به سال سوم ق. اندکی پیش از غزوه احد ، پیامبر صلی الله علیه و آله با دریافت فرمانی از خداوند، از همه مسلمانانی که در خانه‌های آن‌ها به مسجد باز می‌شد، خواست تا این درها را ببندند و در این میان، تنها در خانه علی مستثنا شد. پیامبر در پاسخ به اعتراض برخی، این حکم را از سوی خداوند دانست.
این خانه تا روزگار ولید بن عبدالملک همچنان پا بر جای بود تا این‌که در گسترش مسجد به سال ۸۸ق. حسن مثنی، فرزند امام حسن مجتبی ، و فاطمه دختر امام حسین به فرمان عمر بن عبدالعزیز ، والی حرمین شریفین (۸۷-۹۳ق.) به اجبار از این خانه بیرون شدند و خانه ویران شد.
[۱۳]التعریف بما آنست الهجره،محمد المطري، ج۱، ص۱۰۳.
؛ اما از زمان دقیق آن سخن نگفته‌اند. گویا منظور از این بازسازی، ترمیم دیوار شرقی به سال ۱۷۳ق. به دست محمد بن عبدالله بن سلیمان، والی هارون عباسی (حک:۱۷۰-۱۹۳ق.) در مدینه است.
در گسترش دوم دوران سعودی به سال ۱۴۱۳ق. در ضلع شرقی دری به نام «باب امیر المؤمنین علی بن ابی طالب رضی الله عنه» گشوده شد. این در دارای هفت ورودی است. دو ورودی مستقل در کنار و پنج ورودی در وسط جای دارند که هر یک از آن‌ها را دو ستون تزیین شده با سنگ مرمر سفید فراگرفته است. بر بالای ستون‌ها، تاج زیبای مسی قرار گرفته و بر فراز ورودی‌ها، هفت طاق مزین به سنگ‌های سیاه و سفید ساخته شده است. این در، سه پله بالاتر از سطح زمین قرار دارد.
