع و شیبة بن نصاح است که اسماعیل بن جعفر بن ابی کثیر انصاری به واسطه سلیمان بن جماز از آن دو روایت کرده است؛ ۹. ۶۲۱۲ آیه، منقول از حمید اعرج ؛ ۱۰. ۶۲۱۰ آیه، صاحی تفسیر تبیان این قول را از ابوجعفر که جزء مدنی اخیر است نقل می‌کند. ابن ندیم نیز آن را از ابی بن کعب، و زعفرانی نیز از عکرمة بن سلیمان نقل کرده‌اند؛ ۹. ۶۲۰۵ آیه، عدد بصری منسوب به عاصم بن عجاج جحدری ، و منقول از ایوب بن متوکل بصری ؛ ۱۱. ۶۱۷۰ آیه، منقول از عطاء بن یسار ؛ ۱۲. ۶۶۶۰ آیه، منسوب به میبدی .
[۱]ابن عطیه متاخر، عبد الحق بن غالب، - ۵۴۶ق، مقدمتان فی علوم القرآن، ص۲۴۶.
