بخارا
ذخیره مقاله با فرمت پی دی اف
بُخارا، شهر و استانی در جمهوری ازبکستان می‌باشد، شهر بخارا، در مشرق قسمت سفلای حوضه آبریز رود زرافشان و در قسمت بالای آبراه شاهرود واقع است.
درباره نام بخارا نظرها متفاوت است.بعضی برآنند که بخارا به معنای پرستشگاه است که در زبان سنسکریت به صورت ویهارا آمده است. جوینی مشابه این نظر را ابراز داشته، و بخارا را مجمع بزرگان هردین نامیده است.وی می‌نویسد: اشتقاق بخارا از بخار است و این لفظ به لغت بت‌پرستان اویغور و ختای نزدیک است که معابد ایشان را بخار گویند و در زمان گذشته نام شهر بُمْجِکَث بوده است.
ابن حوقل می‌نویسد: بخارا را بومجکث نیز گفته‌اند.
به گفته فرای: شهری به نام بُخار۴ در ایالت بیهار۵ هند وجود داشت که ریشه هر دو نام را ویهارا گفته‌اند که بر معابد بودایی اطلاق می‌شود.احتمال دیگر آن است که نام بخارا (در ترکی قدیم بُخارَک = بُقارَق) مشتق از ویهارا باشد.
چینیان از سده ۵م آن را نومی نوشته‌اند که با نام نومیجکت مشهور در عهد اسلامی مطابقت دارد.بخارا که نام چینی آن را بوخو نوشته‌اند،
نخستین‌بار به احتمال در نوشته هسیوآن تسانگ۶ جهانگرد بودایی چینی که در ۶۲۹م از بخارا دیدن کرده، آمده است.بعضی نام بوخو را بوخه خوانده‌اند.
گمان می‌رود این همان بُقار در زبان ترکی - مغولی باشد که صورت سنسکریت آن ویهارا (پرستشگاه) بوده است.
به نظر می‌رسد که در بخارا و یا اطراف آن، همانند بلخ و سمرقند، پرستشگاه بوداییان وجود داشته است. وضع شهر مؤید وجود پرستشگاهی در سده ۴ق/۱۰م بوده است.
مقدسی بنابر قولی ریشه نام بخارا را «کوه خوران» نوشته که گویا «ه» و «و» را برای تخفیف‌انداخته‌اند که «کخارا» شد.سپس «ک» را به «ب» بدل کردند تا ریشه‌اش از مردم پنهان ماند.وی بیتی را نیز در تایید این نظر ارائه کرده است.
یاقوت از قول محمود بن داوود بخاری دو بیت با همان مضمون آورده است
که پذیرش آن دشوار می‌نماید.گروه دیگری از محققان این نظر را نمی‌پذیرند.هنینگ عنوان چینی بخارا را «پوخو۱»، و بنا به نوشته شاوان «پو خوئو۲» و ترکی آن را «بوقاراق» دانسته که به معنای میمون و مبارک (فرخ) است.
بر سکه‌های مسین بخارا این نام به صورت «پوخار» آمده است. «رویداد نامه مسیحی سغدی» عنوان فارسی «خواتو» را در مورد بخارا به کار برده که به معنای خدا و بزرگ است و حالت جمع آن در متون بودایی به صورت «گودائوته» (= قوقائوته) آمده است.
عنوان فرمانروایان بخارا، بخار خدات (سغدی: بوکارکودات) بود
(که بخار خدات را متاثر از زبان عربی، و اصل آن را بخار خدا دانسته است). عنوان سغدی «گَوْ» (= قو) از قدیم‌ترین عنوانهای آسیای مرکزی است که پیش از سده ۴م بر سکه‌های ضرب شده در بخارا دیده شده است.بر سکه‌های مسین بخارا نخست واژه «پوخار» و در سمت چپ آن عنوان «گَو» ضرب شده است.
واژه پوخار را می‌توان برآمده از واژه سغدی «فوخار» به معنای نیکبخت دانست.
گرشویچ و هنینگ آن را صورتی از واژه «فرخ» در پارسی میانه دانسته‌اند.
در متن‌های سغدی مسیحی «فوخار» به معنای فرخ‌صورت‌دیگری‌از واژه یاد شده در زبان پارسی میانه است.
نرشخی می‌نویسد: در حدیثی نام بخارا «فاخره» آمده است.
سامی بخارا را «دارالفاخره» خوانده است.
محتمل است نام فاخره تصحیفی از نام فوخار بوده باشد.واژه «گَو» از واژه اوستایی «هواره» به معنای زیبا و نیک برآمده، و در عنوان ایزدان به کار می‌رفته است.بر روی سکه‌های بخارا عنوان فرمانروای نیکبخت بخارا ضرب شده است.
ابوالحسن عبدالرحمان نیشابوری در کتاب خزائن العلوم نام دهقان بزرگ بخارا را جَموک (حموک) نوشته، و متذکر شده است که جموک به زبان بخاری گوهر، و واژه کَت به معنای شهر است و کسی که بزرگ باشد، او را به زبان بخاری جموک خوانند
در متن حموکت آمده است، ولی جموکت درست‌تر می‌نماید.اسمیرنووا جموک را درست می‌داند و بر آن است که جموک نام دهقان و مهتر مهاجرانی بود که در اسپیجاب شهری بنا کرد و آن را جموکت (شهر جموک) نامید.
طبری در ماجرای قتل خاقان ترک در ۱۱۹ق/۷۳۷م به دست کورصول از افراد خاندان جموک - که اسمیرنووا او را «کولچور» نامیده اصطلاح (اهل بیت حموکیین) را به کار برده است.
در تاریخ بخارا آمده که نامهای بخارا بسیار، و از جمله آنها نیمجکت است.
این نام با نام نومیجکت که بارتولد بدان اشاره کرده، نزدیک است.
نرشخی نام بومسکت را نیز برای بخارا یاد کرده، و نوشته است که در زبان عربی این شهر را مدینه الصفریه (شارستان رویین) و مدینه التجار (شهر بازرگانان) نامیده‌اند و نام بخارا از همه معروف‌تر است.
در ۱۰۸ق/۷۲۶م خوی چائوی چینی ضمن ارائه مطالبی پیرامون سرزمین «خو۱»، بخارا را شهر «آن۲» و بخشی از سرزمین «خو» نامیده است.
در مآخذ چینی فرمانروای بخارا «آن‌نئومی» و نیز «پو - هو» نامیده می‌شد و عنوان او «چژائو» بود.
اسمیرنووا نیز همین عنوان را برای فرمانروایان بخارا ذکر کرده است.
از مطالب مندرج در روایات می‌توان چنین نتیجه گرفت که چژائو که در مآخذ چینی به صورت «تسیائو - میو» نیز آمده، با حموک در مآخذ اسلامی منطبق است.
باید افزود که نام بخارا به صورت کنونی آن تا سده ۷م در مآخذ دیده نشده است.
در دوره اسلامی بخارا را قبه الاسلام شرق، نیز خوانده‌اند.
بخارا در جلگه واقع در مسیر سفلای رود زرافشان و کنار کانال شاهرود (شهر رود) در مرکز بخارا واقع است.آگاهی درباره بخارا به روزگار پیش از اسلام‌اندک است.در عهد باستان، ایرانیان در اطراف رود زرافشان جایگاهها و شهرهایی داشتند.
داستان بنای بخارا با افسانه آمیخته است.در بعضی نوشته‌های کهن بخارا دیه و جایگاه پادشاهان بوده که گویا افراسیاب آن را بنا کرده است.پس از آن، به صورت شهر درآمد و پادشاهان در فصل زمستان بدین شهر می‌آمدند.مغان گفته‌اند که در بخارا آتشکده‌ای برپا بود و گویا گور افراسیاب به دروازهمعبد بر در شهر بخارا بوده است.
ابوالحسن عبدالرحمان نیشابوری مدفن سیاوش را نیز در بخارا کنار دروازه غوریان نوشته، و یادآور شده است که مغان بخارا را بدان سبب عزیز می‌دارند و در نوروز پیش از برآمدن آفتاب مردم بخارا را در سوگ سیاوش نوحه‌هاست، چنانکه در همه ولایتها معروف است و این سخن زیادت از ۳ هزار سال است.
وجود اشیائی از عصر مفرغ، نشانه‌ای بر وجود زیستگاههایی در بخارا طی هزاره ۲ق‌م است.نام واحه بخارا در کتیبه داریوش در بیستون، «تاریخ» هرودت و نیز در اوستا نیامده است.می‌توان چنین تصور کرد که بخارا در آن زمان جزو ساتراپ‌نشین سغدیانا (سغد) بوده است.مورخان دوره اسکندر نیز اطلاعی در این باب نداده‌اند.تنها آریان و کوینتوس کورتیوس نوشته‌اند: بر ساحل سفلای رودی که ما آن را به نام پولی تیمتوس۳ (زرافشان) می‌شناسیم، پیش از آنکه آب رود در ریگزارها فرو رود ویا وارد دریاچه آمویه گردد، زیستگاههای متعددی وجود داشته است.
در سده ۲ق‌م قبایلی بیابانگرد ظاهراً در واحه بخارا سکنی گزیدند.
احتمالاً قدیم‌ترین مدارک درباره سکنای انسان در محل شهر کنونی بخارا مربوط به سده نخست و اوایل سده ۲م است.
در کاوشهایی که در یکی از مساجد بخارای کنونی (مسجد مغاک عطار) توسط شیشکین صورت گرفت، در عمق ۱۲ متری سفالینه‌هایی به دست آمد که احتمالاً مربوط به سده ۱م است.مسجد مغاک عطار، ظاهراً همان مسجد ماخ در سده‌های میانه است.
اسکندر مقدونی پس از پایان درگیری در ۳۳۱ق‌م، پیشروی در آسیای مرکزی را آغاز کرد.فرمانروایان بلخ و سغد، همراه با هندوان زیر فرمان بِسوس ساتراپ بلخ، برای مقابله با اسکندر متحد شدند.
بسوس به بلخ رفت،
زیرا در آنجا موقعیت استواری داشت.او توانست از پشتیبانی دو تن از بزرگان سغد به نامهای اُخیارتِس و اسپیتامِنِس بهره‌مند شود.اسکندر درصدد دستگیری بسوس برآمد، ولی بسوس که از رویارویی مستقیم پرهیز داشت، به سوی آمودریا رفت، همه زورقها را نابود کرد و هرچه بر سر راه بود، به آتش کشید و خود را به اسپیتامنس رسانید.با پیشرفت اسکندر، اسپیتامنس به سوی بخارا عقب نشست؛ اما بسوس در جای خود باقی ماند و اسیر شد.
اسکندر که در مسیر خود، همه چیز را سوخته و ویران دید، ناگزیر به بلخ بازگشت.اسپیتامنس این پیروزی را در بخارا که اقامتگاه زمستانی شاهان سغد بود، جشن گرفت.
بنابر نوشته یعقوبی بخارا از جمله شهرهای تابع شاهان ایران بود.
ابوالحسن عبدالرحمان نیشابوری بخارا را از جمله‌شهرهای خراسان نوشته است.
وی از رودی بزرگ جاری به سوی سمرقند یاد کرده است که آب آن به شن‌زارها می‌رفت و گِل بسیار به همراه می‌آورد تا به فرب یکی از نواحی بخارا می‌رسید.تا اینکه موضع بخارا «آکنده شد و زمین راست شد و آن رود عظیم سغد شد و این موضع آکنده بخارا شد و مردمان از هر جانب جمع آمدند و آنجا خرمی گرفت و مردمان از جانب ترکستان آمدندی...آن مردمان را این ولایت خوش آمد، اینجا مقام کردند و اول در خیمه و خرگاه ایستادند و به روزگار، مردم گرد آمدند و عمارتها کردند».
به نظر می‌رسد که هفتالیان از اواسط سده ۵م بر واحه بخارا و نیز بر بخش بزرگی از مناطق فرهنگی شرق ایران فرمانروایی داشتند.به احتمال عناصر ترک و آلتایی نیز در میان هفتالیان بوده‌اند، اما بخش عمده مردم از نظر زبان به ظاهر، و از نظر فرهنگ قطعاً ایرانی بوده‌اند.
در تاریخ بخارا از قول ابوالحسن عبدالرحمان نیشابوری که ظاهراً به دوره موردنظر (سده‌های ۵ و ۶م) مربوط می‌شود، شخصی به نام ابروی (ابرزی) فرمانروای هفتالیان بر واحه حکومت می‌کرد که چون بزرگ شد، ستم پیشه کرد.مردم از جمله دهقانان و توانگران از آن ولایت گریختند و به ترکستان رفتند.آن مردمان که به بخارا مانده بودند، به نزدیک مهتران خود کس فرستادند و از جور ابروی فریاد خواستند.آن مهتران و دهقانان به نزدیک پادشاه ترکان قراچورین رفتند.او نیز فرزند خود یَنگ سوئوخ - تِگین را که در متون فارسی به نام «شیر کشور» معرفی شده است، با سپاهی بزرگ به بخارا فرستاد.حاصل این لشکرکشی، ورود فرزند قراچورین به بخارا و اسیر و کشته شدن ابروی، فرمانروای هفتالیان بود (فرای، ص۱۲ -۱۱؛.
به احتمال ابروی (ابرزی) آخرین فرمانروای هفتالیان در واحه بخارا بود.فردوسی که ماجرا را به شرح آورده، خاقان ترک را خاقان چین نوشته است، ولی به درستی بخارا را لشکرگاه شاه هیتال نامیده است:
بخارا پر از گرز و کوپال بود} {که لشکرگه شاه هیتال بود
فردوسی منطقه فرمانروایی خاقان را در این دوره که ظاهراً باید نیمه دوم سده ۶م باشد، از چین تا بخارا نوشته است: زچین تا بخارا سپاه ویند.
معلوم نیست در زمان هفتالیان، منطقه سفلای رود زرافشان تابع ایران بوده است، یا نه؟ ولی در یک نکته جای تردید نیست و آن وجود بخارا به عنوان ناحیه مرزی میان ایرانیان و ترکان بوده است.
بعضی برآنند که گویا بهرام پنجم شاه‌ساسانی (۴۲۰- ۴۳۸م) بخارا را به عنوان مرز با ترکان برگزید و فرمان داد تا برجی بر فراز آن ساخته شود.
بنای برج تا‌اندازه‌ای مؤید آن است که بخارا به عنوان شهر مرزی تابع دولت ساسانی بوده است.در عهد انوشیروان، پادشاه ترکان که دینوری نام او را «سنجبوخاقان» نوشته است، مردم خود را گرد آورد و به خراسان لشکر کشید و پس از تصرف شهرهای چاچ، فرغانه، کش و نسف تا بخارا پیش تاخت.انوشیروان پس از آگاهی از این ماجرا سپاهی انبوه به فرماندهی پسرش هرمزد را - که ولیعهد و جانشین وی بود - برای جلوگیری از تجاوز ترکان فرستاد.خاقان ترک که از نزدیک شدن هرمزد با خبر گردید، آنچه را تصرف کرده بود، رها نمود و به خاک خود بازگشت.انوشیروان نیز از فرزند خود خواست که از مرز بازگردد.
نوشته دینوری مؤید آن است که بخارا شهری مرزی و تابع دولت ایران بوده است.یعقوبی بخارا را از جمله شهرهای ایران بر شمرده است.
پیش از فتح بخارا توسط مسلمانان، این واحه در اختیار نیزک طرخان بود.فردوسی نام او را بیژن طرخان نوشته است،
حال آنکه طبری،
بلاذری،
ابن اثیر
و تنی چند از مؤلفان، نام او را نیزک طرخان دانسته‌اند.این شخص که ابتدا در خدمت یزدگرد سوم آخرین پادشاه ساسانی بود، از او روی گرداند.وی که فرمانروای سغد و سمرقند و بادغیس بود، با ماهوی سوری مرزبان مرو، برضد یزدگرد همدست شد و بنا به نوشته فردوسی، سپاهی را از بخارا به مرو فرستاد
که انجام آن قتل یزدگرد سوم بود.پس از قتل یزدگرد ماهوی سوری صاحب گنجینه وی شد و پس از تصرف بلخ و هرات به منظور تصرف بخارا، سمرقند و چاچ لشکر کشید.وی نیزک طرخان را در ماجرای قتل شهریار ساسانی گناهکار می‌خواند.
بنا به نوشته فردوسی، خان ترک به خونخواهی یزدگرد برضد ماهوی سوری لشکر آراست، به سوی بخارا رفت و از سوی جیحون سپاه ماهوی سوری را موردتهدید قرار داد.ماهوی به مقابله پرداخت، ولی در نخستین پیکار اسیر شد و با زجر و شکنجه به هلاکت رسید.
در نوشته‌ها اغلب بخارا را جزو سرزمین سغد دانسته‌اند.یاقوت از وجود دو سغد: سغد سمرقند و سغد بخارا یاد کرده است.
در بخارای پیش از اسلام سکه‌های مسینی ضرب می‌شد که بر آنها عنوان «شاه اسوار» که همان سوار فارسی است، دیده می‌شود.زمان ضرب این سکه را سده‌های ۴ و ۵م دانسته‌اند.ظاهراً فرمانروایان بخارا دو عنوان داشته‌اند
در زبان سغدی این عنوان به صورت «پوخارخدات» آمده است.
از رویدادنامه‌های چینی از جمله سوی شو (تاریخ دودمان سوی) و تان شو (تاریخ دودمان‌تان) چنین برمی‌آید که حکمرانانی از ۲۲ نسل، بیش از ۴۰۰ سال بر بخارا فرمان راندند.از سده۵م در آسیای مرکزی، سکه‌های‌سیمین به تقلید از سکه‌های پیروز، پادشاه ساسانی (۴۵۹-۴۸۴م) ضرب می‌شد که چند گنجینه آن در وادی زرافشان به دست آمده است.سکه‌های دیگری نیز به تقلید از سکه‌های بهرام پنجم (۴۲۰- ۴۳۸م) ضرب شده بودند که در سغد و بخارا رواج داشتند.هنینگ معتقد است که بر این سکه‌ها عنوان «شاه بخارا» ضرب شده بودند.
«رویدادنامه مسیحی» عنوان خواتو را به کار برده که همان عنوان خدا و به معنای بزرگ است و جمع آن در متون بودایی به صورت خوتاوت آمده است.
مآخذ چینی از وجود فرمانروایانی با عنوان بخارخدات در ۶ق/۶۲۷م خبر داده‌اند.عمده‌ترین ماخذ اسلامی در این باره تاریخ بخارای نرشخی است.بارتولد می‌نویسد: متاسفانه نوشته او درباره دوران پیش از اسلام، از دقت کافی برخوردار نیست.به عنوان نمونه چنانکه در کتاب نرشخی مشاهده می‌شود، معلوم نیست آن بخارخداتی که به فرمانش سکه نقره در بخارا ضرب شد، به راستی در زمان خلافت ابوبکر (۱۱-۱۳ق/۶۳۲ -۶۳۴م) می‌زیسته است، یا نه؟؛ ،
زیرا آگاهیهای مربوط به نخستین دوره سلطه عربها بر ماوراء جیحون، با افسانه آمیخته شده، و بنا به نظر بارتولد نیازمند برخورد انتقادی است.
بزرگان بخارا عنوان دهقان داشتند که بلند پایه‌ترین آنان را در متون اسلامی «عظماء الدهاقین» نامیده‌اند.بالاترین مقام به رئیس دولت سغد (اِخشید سغد و افشین سمرقند) تعلق داشت.
بنا بر نوشته نیشابوری، هنگامی که در سده ۶م دهقانان و توانگرانی که از ظلم ابروی (ابرزی) گریخته بودند، به بخارا باز آمدند، آنان که در بخارا مانده بودند، درویشان و فقیران بودند.در میان باز آمدگان دهقان بزرگی بود که او را بخار خدات می‌گفتند، از بهر آنکه دهقان‌زاده قدیم و صاحب ضیاع و عقار بود و اغلب این مردمان کدیوران و خدمتکاران او بودند.
چنین به نظر می‌رسد که مردم بخارا در روزگار پیش از اسلام، آیین بودایی و زرتشتی، هر دو را داشتند.در مآخذ نامهای آتشکده و بتکده جدا ذکر شده است.از جمله در شاهنامه به آتشکده‌های بخارا و بیکند (پای کند) جداگانه اشاره شده است.
در کتاب شهرستان‌های ایران آمده است که کیخسرو آتشکده و آتش پیروز بهرام را در سمرقند برپا کرد.
زروان از ایزدان مردم سغد، همانند برهما در آیین هندوان بوده است.در متون سغدی به نامهای ایزدان ایرانی از جمله ورثرغن به صورت وَشْغَن و خوَرَنه به صورت فَرْن و تیشتری به صورت تیر برمی‌خوریم.مورخان سده‌های ۴-۷ق و دیگر مؤلفان از دیههای سغد که با واژه وَغَن (بَغَن) همراه است، نام برده‌اند.در حوالی طواویس در حومه بخارا نام استاوغن۱ و خوربغن۲ وجود داشته است.
بنابر نوشته بیرونی روز اول نوسرد، نوروز سغدیان است که نوروز بزرگ باشد و روز بیست و هشتم آن زرتشتیان بخارا را عیدی است که رامُش‌ْ آغام گویند و در آن عید در آتشکده‌ای که نزدیک قریه رامش است، جمع می‌شوند و این آغامها نزد آنان عزیزترین اعیاد است و در هر دیهی که باشند، نزد رئیس خود برای خوردن و آشامیدن جمع می‌شوند.
مغان درباره آتشکده یاد شده گفته‌اند که «آن آتشخانه قدیم‌تر از آتشخانه‌های بخاراست».
روزهای ماه در میان مردم سغد و بخارا همانند ایران در روزگار پیش از اسلام بوده است.بنا بر نوشته بیرونی، اهل سغد را در دهکده‌ها در ایامی که نامهای آنها در هر ماه یکی است، بازارهایی است که در دهکده‌های بخارا و سغد برپا می‌گردد.
شاید همین نزدیکی در زبان، فرهنگ و معتقدات دینی سبب این سخن اصطخری شده است که می‌گوید: مردم بخارا در قدیم قومی بودند که از اصطخر به آنجا انتقال کردند.
جغرافی‌نویسان مسلمان، بخارا را حاوی ۳ بخش عمده در روزگار قدیم دانسته‌اند.قلعه قدیم بخارا با نام پارسی کهندز بوده که صورت کوتاه آن کُندوز یا کُندِز شامل شهر قدیم است.این قسمت میان شهر کهنه و شهر نو عهد اسلامی واقع شده بود.دور شهر دیواری وجود داشت که در عربی آن را رَبض نامیده‌اند.قلعه شهر به روزگار قدیم در همان مکان امروزی قرار داشت. محوطه شرق میدان همانند سمرقند، ریگستان نام گرفت.آن زمان قلعه دو دروازه داشت: دروازه ریگستان در غرب، و دروازه غوریان در شرق.میان دروازه‌ها خیابانی کشیده بودند.میدان قلعه از روزگار قدیم تاکنون تغییر نیافته است.درون قلعه در همان مکانی که بعدها کاخ امیران بخارا در آن واقع شده بود، به احتمال قصر بخار خدات قرار داشته که بنای آن متعلق به سده ۷م و پیش از سلطه عربها بر این سرزمین بوده است.
قطعه ستون سنگی قلعه نموداری از مجموعه ستارگان بنات النعش است که شرح آن در تاریخ بخارا آمده است.
بنابر روایات موجود، هرگز هیچ فرمانروایی از این کاخ به هزیمت نشده است و کسی درون کاخ از دنیا نرفت، بلکه مرگ در بیرون از کاخ گریبان شاهان را گرفت.
از در غربی حصار بخارا تا دروازه معبد ریگستان، از قدیم و به روزگار آل سامان، سرای پادشاهان بوده است.
مقدسی درباره این مجموعه نوشته که خزاین و زندان فرمانروایان در آن قرار داشته است.
در آنجا قتیبه بن مسلم باهلی مسجد جامعی در محل پرستشگاه بودایی (بتخانه) بنا کرد که بعدها به محل دیوان خراج بدل شد.
بر در کاخ صفحه‌ای فلزی با نام معمار آن نصب شده بود.احمد مترجم تاریخ بخارا در جمادی‌الاول ۵۲۲/مه ۱۱۲۸ نوشته است که کاخ در زمان او ویران شد و صفحه یاد شده و نوشته آن از میان رفت.چنانکه اصطخری نوشته است، شاهان ساسانی در این کاخ می‌زیستند.در سده‌های ۶ و ۷ق/۱۲ و ۱۳م کاخ و قلعه ویران، و سپس احیا گشت و بقایای بناهای قدیم در ۵۶۰ق/۱۱۶۵م از میان رفت و مصالح آن برای بازسازی دیوار شهر به کار گرفته شد.
اصطخری از دروازه نوبهار (در نوبهار) یاد کرده که بی‌گمان پرستشگاه بوداییان بوده است.
نکته درخور توجه آن است که با گذشت سده‌های دراز، این دروازه به راهی پیوسته که یکی از مراکز دینی اسلام به نام بهار است.
نرشخی ضمن شرحی پیرامون نواحی وابسته به بخارا، از وردانه و حصار بزرگ و استوار آن یاد کرده، و نوشته است که این دیه بزرگ از قدیم جای پادشاهان، و قدیم‌تر از شهر بخارا بوده، و گویا شاپور پادشاه ساسانی آن را بنا کرده است.
وی ضمن اشاره به افشنه و شارستان بزرگ آن، از برکد، رامتین، ورخشه (فرخشه)، بیکند (پای کند)، یاد کرده، و بیکند را قدیم‌تر از شهر بخارا دانسته است.
کشف کاخ ورخشه در ۳۰ کیلومتری شمال غربی بخارا توسط شیشکین هیجان بزرگی در جهان دانش پدید آورد.در آنجا می‌توان آثار شبکه‌های پیشرفته آبیاری را مشاهده کرد.ورخشه بزرگ‌ترین مجموعه این منطقه است که در بعضی جاها از جمله قلعه شهر، ارتفاع آن به ۱۹ متر می‌رسد.وجود ورخشه به عنوان شهر به تقریب مربوط به سده‌های ۵ تا ۱۰م است، اما برخی اشیاء مکشوفه از جمله سکه‌ها، معرف سکنای مردم پیش از سده‌های یاد شده بوده است.حفاریهای قصر بخارا خدات مؤید مجموعه وسیعی از بناهای آن است.در ۳ تالار این کاخ، نقاشیهای دیواری جالبی کشف شده که شامل صحنه‌هایی از شکار است.در این صحنه‌ها فیل‌هایی با رنگ‌های مختلف دیده می‌شوند که شکارگران بر آنها سوار شده‌اند.
پس از فتوحات اسلامی در سده‌های ۱ و ۲ق/۷ و ۸م اغلب رویدادهای سرزمین بخارا در پرده ابهام قرار دارد.پیروزی عربها و مبارزه آنان با بت‌پرستی و دیگر ادیان سبب شد که آگاهیهای تاریخی با شک و ابهام آمیخته شوند.چه بسا فاتحان آگاهانه گزارشهای تاریخی موجود را از میان برده‌اند.از این‌رو، پیگیری حوادث با دشواری تؤم شده است، چنانکه از توالی حکام بخارا پس از هیتالیان تا اوایل سده ۷م مطالب روشنی نمی‌یابیم.
به عنوان نمونه وضع فرمانروایان بخارا پیش از حمله عربها سخت آشفته است.مورخان گاه از وجود نیزک طرخان و گاه از ماهوی سوری سخن رانده‌اند.نرشخی از شخصی به نام کانا بخار خدات در زمان ابوبکر یاد کرده که بسیار مشوش است.
نمی‌دانیم این بخارخدات که در اوایل سال ۵۴ق/۶۷۴م به هنگام حمله عبیدالله بن زیاد که ظاهراً فرمانروای بخارا بوده، با خاتون بخارا چه نسبتی داشته، و آیا در زمان او فرمانروای بخارا بوده است، یا نه؟.
در این سال، معاویه عبیدالله بن زیاد را بر خراسان گمارد و او با ۲۴ هزار سپاهی از آب جیحون گذشت و پس از فتح رامتین و ظاهراً بیکند یا نیمی از این سرزمین به بخارا رسید.
آن زمان زن بیوه‌ای که شوهر فرمانروایش را از دست داده بود، بر بخارا حکومت داشت.
نرشخی از آن روی خاتون را فرمانروای بخارا نوشته که پسرش خردسال بوده است،
ولی گردیزی خاتون را جده آن کودک نوشته است.
طبری نام او را قبج خاتون، همسر یکی از فرمانروایان ترک نوشته است.
خاتون از ترکان یاری خواست، جماعتی کثیر از ترکان به یاری وی آمدند و مسلمانان با آنان پیکار کردند و ترکان را به‌هزیمت واداشتند و لشکرگاهشان را تصرف کردند.مسلمانان همچنان پیش می‌رفتند.
خاتون و سپاهیانش به درون حصار شهر پناه بردند.به فرمان عبیدالله بن زیاد، سپاهیانش درختها را می‌کندند و روستاها را ویران می‌کردند.شهر بخارا در معرض خطر قرار گرفت.خاتون کس فرستاد و امان خواست.عبیدالله با اخذ یک میلیون درهم و گرفتن ۴ هزار برده، اسلحه، ظرفهای طلا و نقره و پارچه‌های ابریشمین گرانبها صلح کرد.
در ۵۶ق/۶۷۶م سعید بن عثمان بن عفان از سوی معاویه عامل خراسان شد.وی با گذر از آمودریا به بخارا رسید.
گردیزی مهلب بن ابی صفره را سردار سپاه عرب در حمله به بخارا دانسته است.
خاتون بخارا ۳۰۰ هزار درهم به سعید بن عثمان داد، ولی وی به این مبلغ راضی نشد و بسیاری از اهالی و زمین‌داران را به گروگان گرفت و فرمان داد تا آنان را از خراسان به املاک او در مدینه برند، زر و سیم و پوشاکهای گرانبها را از آنان بازستانند و لباسی از پارچه‌های خشن بر آنان بپوشانند و به کارهای سخت وادارند. زمین‌داران بخارا گله داشتند که فاتحان با آنان چون بردگان رفتار می‌کنند.
خاتون ۱۵ سال به نیابت از فرزند یا نواده‌اش بر بخارا فرمان راند.نرشخی نام این پسر را طُغْشاده فرزند بیدون نوشته است که هنگام مرگ پدر شیرخواره بود.
هرگاه خاتون بنا به نوشته نرشخی از ۵۴ق/۶۷۴م بر بخارا فرمان رانده باشد، ۶۹ق/۶۸۸م را باید سال پایان فرمانروایی وی بر بخارا دانست.از این سال تا ۹۱ق/۷۱۰م نامی از طغشاده به عنوان فرمانروای بخارا نمی‌یابیم.نرشخی درباره این پسر می‌نویسد که چون خردسال بود، «هر کسی از اهلان بدین ملک طمع کردندی».
پس از آن حجاج بن یوسف ثقفی به حکومت ایران دست یافت و قتیبه بن مسلم باهلی را به امارت خراسان برگزید.وی در ۸۸ق/۷۰۷م،
و به نوشته طبری به قولی در ۸۹ق،
و به قولی دیگر در ۹۰ق به غزای بخارا رفت.
گمان می‌رود همه تاریخهایی که از سوی مؤلفان اسلامی پیرامون جنگهای قتیبه بن مسلم برای فتح بخارا ارائه شده است، درست باشد، زیرا نرشخی از ۴ لشکرکشی قتیبه برای تصرف بخارا یاد کرده است.
طبری از ۵ پیکار در ماوراءالنهر خبر داده، و نخستین پیکار او را در ۸۷ق نوشته است.در این سال، وی به غزای بیکند (پای کند) از توابع بخارا رفت و پس از نبردی سنگین که یک‌ماه به درازا کشید، شهر را فتح کرد و همه جنگاوران آن را کشت.
طفیل بن مرداس گوید: هنگامی که قتیبه بیکند را گشود، چندان ظروف طلا و نقره به دست آورد که در شمار نبود.ظرفها و بتها را ذوب کردند.گویند: غنایم بیکند به‌اندازه‌ای بود که در خراسان همانند نداشت.
در ۸۸ق/۷۰۷م قتیبه به غزای نومجکت و رامیثن (رامیثنه) رفت.مردم با او از در صلح درآمدند.
در این ماجرا ترکان که سالاری آنان با کوربغانون ترک خواهرزاده فغفور چین بود، به قصد او آمدند.نرشخی نام این شخص را کورمغانون نوشته است.
پس از ناکامی قتیبه در حمله به بخارا در ۸۸ق، حجاج فرمان داد نقشه‌ای از منطقه تدارک گردد و برای او فرستاده شود تا پیکارها طبق نقشه صورت پذیرد.در ضمن قتیبه توانست میان سران منطقه اختلاف پدید آورد و کوشید تا از این طریق حکام محلی را به سوی خود جلب کند.
در ۸۹ق/۷۰۸م قتیبه بار دیگر به بخارا لشکر کشید، ولی پیکار بخارا برای او با توفیق همراه نشد.وی در پاییز همان سال با دادن تلفات سنگین به خراسان بازگشت و در ۹۰ق به بخارا حمله برد.وردان خدات که نام او مشخص نشده است، کس نزد سغدیان و ترکان فرستاد و از آنان یاری طلبید، ولی قتیبه زودتر از آنان به بخارا رسید و شهر را محاصره کرد.در آغاز بخاراییان بر لشکر قتیبه برتری یافتند.
پیکاری خونین روی داد.قتیبه به لشکریان عرب اعلام کرد که هر کس سر یکی از دشمنان را بیاورد، یکصد درهم پاداش خواهد گرفت.از سر کشتگان هرمی بزرگ در لشکرگاه عرب پدید آمد.قتیبه با نیرنگ طرخان را فریفت و او را از صحنه کارزار دور کرد و در نتیجه توانست بخارا را به تصرف آورد.
طبری از ملک بخارا با عنوان وردان خداه یاد کرده است.
چنین به نظر می‌رسد که ملک وردان یا وردانه که ابن خردادبه او را وردان شاه نامیده است،
زمانی بر بخارا فرمان رانده باشد.وردان خدات در جنگ شکست یافت.
دینوری نام این شخص را صول (چول) نوشته است
گمان می‌رود که وی از میدان نبرد گریخته باشد، زیرا قتیبه پس از رنج بسیار با حیله او را به چنگ آورد و به فرمان حجاج کشت.
در ۹۱ق قتیبه در دهکده‌ای فرود آمد که آتشکده‌ای در آنجا بود.آن محل را جایگاه طاووسان می‌نامیدند.وی سپس به جایگاه طرخان سغد رفت و آنچه بر سر آن صلح کرده بود، از وی گرفت و سپس به بخارا بازگشت و بخار خدات را که جوانی نوسال بود، شاه بخارا کرد.
این جوان همان است که نرشخی با نام طغشاده از او یاد کرده است.وی می‌نویسد که قتیبه طغشاده را بر مسند فرمانروایی بخارا نشانید و او ۳۲ سال حکومت کرد و ۱۰ سال پس از قتیبه نیز همچنان فرمانروا بود.
قتیبه پس از فتح بخارا در ۹۱ق/۷۱۰م فرمان داد تا اهل بخارا نیمی از خانه‌های خویش را به عربها دهند تا با ایشان در یک جا زندگی کنند و از احوال آنان با خبر باشند.وی «احکام شریعت را بر ایشان لازم گردانید و رسم گبری برداشت».
طغشاده که به دست قتیبه ظاهراً اسلام آورده بود، از حمایت او بهره‌مند شد و فرزند خود را نیز به پاس این حمایت قتیبه نامید.
درآمدن عربها به بخارا و زندگی در خانه‌های بخاراییان، امتزاج و نزدیکی میان این دو گروه پدید آورد.در ۱۱۰ق/۷۲۸م هنگامی که اشرس والی خراسان شد، ابوالصیدا صالح بن طریف را به ماوراء النهر فرستاد.ابوالصیدا شرط کرد که جزیه از مسلمانان برداشته شود؛ اشرس پذیرفت؛ مردم با شتاب به مسلمانی روی آوردند.غورک اخشید سمرقند به اشرس نوشت که خراج کاستی پذیرفته است.اشرس به ابوالعمرطه عامل سمرقند نوشت که خراج مایه قوت مسلمانان است؛ شنیده‌ام که مردم سغد و امثال آن از روی دلبستگی اسلام نیاورده‌اند، بلکه هدفشان فرار از جزیه است.چندی بعد ابوالعمرطه را از کار خراج برداشت و آن را به‌هانی بن‌هانی سپرد.دهقانان بخارا نزد اشرس آمدند و گفتند: خراج از که می‌گیری که همه مردم عرب شده‌اند.اشرس نپذیرفت و از‌هانی خواست تا اخذ خراج و جزیه از مردم را ادامه دهد.عاملان او نیز اخذ جزیه از مردم ضعیف را که مسلمان شده بودند، ادامه دادند.از این‌رو، مردم سغد و بخارا از اسلام روی گردان شدند و ترکان را به اقدام برضد عربان تشویق کردند.مردم سغد و بخارا با خاقان آمدند و به کاخهای بخارا رسیدند و قطن بن قتیبه را با ده هزار کس محاصره کردند و ۶ هزار تن از آنان را کشتند که قطن بن قتیبه نیز از زمره کشتگان بود.این پیکار مدتها به درازا کشید و سرانجام، ترکان آن منطقه را ترک گفتند.
در جریان پیکارها، ترکان و گاه چینیان در حمایت از فرمانروایان سغدی، نقشهایی ایفا کردند.سغدیان در پیکار با عربها چندین‌بار از چینیان کمک طلبیدند.کافی است به نامه غورک اخشید سغد و قراتگین امیر ترک ناریان به امپراتور چین در ۱۰۰ق/۷۱۹م توجه شود.آنها پیش از آن در سالهای ۹۴- ۹۵ق نیز سفیرانی به دربار امپراتور چین فرستادند.بعدها نیز در سالهای ۷۱۶ تا ۷۳۳م بارها فرستادگانی را به دربار چین گسیل داشتند.
رابطه سغدیان با ترکان لشکرکشیهای اعراب را دشوار می‌کرد، ولی نقش ترکان در مراحل مختلف دستخوش تغییر می‌شد.آنها که گاه به صورت وابستگان فرمانروایان محلی عمل می‌کردند، در عین حال می‌کوشیدند تا از عربها نیز به سود خود بهره گیرند.
در ۹۶ق قتیبه بن مسلم باهلی به قتل رسید.متعاقب او خان ترکان در ۹۷ق درگذشت و اوضاع پیچیده‌تر شد.
در ۱۰۰ق طغشاده فرمانروای بخارا، غورک اخشید سغد و قراتگین فرمانروای ناریان سفیرانی به دربار امپراتور چین فرستادند و از او کمک خواستند.طغشاده در نامه خود نوشت که ما طی چند سال همواره از عربان در هراس بوده‌ایم و آرام نداریم.او از امپراتور خواست تا به تورگشها فرمان دهد، برای کمک نزد او بروند و متفقاً به سرکوب عربها مبادرت کنند.غورک و قراتگین نیز نامه‌های مشابهی به امپراتور نوشتند.
فشار بر مردم بخارا از سوی ماموران دولت اموی به‌اندازه‌ای بود که در ۱۱۰ق/۷۲۸م سر به شورش برداشتند.در نتیجه عربها ناگزیر از ترک بخارا شدند.آنان که تاب مقابله با شورشیان را نداشتند، از شهر بیرون آمدند و آن را در محاصره گرفتند، تا آنکه سال بعد توانستند بار دیگر بر بخارا مسلط شوند.
طبری در شرح وقایع سال ۱۱۹ق/۷۳۷م خاقان ترک را ابومزاحم می‌نامد و می‌نویسد که این کنیه از آن‌رو برای وی برگزیده شد که مزاحم عربان بود.
معلوم نیست روش طغشاده در جریان این شورش چه بوده است؟ در بهار ۱۰۲ق/۷۲۰م گروهی از ترکان که کولچور فرستاده سولوخان در راس آنان قرار داشت، برای کمک به سغد آمدند.
هشام بن عبدالملک در ۱۰۶ق/۷۲۴م اسد بن عبدالله قسری را امارت خراسان داد.وی تا ۱۰۹ق/۷۲۷م در خراسان بود.در این سال وی معزول شد و بار دوم در ۱۱۷ق/۷۳۵م امارت خراسان یافت و ۴ سال در این سمت باقی بود.
در ۱۲۱ق/۷۳۹م نصر بن سیار عامل هشام در خراسان شد و از بلخ به غزای ماوراءالنهر رفت و چون به چاچ رسید، کولچور (کورصول) با ۲۵ هزار سپاهی مانع گذر او از رود چاچ شد.در این لشکرکشی ۲۰ هزار کس از مردم بخارا و سمرقند و کش و اسروشنه همراه سپاه نصر بن سیار بودند.در پیکاری که میان طرفین روی داد، کولچور کشته شد و ترکان سستی گرفتند.
در همان سال چون نصر بن سیار به سمرقند رسید، طغشاده بخارخدات نزد او رفت.نصر او را گرامی داشت، ولی دو تن از دهقانان بخارا که به دست نصر بن سیار مسلمان شده بودند، طغشاده را کشتند.یکی از دهقانان در حین حمله به واصل بن عمرو قیسی و دیگری به فرمان نصر بن سیار کشته شدند.در شرح این ماجرا نوشته‌های طبری و نرشخی با‌اندک تفاوتی به یکدیگر نزدیکند.
نصر بن سیار پس از مرگ طغشاده، پسرش را بخار خدات کرد.به درستی نام این پسر روشن نیست.نرشخی جانشین او را سُکان بن طغشاده نوشته است.
فرای گمان دارد که نام سُکان به جای نام ترکی ارسلان آمده است، چون در مآخذ چینی از این نام یاد شده است؛ ولی در بعضی مآخذ پسرش بِشْر و در بعضی دیگر قتیبهبن طغشاده را جانشین پدر دانسته‌اند.فرای می‌نویسد شاید این هر دو یکی بوده‌اند و یا اینکه قتیبه پس از بشر به جای او نشسته است.
قتیبه بن طغشاده در زمان ابومسلم از طرفداران او شد و در جنگ زیاد بن صالح با شریک بن شیخ مهری شرکت کرد.
شریک بن شیخ مهری مردی از عربهای بخارا بود که مذهب شیعه داشت.او مردم را به خلافت فرزندان امیرالمؤمنین علی (ع) دعوت کرد و گفت فرزندان پیامبر (ص) شایسته خلافتند.خلقی عظیم بر او گرد آمدند و امیر بخارا عبدالجبار شعیب نیز با او بیعت نمود و جمله اهل بخارا با او اتفاق کردند.چون خبر به ابومسلم رسید، زیاد بن صالح را با ۱۰ هزار سپاهی به بخارا فرستاد.۳۷ روز پیکار ادامه داشت و هر روز بسیاری از لشکریان زیاد بن صالح کشته می‌شدند.بخار خدات قتیبه بن طغشاده به یاری زیاد بن صالح آمد.در نوکند بخارا پیکار در گرفت که طی آن شریک از اسب بر زمین افتاد و کشته شد.به فرمان زیاد بن صالح شهر بخارا را به آتش کشیدند؛ ۳ شبانه روز شهر در آتش می‌سوخت.سپس دو فرزند شریک را گرفتند و به فرمان زیاد بردار کردند.در این شورش کسان بسیاری از اهل شهر کشته شدند.این خدمت قتیبه بن طغشاده سودی برای او به بار نیاورد و وی پس از چندی به فرمان ابومسلم هلاک شد.
نرشخی از بنیات پسر دیگر طغشاده نیز یاد کرده، و نوشته است که بعد از طغشاده بخارا در دست فرزندان، خدّام و نوادگان او بود، تا اینکه به روزگار امیر اسماعیل سامانی، ملک از دست فرزندان بخارخدات بیرون شد.
حکومت بنیات حدود سالهای ۱۳۹ تا ۱۶۵ق/۷۵۶ تا ۷۸۲م بود.در زمان او نیز شورشهایی در بخارا روی داد که در یکی از شورشها حاکم عرب‌نژاد بخارا به سبب فعالیتهای شیعی به فرمان حاکم خراسان کشته شد.فعالیت شیعیان مرکز خلافت بغداد را سراسیمه کرده بود.به این فعالیتها شورش خوارج در بخارا به پیشوایی یوسف البَرْم در ۱۶۰ق/۷۷۷م را باید افزود.او نیز چندی بعد دستگیر و کشته شد.مهم‌ترین شورش، عصیان مقنع در ۱۵۸- ۱۶۵ق در واحه بخارا و حوالی آن بود که بنا به نوشته نرشخی، بنیات بخارخدات از آن جانبداری‌کرد و همین امر نیز سبب‌کشته شدن او از سوی مهدی‌عباسی شد.
گردیزی می‌نویسد: چون مقنع قیام آشکار کرد، سپید جامگان بخارا و سغد پدید آمدند و او را یاری کردند.مهدی خلیفه، جبرئیل بن یحیی و برادرش یزید را به جنگ سپید جامگان بخارا فرستاد.جبرئیل در ۱۵۷ق با ایشان جنگ کرد و ۷۰۰ تن را در شهر نوجکت کشت و حکیم بخاری مهتر ایشان را نیز بکشت و دیگران هزیمت شدند و سوی مقنع رفتند.
در ۱۶۶ق مسیّب بن زُهیر از سوی خلیفه مهدی به خراسان رفت و آهنگ بخارا و قصد مقنع کرد.
از نوشته گردیزی چنین برمی‌آید که در زمان او هنوز پیروان مقنع وجود داشته‌اند.
از شورشهای سده ۲ق/۸م قیام رافع بن لیث نواده نصر بن سیار بود که مردم بخارا از او پشتیبانی می‌کردند.چون مامون به خلافت رسید، با او سازش کرد و شورش پایان گرفت.
از این پس تا آغاز حکومت سامانیان حادثه مهمی در بخارا روی نداد.چنین به نظر می‌رسد که پس از بنیات، بخارخداتها از اهمیت چندانی برخوردار نبودند، تا اینکه اسماعیل سامانی املاک و مستغلات او را از نواده‌اش ابراهیم بن خالد بن بنیات گرفت و برای او سالانه ۲۰ هزار درهم مقرر کرد.
از زمان قتیبه بن مسلم جز از بخارخداتها، عاملان عرب نیز بر خطه بخارا فرمان می‌راندند و تابع امرای خراسان بودند که جایگاهشان مرو بود.از دیدگاه جغرافیایی رابطه بخارا با مرو بیش از رابطه آن با سمرقند بود.بخارخدات در مرو نیز کاخی داشت که طبری بدان اشاره کرده است.در سده ۳ق/۹م که امرای خراسان مرکز خود را به نیشابور انتقال دادند، اداره امور بخارا از دیگر نواحی ماوراءالنهر جدا شد.
بخارا تا ۲۶۰ق/۸۷۴م در اختیار سامانیان نبود، بلکه عاملانی که تابع حکام تخارستان بودند، بر آن خطه فرمان می‌راندند.پس از سقوط تخاریان، یعقوب لیث برای مدتی کوتاه با عنوان امیرخراسان در بخارا شناخته شد.سپس اهل بخارا به نصر بن احمد سامانی فرمانروای سمرقند متوسل شدند و او حکومت بخارا را به برادرش اسماعیل سپرد.
گردیزی می‌نویسد: اسماعیل در زمان پدرش احمد فرمانروای بخارا بود و در ۲۷۵ق/۸۸۸م با برادرش نصر که حاکم سمرقند بود، حرب کرد و او را مغلوب نمود؛ اما وی را به حکومت آن سرزمین بازفرستاد.
در زمان عمرو لیث صفاری وی محمد ابن بشر، علی بن شروین و احمد دراز را به جنگ اسماعیل فرستاد.احمد دراز تسلیم شد.محمد بن بشر شکست خورد و سپس کشته شد و علی بن شروین در ۲۸۶ق/۸۹۹م اسیر، و در بخارا زندانی شد و تا دم مرگ در زندان بود.سپس اسماعیل به بخارا رفت.
اسماعیل پس از مرگ برادرش نصر امارت خراسان یافت و در ۲۷۹ق/۸۹۲م سراسر ماوراءالنهر را متصرف شد و بخارا را تختگاه دولت خود ساخت.
اسماعیل سامانی دولتی تاسیس کرد که یادآور امپراتوریهای باستانی ایران بود.
در نتیجه، بخارا نیز از مرکزی ایالتی به مرکز دولتی بزرگ بدل گشت.نرشخی در شرح مرگ اسماعیل در ۱۵ صفر ۲۹۵ق/۲۵ نوامبر ۹۰۷م می‌نویسد: «در ایام وی بخارا دارالملک شد و همه امیران آل سامان حضرت خویش به بخارا داشتند و هیچ از امیران خراسان به بخارا مقام نکردند پیش از وی».
از عهد نصر بن احمد بن اسماعیل (۳۰۱-۳۳۱ق/۹۱۴-۹۴۳م) بخارا به صورت یکی از مراکز مهم فرهنگ و دانش درآمد و وزیرانی چون محمد بن احمد جیهانی و دیگران بر این مرکز فرهنگی نظارت داشتند.جیهانی نه تنها مشوق دانشمندان و جغرافی‌نویسانی چون ابوزید بلخی بود، بلکه اثری جغرافیایی با نام مسالک و ممالک به او منسوب است.سرنوشت دولت سامانی با ظهور قراخانیان که نخستین دولت ترک مسلمان بوده‌اند، ارتباط یافت.خان ترکی که در این زمان همراه افراد ایل خود اسلام پذیرفت، ساتوق بُغراخان بود که یکی از افراد دودمان او دولت سامانیان را برانداخت و نخستین دولت مسلمان ترک را در ماوراءالنهر، بنیاد نهاد بارتولد، و به لقب عبدالکریم شهرت یافت.
نواده او نیز که عنوان بغراخان و نام‌هارون بن موسی داشت، در ۳۸۲ق/۹۹۲م به سمرقند و بخارا لشکر کشید.گرچه این حمله با توفیقهایی همراه بود، ولی وی ناگزیر به بلاساغون بازگشت و در همان سال درگذشت
بزرگ‌ترین قبیله در این مجموعه قبایل قارلوقها بودند.در این سال ابوعلی سیمجور در خراسان و فائق در بلخ، برضد نوح بن منصور سامانی قیام کردند.چون نوح به بخارا بازگشت از سبکتکین حاکم غزنه، یاری طلبید.وی پس از چند پیکار، سپاه ابوعلی و فائق را درهم شکست و آنان به گرگان گریختند
چندی بعد در ذیقعده ۳۸۹/اکتبر ۹۹۹ قراخانیان به فرماندهی ایلک خان (نصر بن علی) سمرقند و بخارا را تصرف کردند و عبدالملک بن نوح و دیگر اعضای خاندان سامانی را به زندان افکندند.
صابی می‌نویسد: هنگامی که لشکریان خانیه (قراخانیان) پدیدار شدند، خطیبان سامانی به مساجد درآمدند و مردم را به جهاد فراخواندند.گروه کثیری از مردم بخارا همانند دیگر مردم ماوراءالنهر با خود سلاح داشتند؛ نزد فقیهان رفتند و از آنان فتوا خواستند.فقیهان گفتند: اگر جنگ قراخانیان با سامانیان در راه دین بود، جهاد صواب می‌نمود، ولی چون آنان در راه نعمت دنیا پیکار می‌کنند، سر مسلمانان را به تیغ دادن گناه است.
بدین روال، بخارا سقوط کرد، ولی این کار به آسانی صورت نگرفت.ایلک‌خان ناگزیر حدود ۶ سال تا ۳۹۵ق/۱۰۰۵م برای کسب قدرت با اسماعیل منتصر آخرین پادشاه سامانی پیکار کرد.سقوط دولت سامانی سبب شد که بخارا اهمیت پیشین را به عنوان تختگاه دولت یاد شده از دست دهد.از آن پس شاهزادگان و یا جانشینان پادشاه در بخارا مقام می‌کردند.
پس از تصرف ماوراءالنهر توسط قراخانیان، امیر منتصر اسماعیل ابن نوح برادر عبدالملک از حبس اوزگین گریخت و به خوارزم رفت و از هواداران دولت سامانی لشکری فراهم آورد و سوی بخارا لشکر کشید و آن را تصرف کرد.جعفر تکین برادر ایلک‌خان که حاکم سمرقند بود، به مقابله شتافت، لیکن شکست یافت و اسیر شد.چندی بعد ایلک‌خان نیروهای اصلی خود را روانه بخارا کرد.چون منتصر یارای مقاومت نداشت، از بخارا به خراسان نزد ابوالقاسم سیمجور رفت و هر دو برضد محمود غزنوی مبارزه آغاز کردند.در ۳۹۳ق/۱۰۰۳م منتصر به ماوراءالنهر بازگشت و به یاری غزان بار دیگر برضد قراخانیان سر برافراشت،
ولی کوششهای او نافرجام ماند.تا ۴۱۶ق/۱۰۲۵م بخارا در تصرف علی تکین، معروف به بغراخان برادر یوسف قدیرخان از قراخانیان بود.ظاهراً شخصی به نام بوری تگین ابراهیم بن نصر از امرای قراخانی در ۴۳۲ق/۱۰۴۱م بخارا را مسخر کرد.
در همین سال خانات متحد قراخانی به دو قسمت غربی و شرقی منقسم شد.بخارا مرکز خانات غربی بود.
تقسیم قراخانیان به دو شاخه و منازعات درونی آنان چندان روشن نیست.بعضی از قراخانیان بر واحه بخارا فرمان می‌راندند، ولی حکومت آنان مستمر نبود.بوری تگین ابراهیم که به طمغاچ‌خان شهرت داشت، در سالهای ۴۴۴-۴۶۰ق/۱۰۵۲- ۱۰۶۸م بر بخارا فرمان راند.پس از او جنگهای خانگی میان فرزندانش روی داد که نتیجه آن پیروزی نصر بن ابراهیم، مشهور به شمس‌الملک (۴۶۰-۴۷۳ق/۱۰۶۸-۱۰۸۰م) بود.وی نیز همانند پدر بر بخارا و سمرقند حکومت داشت.در دوران او درگیری با ترکان سلجوقی آغاز گردید.در نیمه دوم سده ۵ق/۱۱م شمس‌الملک فرمان داد تا در جنوب شهر بخارا برای او کاخی بنا کنند.وی آن را شمس‌آباد نامید.پس از مرگ او جانشینش خضرخان بناهای تازه‌ای در شمس‌آباد احداث کرد، ولی پس از مرگ خضرخان در زمان پسرش احمدخان، شمس‌آباد متروک ماند.
در ۴۸۲ق/۱۰۸۹م ملکشاه سلجوقی با اغتنام فرصت به همراه سپاهی بزرگ از آمودریا گذشت و بخارا و سمرقند را به تصرف آورد («تاریخ»، همانجا). ارسلان خان محمد بن سلیمان در ۵۱۳ق/۱۱۱۹م بناهایی در بخارا پدید آورد که از آن جمله نمازگاه و سرای دارالملک بخارا بود که بعدها به مدرسه فقیهان بدل گشت.وی گرمابه کنار در سرای ودیههای دیگر را بر آن مدرسه وقف کرد.بناهای بسیاری در بخارا به‌ارسلان‌خان‌نسبت‌داده‌اند.
پس از سقوط دولت قراخانیان، در بخارا دولتی جدید از دودمان صدر بر سر کار آمد که از رؤسای مذهبی شهر بودند.آنها امور دولتی را در بخارا و حوالی آن به اختیار خود گرفتند.این گروه مذهبی از زمره زمین‌داران بزرگ، صاحبان املاک و مستغلات، بازارها، کاروانسراها و موقوفات عمده شهر و حومه بخارا بودند.بنیادگذار این دولت شخصی به نام عبدالعزیز از اخلاف برهان‌الدین بود.در دوران عبدالعزیز صدر، بخارا به استقلال نسبی دست یافت.دولت صدر در اوایل سده ۷ق/۱۳م نه از سوی خانها، بلکه در نتیجه شورش مردم به رهبری مردی پیشه‌ور از اهالی بخارا ساقط شد
بنابر نوشته جوینی در راس جنبش مردی پیشه‌ور قرار داشت که مورداحترام مردم بود و اهانت به اصحاب حرمت را از لوازم کار می‌دانست.او با نام سنجرملک اداره شهر را برعهده داشت.
در ۵۳۶ق/۱۱۴۱م بخارا پس از چند قرن حکومت اسلامی زیر سلطه قراختاییان غیرمسلمان قرار گرفت؛ با این وصف، حتی در دوران انحطاط نیز توانست اعتبار پیشین را همچنان حفظ کند.دشمنان حسام‌الدین عمر بن عبدالعزیز را به هنگام تصرف شهر کشتند، ولی احمد بن عبدالعزیز که به احتمال برادر مقتول بود، سمت مشاور امیر بخارا را یافت.
از حوادث مهم این دوره برآمدن انوشتگین (۴۷۰-۴۹۰ ق/ ۱۰۷۷-۱۰۹۷ م)، بنیادگذار دودمان خوارزمشاهیان، فرزندش قطب‌الدین محمد (۴۹۰- ۵۲۱ق/۱۰۹۷-۱۱۲۷م) و علاءالدین‌اتسز (۵۲۱ -۵۵۱ق/ ۱۱۲۷-۱۱۵۶م) بود
با مرگ سلطان سنجر در ۵۵۲ق دولت سلجوقیان در شرق نیروی خود را از دست داد
ایل ارسلان پسر و وارث اتسز در ۵۵۳ق/۱۱۵۸م از قارلوقها در امر تصرف بخارا حمایت کرد.
چندی بعد، علاءالدین محمد خوارزمشاه (۵۹۶ -۶۱۷ق/۱۲۰۰- ۱۲۲۰م) فرزند تکش در ۶۰۴ق/۱۲۰۷م به بهانه فرو نشاندن شورش مردم بخارا به آن سرزمین لشکر کشید و شهر را فتح کرد.
هنگامی که دولت محمد خوارزمشاه به دست مغولان افتاد، بخارا از نخستین شهرهایی بود که در ۶۱۷ق به زیر سلطه مغولان درآمد.
در ۶۱۶ق چنگیز و فرزندش تولی به خلاف انتظار محمد خوارزمشاه و سردارانش از اترار و سیر دریا گذشتند و به سوی بخارا لشکر کشیدند.
آنها نخست در سرتاق که در شمال بخارا واقع بود، ظاهر شدند.این نام را میرخواند زرنوق،
و اصطخری سرطاق نوشته است.
در محرم ۶۱۷/مارس ۱۲۲۰ مغولان به دیوار خارجی بخارا که فاقد تدارک دفاعی لازم بود، نزدیک شدند.
مدافعان شهر به نوشته منهاج سراج، ۱۲ هزار
و به نوشته جوینی، ۲۰ هزار تن بودند.
مردم بخارا از خود پایداری نشان دادند.هنگامی که مغولان دروازه‌ها را گشودند و به شهر درآمدند، ۴۰۰ تن از مدافعان بخارا به ارگ شهر رفتند و ۱۲ روز در برابر مغولان پایداری کردند.با این وصف، شهر به تصرف مغولان درآمد، مورد نهب و غارت قرار گرفت و به آتش کشیده شد که در جریان آن جز مسجد جامع و چند کاخ، همه چیز دستخوش حریق گردید.
رشیدالدین ضمن تکرار نوشته جوینی حمله چنگیز و فرزندش تولی به بخارا را وصف کرده است.بنا به نوشته او مغولان انبار غله شهر را گشودند و آن را غارت کردند
مسلمانان نه‌تنها در برابر مغولان پایداری کردند، بلکه هنگامی که توفیق می‌یافتند، برای مدتی کوتاه لشکریان مغول را از مناطق اشغالی بیرون می‌راندند.به عنوان نمونه تیمورملک در ۶۱۹ق/۱۲۲۲م به بخارا حمله برد و یک چند مغولان را بیرون راند؛ ولی در حدود سال ۶۲۰ق مقاومت‌مسلمانان درهم شکسته‌شد.
قراختاییانی که در زمان مغولان زنده مانده بودند، شیوه پوشاک مسلمانان را برگزیدند و موقعیت آنان از دوره سلطه خوارزمشاهیان بهتر شده بود؛ با این وصف، فرهنگ چینی داشتند.مغولان از آنان در اداره امور بهره می‌جستند.پس از مرگ چنگیز در ۶۲۴ق، اوکتای (۶۲۴ -۶۳۹ق/۱۲۲۷-۱۲۴۱م) زمام امور آسیای مرکزی و ماوراءالنهر را در دست گرفت.نخستین عامل او در سمرقند و بخارا بغاپوش بود.افزون بر او از عامل دیگری به نام چین‌سان - تایفو۱ (چونگ‌سان - تایفو) یاد شده است که نامی چینی به نظر می‌رسد.این زمان در بخارا سکه‌های مسین با نوشته‌های چینی ضرب گردید.
چندی بعد، یکی از بازرگانان ثروتمند به نام محمود یلواچ که از خدمتگزاران چنگیز بود، در بخارا فرمانروا شد.بعدها فرزندش مسعودبیگ پس از مرگ پدر این مقام را برعهده گرفت.روحانیان مسلمان، همانند دیگر مردمان بخارا در برابر مغولان پایداری نشان دادند؛ اما چندی بعد سیاست مغولان بر این اصل قرار گرفت که اصحاب دین از پرداخت مالیات معاف شوند.
در ۶۳۵ق/۱۲۳۸م‌مردم بخارا برضدمغولان سر به‌شورش‌برداشتند.در راس شورشیان مردی پیشه‌ور به نام محمود تارابی از تاراب در ۳ فرسنگی بخارا بود.جوینی می‌نویسد: عوام بر او گرد آمدند.
این نظر را باید پذیرفت، زیرا در بخارا کسان بسیاری به حمایت از محمود تارابی برخاستند که شمس‌الدین محبوبی از علما و روحانیان بخارا در زمره آنان بود.در پیکاری که میان شورشیان و لشکریان مغول روی داد، محمود تارابی و شمس‌الدین محبوبی کشته شدند.مغولان پس از این پیروزی مردم بخارا و سکنه اطراف آن را به گونه‌ای وحشیانه کشتار و غارت کردند.
هنگامی که مسعودبیگ فرزند محمود یلواچ که هر دو از نخستین دیوانیان آسیای مرکزی بودند،
در بخارا به قدرت رسیدند، پس از ۶۳۴ق، کوششهایی برای بازسازی ویرانیهای شهر صورت گرفت.مادر قوبیلای قاآن فرمان داد که در بخارا مدرسه‌ای احداث کنند که خانیّه نامیده شد.مدرس آن مدرسه سیف‌الدین باخرزی (د ۶۵۹ق/۱۲۶۱م) بود.مدرسه دیگری نیز از سوی مسعود بیگ در ریگستان به نام مسعودیه بنا شد.در هر یک از این دو مدرسه تا هزار شاگرد درس می‌خواندند.با این وصف، ویرانیهایی که مغولان به بار آورده بودند، تا مدتی دراز همچنان باقی بود.ابن بطوطه که ۱۱۳ سال پس از حمله چنگیز، در ۷۳۳ق/۱۳۳۳م از بخارا دیدن کرد، آن را ویرانه‌ای یافت.وی می‌نویسد: مساجد و بازارهای آن جز قسمت کوچکی مخروبه است و مردم آن در نهایت ذلت و خواری به سر می‌برند.
در رجب ۶۷۱/ژانویه ۱۲۷۳ مغولان به فرماندهی نیک‌پی بهادر از طرف اباقاخان دست به کشتار و غارت مردم بخارا زدند و به نوشته رشیدالدین: طی یک هفته قتل و غارت ادامه داشت و جوی خون در شهر روان گردید.مدرسه مسعودبیگ را که از معظم‌ترین و معمورترین مدارس آنجا بود، با نفایس و کتب آن به آتش کشیدند و سوختند و قریب ۵۰ هزار آدمی به قتل آمده بودند؛ چنانکه آن شهر معظم و ولایات آن به کلی خراب شد.۳ سال پس از این واقعه، آق‌تک، جوبای و قبان بقایای شهر را به غارت و ویرانی کشانیدند و تا می‌توانستند، کشتار کردند چنانکه تمامی آن شهر بزرگ و مضافات آن ویران شد و مدت ۷ سال هیچ جانوری در آن حوالی نبود.
وضع پیشه‌وران بخارا پیش از این کشتار به صورتی بسیار دردناک به شرح آمده است.عامل قوبیلای قاآن پیشه‌وران بخارا را به ۳ گروه بخش کرد.از ۱۶ هزار پیشه‌ور بخارا ۵ هزار تن در اختیار باتو، ۳ هزار تن در اختیار سیورکوکتنی بیگم مادر هلاکو و بقیه در اختیار دیگر سران مغول قرار گرفتند.با این پیشه‌وران چون بردگان رفتار می‌شد.
از ۶۶۱ق/۱۲۶۳م هلاکو که با خاندان جوجی سر جنگ داشت، فرمان داد تا ۵ هزار تن از پیشه‌وران بخارا را از شهر بیرون بردند و بی‌اندک رحم و شفقتی نسبت به زنان و کودکانشان، جملگی را به قتل رسانند.
در ۶۶۸ق/۱۲۷۰م بار دیگر بخارا دستخوش ویرانی شد و بسیاری آن سرزمین را ترک گفتند.مارکوپولو پیش از این ویرانی از ۶۶۰ تا ۶۶۳ق/۱۲۶۲ تا ۱۲۶۵م در بخارا اقامت داشت.وی بخارا را یکی از بهترین شهرهای آسیای مرکزی و ایران نامیده است. در سالهای ۶۷۱ و ۶۷۵ق/۱۲۷۳ و ۱۲۷۶م، بخارا گرفتار ویرانی و ورشکستگی اقتصادی شد، به گونه‌ای که در ۷۲۶ق/۱۳۲۶م در هر گوشه این واحه ویرانه‌ای مشهود بود.دژها، روستاها و باغها ویران شده بودند.
با این وصف، کوششهایی برای مرمت خرابیها صورت گرفت و مدرسه مسعودیه که در ۶۷۱ق ویران شده بود، احیا گردید.
در ۷۱۶ق/۱۳۱۶م بار دیگر بخارا از سوی مغولان و متحد جغتایی آنان یساور ویران گشت.بسیاری از مردم شهر پراکنده شدند و به سواحل جنوبی آمودریا روی آوردند.
به نظر می‌رسد که بخارا در عهد جغتاییان و تیموریان اهمیت سیاسی پیشین را از دست داده بود
کِبِک‌خان جغتایی (حک ۷۱۸-۷۲۶ق/۱۳۱۸-۱۳۲۶م) که جانشین بغاو فرمانروای ماوراءالنهر بود، در ۷۲۱ق/۱۳۲۱م به اصلاح سکه دست زد.در ضرابخانه‌های بخارا به نام او سکه‌های نقره ۸ گرمی با نام دینار، و سکه‌های کوچک با نام درم ضرب شد که هر ۶ درم یک دینار بود
بارتولد می‌نویسد: سکه‌های کبک‌خان در ارتباط با نام او کِبِکی نام گرفت.این نیز سبب خطایی شد که برخی، سکه‌های کوپیک۱ روسی را برگرفته از نام و سکه‌های کبک‌خان بدانند.
در آغاز سال ۷۴۰ق/۱۳۴۰م شیخی از تبار ترک و نواده چنگیز ظاهراً به نام خلیل بر تخت نشست.گفته‌اند که این شیخ مرادِ بهاءالدین نقشبند، عارف بخارایی بوده است.در نوشته‌های تاریخی از هیچ فرمانروای جغتایی به نام خلیل یاد نشده است، ولی ابن بطوطه از شخصی به نام خلیل فرزند یساور امیر جغتایی یاد کرده است که با امپراتور چین پیمان صلح بست و به سمرقند و بخارا بازگشت
با آنچه ابن بطوطه آورده است، بعید می‌نماید که این خلیل مراد و مرشد بهاءالدین نقشبند بوده باشد.از متحدان خلیل علاءالملک خداوندزاده بود که ابن بطوطه او را صاحب ترمذ نوشته است
با وجود ناشناخته بودن خلیل، سکه‌هایی در بخارا با نام سلطان خلیل‌الله در ۷۴۳ و ۷۴۵ق/۱۳۴۲ و ۱۳۴۴م ضرب شده است.اما بنا به نوشته بارتولد جز سلطانی به نام غازان فرزند دیگری از یساور شناخته نشده است.
در ضمن نباید این خلیل سلطان را با خلیل سلطان فرزند شاهرخ و نواده تیمور (حک ۸۰۸ -۸۱۲ق/۱۴۰۵-۱۴۰۹م) یکی دانست.کبک‌خان در دو فرسنگی نسف کاخ قارشی را برای خود بنا کرد.بعدها در اطراف این کاخ تاسیساتی از سوی بازرگانان و پیشه‌وران پدید آمد و صورت شهر به خود گرفت که به همان نام قارشی نامیده شده است.
در نیمه سده ۸ق/۱۴م دولت جغتایی آسیای مرکزی به ۳۰ منطقه بخش شد که هر یک حکومتی جداگانه داشتند.در بخارا بار دیگر دودمان صدر بر سر کار آمدند.
این دودمان روحانی حنفی مذهب که سر دودمانشان عنوان برهان‌الدین داشت،
آل برهان و نیز بنی مازه نامیده می‌شد.عوفی از این دودمان که پیش از اسلام زرتشتی بوده‌اند، یاد کرده است.
هنگامی که حسین، نواده غَزْغَن از شهر سبز زمام امور را به دست گرفت، درصدد برآمد تا بلخ را به عنوان تختگاه خود برگزیند.همین امر شورشی برپا کرد.تیمور در آغاز با امیرحسین همراه بود، ولی میان آنان اختلاف افتاد.
سرانجام، حسین کشته شد و فرمانروایی به دست تیمور افتاد (۷۷۱-۸۰۷ق/۱۳۶۹-۱۴۰۴م).
تیمور سمرقند را به عنوان تختگاه خود برگزید و بخارا به صورت دومین شهر و مرکز بازرگانی ماوراءالنهر درآمد
تیمور می‌کوشید راههای کاروانی و بازرگانی آسیا به اروپا را تمام و کمال در اختیار گیرد.برای اجرای این مقصود، ضمن غارت کشورهای مفتوح، نیروهای مولد ماوراءالنهر را تقویت می‌کرد و به حساب غارت و چپاول دیگر سرزمینها به احداث قنوات و ابنیه شهرهای آن دیار می‌پرداخت و پیشه‌وران و صنعتگران و هنرمندان را به ماوراءالنهر می‌آورد.
بدین روال، بخارا یک چند از وضعی مناسب برخوردار شد.در نخستین سالهای پس از مرگ تیمور، بخارا به صورت پناهگاه دو فرزند شاهرخ، الغ‌بیگ و ابراهیم درآمد که زیرنظر شیخ نورالدین و شاه ملک، دو تن از سرداران تیمور، در آن شهر اقامت کردند.شاه ملک مربی الغ‌بیگ بود.بخارا و ارگ آن را دو بخش کردند که یکی متعلق به الغ‌بیگ و دیگری از آن ابراهیم بود.الغ‌بیگ در زمان پدرش در ۸۳۱ق/۱۴۲۸م به اصلاحات پولی در بخارا دست زد و مدرسه‌ای در مرکز شهر و محل چارسوی بخارا بنا کرد
الغ‌بیگ از ۸۵۰ تا ۸۵۳ق/۱۴۴۶-۱۴۴۹م جانشین پدر شد.در ۸۵۵ق ابوسعید از اعقاب تیمور در سمرقند بر تخت نشست و از آغاز با اشراف بخارا مدارا کرد و از حمایت روحانیان بخارا برخوردار شد.جالب آنکه‌اندکی پیش از کسب قدرت، از سوی قاضی شهر به مرگ محکوم شده بود، ولی خبر مرگ عبداللطیف جانشین الغ‌بیگ (۸۵۳ -۸۵۴ق) وی را از عقوبت رهانید.یکی از بزرگان دین به نام شمس‌الدین محمد که در بخارا می‌زیست، به حمایت از ابوسعید برخاست.
در اواخر عهد تیموریان، بخارا در دست طرخانان تیموری از اشراف و ثروتمندان آن واحه قرار گرفت؛ گاه نیز دستخوش هجوم و غارتگریهایی از سرزمینهای همجوار می‌شد.در اواخر سده ۹ و اوایل سده ۱۰ق، اهمیت فرهنگی بخارا کاستی گرفت.دانشمندان، شاعران و هنرمندان، همانند دوران الغ‌بیگ به سمرقند روی آوردند.در اوایل سده ۹ق/۱۵م محمدشیبانی، خان ازبک که از خاندان چنگیز شاخه جوجی و نواده ابوالخیرخان بود،
درصدد استیلا بر ماوراءالنهر از جمله واحه بخارا برآمد.تاریخ‌ِ حمله خان ازبک به بخارا را با اختلاف نوشته‌اند.فضل‌الله بن روزبهان خنجی مؤلف مهمان‌نامه بخارا تاریخ این حمله را ۹۱۴ق/۱۵۰۸م با ۳۰۰ هزار سپاهی نوشته،
ولی بارتولد تاریخ این حمله را ۱۵۰۰م آورده است،
که با تاریخ هجری مندرج در کتاب روزبهان خنجی قابل انطباق نیست.خان ازبک نخست عازم سمرقند شد، ولی والی بخارا با سپاه خود به مقابله شتافت.در نتیجه، خان شیبانی سمرقند را رها کرد و به مقابله والی بخارا رفت و سپاه او را درهم شکست.وی دو سال در بخارا اقامت کرد.
ازبکان همانند دیگر کوچندگان به چند قبیله بخش شده بودند که هر یک منطقه‌ای را در اختیار داشتند.مقرخان بزرگ در سمرقند بود.خانهای دیگری از دودمان شیبانی، از جمله عبیدالله بن محمود از ۹۱۸ق/ ۱۵۱۲م و عبدالله‌بن‌اسکندر از ۹۶۴ق/۱۵۵۷م در بخارا اقامت داشتند
در ۹۱۶ق/۱۵۱۰م شاه اسماعیل صفوی از غرب به خراسان رفت و در مسیر حرکت شهرهایی را پی در پی از چنگ ازبکان بیرون کرد.در حوالی مرو محمد شیبانی به مقابله شتافت، ولی از سپاه ایران شکست یافت و در جنگ کشته شد.در این زمان، بابر از حکمرانان تیموری از کابل و راه قندوز به لشکریان ازبک حمله برد و چند شهر از جمله سمرقند و بخارا را به تصرف آورد.اندکی بعد مردم بخارا از بابر روی‌گردان شدند.در ۹۱۸ق/۱۵۱۲م عبیدالله برادرزاده محمدخان ازبک شیبانی به بخارا حمله برد و بابر را متواری کرد.
آگاهیهای مرتبط با روزگار عبیدالله را واصفی در بدایع الوقایع به شرح آورده است.عبدالله بن اسکندر (عبدالله دوم) پس از مرگ نوروز احمدخان ازبک در ۹۶۳ق/۱۵۵۶م که فرمانروای تاشکند و سمرقند بود، بی‌درنگ موقعیت خود را در کرمینه و شهر سبز از توابع بخارا مستحکم کرد و در رجب ۹۶۴/مه ۱۵۵۷ بخارا را به تصرف آورد.پدرش را از کرمینه به بخارا خواند و در ۹۶۷ق/۱۵۶۰م او را رئیس دولت همه ازبکها نامید.از این سال بخارا به صورت مقرّ شاهزادگان دولت شیبانی درآمد.
وی پس از مرگ پدر در ۹۹۱ق/۱۵۸۳م به‌جای او نشست و بلخ و سمرقند و تاشکند و فرغانه‌را به تصرف آورد.در عبدالله‌نامه شرحی درباره بخارا آمده است که نشان می‌دهد مؤلف آن متن کامل‌تری از اثر نرشخی را در اختیار داشته که باقی نمانده است.
•••••••••••••
عبدالله بن اسکندر در ۱۰۰۶ق/۱۵۹۸م درگذشت.جانشین وی عبدالمؤمن، سال بعد در بخارا به قتل رسید.پیرمحمد یکی از بستگان عبدالمؤمن خود را امیر بخارا خواند، ولی در همان سال توسط باقی‌خان ازبک خواهرزاده عبدالله بن اسکندر کشته شد.
از این پس اوضاع بخارا آشفته شد و هشترخانیان (اشترخانیان) زمام امور را در دست گرفتند و از بخارا به اداره امور سرزمینهای تابع خود پرداختند.
در نیمه دوم سده ۱۰ق/۱۶م شهر بخارا وسیع‌تر شد و بخشهایی از حومه آن به شهر پیوستند.در این زمان در بخارا بناهای فاخر، از جمله مراکز بازرگانی و کاروانسراها پدید آمد و شهر به مرکز مهم بازرگانی آسیای مرکزی بدل گشت.
جنکینسن که در ۹۶۵- ۹۶۶ق/۱۵۵۸-۱۵۵۹م به بخارا رفته بود، درباره بازرگانی این شهر مطالبی نوشته که حاکی از وسعت بازرگانی آن شهر است و از وجود بازرگانان هندی از هندوستان، سرزمین بنگال و اطراف رود گنگ و نیز ایرانیها در بخارا یاد کرده است.بنا به نوشته او هندوان از بخارا ابریشم، پوست خام و اسب با خود می‌بردند.ایرانیان نیز به بخارا پارچه، نخ آماده، کتاب، حریر الوان، اسب اصیل و پوست خام می‌آوردند و کالاهای روسی می‌بردند.
در سده ۱۰ق/۱۶م در بخارا بناهای جدیدی احداث گردید.بدون مبالغه می‌توان گفت که در سیمای بخارا دگرگونیهایی پدید آمد.دیواری ساخته شد که محدوده وسعت یافته شهر را در برمی‌گرفت.در اواخر سده ۱۱ق/۱۶م عبدالله خان دوم فرزند اسکندر (۹۹۱-۱۰۰۶ق/۱۵۸۳- ۱۵۹۷م) به منظور ارضای خاطر شیوخ متنفذ و ثروتمند منطقه جویبار، تمامی املاک بزرگ آنان را داخل محوطه دیوار شهر قرار داد.
در نیمه دوم سده ۱۰ق/۱۶م بخارا به عنوان مرکز فرهنگی کسب اهمیت کرد.مدارس علوم دینی آن افزون‌تر شد.در این مدارس دیگر دانشها نیز تدریس می‌شد.در تذکره نظم بخارا که در نیمه دوم سده ۱۰ق تالیف شد و نیز در بدایع الوقایع، آگاهیهای مرتبط با حیات معنوی آن دوره به شرح آمده است.
پس از پراکنده شدن اردوی زرین، در هشترخان (آستاراخان) جانی‌بیگ که شوهر خواهر عبدالله خان دوم بود، در منطقه ماوراءالنهر حکومت خانی را تشکیل داد که به حکومت اشترخانیان معروف است.پس از الحاق هشترخان به روسیه در عهد ایوان چهارم (۹۶۱ق/ ۱۵۵۴م)، جانی‌بیگ نزد شیبانیان گریخت
به هنگام آشفتگی وضع شیبانیان، جانی‌بیگ پیشنهاد کرد فرزندش دین‌محمد که آن زمان حکمران ابیورد بود، اداره امور را در دست گیرد.وی در راه بخارا با سپاهیان صفوی مواجه شد و در نبرد به هلاکت رسید.
چون عبدالمؤمن‌خان (۱۰۰۶ق/۱۵۹۷م) جانشین عبدالله‌خان دوم فرزندی نداشت، حکام وابسته به دربار بخارا که از آشفتگیها بیمناک شده بودند، درصدد برآمدند تا باقی‌محمدخان برادر دین محمد مقتول را بر تخت بنشانند.بدین‌روال، دوران اقتدار اشترخانیان در ماوراءالنهر آغاز گردید.
قزاقها به فرماندهی توکل‌خان، ضمن بهره‌گیری از اختلافهای خانهای شیبانی، چند شهر از جمله تاشکند و سمرقند را تصرف کردند، ولی در نزدیکی بخارا شکست یافتند و توکل‌خان در پیکار مجروح و هلاک شد و قزاقها از ادامه پیکار بازماندند.
خانهای خیوه با اغتنام فرصت و استفاده از جدال اعقاب جانی‌بیگ به بخارا رسیدند و بخشی از شهر را غارت کردند.
بدین‌ترتیب، باقی محمدخان که مادرش از شیبانیان بود، زمام امور را در دست گرفت.از او به عنوان پایه‌گذار دودمان اشترخانیان یاد شده است.مقرّ او در بخارا، و وی تا ۱۰۱۴ق/۱۶۰۵م در این مقام بود.پس از او، ولی‌محمدخان در ۱۰۱۴ق به فرمانروایی رسید، ولی اعیان بخارا از بد سلوکی او ناخرسند شدند.وی که از امام‌قلی‌خان شکست یافته بود، به دربار شاه عباس اول پناهنده شد و زمانی که امام قلی‌خان در سمرقند بود، با شتاب به بخارا بازگشت.میان او و امام قلی‌خان پیکاری روی داد که تفنگداران ایرانی در آن نقش داشتند.علمای نقشبندی در آخرین لحظه از امام قلی‌خان طرفداری کردند.در نتیجه ولی محمدخان با ۳۰۰ تن از یارانش تنها ماند و اسیر شد و سرانجام به فرمان امام قلی‌خان به قتل رسید که سال آن را با اختلاف نوشته‌اند.
پس از ولی محمدخان، امام قلی‌خان زمام امور را در دست گرفت.در زمان او دولت بخارا با روسیه که میخائیل رومانوف در راس آن قرار داشت، رابطه برقرار کرد.امام قلی‌خان پس از ۳۶ سال حکومت، قدرت را به برادر خود ندر محمدخان سپرد و از راه ایران به حج رفت؛ وی پس از مرگ در گورستان بقیع مدفون شد.
ندر محمدخان (حک ۱۰۵۱- ۱۰۵۵ق/ ۱۶۴۱- ۱۶۴۵م)، برادر امام قلی‌خان فرمانروای بخارا شد.وی که از درگیری فرزندانش
به ستوه آمده بود، از سلطنت کناره گرفت تا باقی عمر را در مدینه به سر برد.شاه عباس ثانی نظربیگ زیگ را با هزار تومان اشرفی و هدایای بسیار به استقبال او فرستاد.ندر محمدخان به سبب کهن سالی در بسطام درگذشت.شاه صفوی دستور داد تا جنازه فرمانروای بخارا را به اصفهان آورند و همراه بازماندگانش به مدینه برند.وی را در جوار برادرش به خاک سپردند.
پس از سفر ندر محمدخان به ایران، پسرش عبدالعزیزخان (حک ۱۰۵۵- ۱۰۹۱ق/۱۶۴۵-۱۶۸۰م) امیر بخارا شد.در عهد او آشوبهای داخلی به اوج رسید.ابوالغازی بهادرخان، خان خیوه به بخارا حمله برد.درگیری میان بخارا و خیوه مدتی ادامه یافت.
در روزگار شاه عباس دوم، روابط سیاسی بخارا و ایران استوارتر گردید.عبدالعزیزخان در ۱۰۹۱ق در ۷۴ سالگی به عزم زیارت حرمین شریفین عازم ایران شد.شاه سلیمان به استقبال او رفت.عبدالعزیزخان نیز در طول راه درگذشت و سپس در گورستان بقیع کنار گور امام قلی خان به خاک سپرده شد.
پس از او سبحان قلی‌خان (حک ۱۰۹۱-۱۱۱۴ق/۱۶۸۰-۱۷۰۲م)، و سپس عبیدالله‌خان (حک ۱۱۱۴-۱۱۲۳ق/۱۷۰۲-۱۷۱۱م) امیران بخارا بودند.
در دوره حکمرانی عبیدالله‌خان عیار سکه‌های نقره کاستی پذیرفت.در نتیجه بازرگانی بخارا از رونق افتاد و بازرگانان و پیشه‌وران کارها را تعطیل کردند.شهر دچار قحطی شد و بی‌چیزان به ارگ بخارا هجوم بردند؛ گرچه شورش فرو نشانده شد، ولی چنددستگی و اختلاف همچنان باقی بود.سرانجام، عبیدالله‌خان به قتل رسید.در عهد او منطقه حکومت اشترخانیان تجزیه شد.
هجوم طوایف کوچنده و غارت بخارا، موجب خرابی وضع مالی مردم شد.سیدای نسفی که در دوران پیری بافندگی می‌کرد، در اشعار خود به کسادی بازار و فقدان قدرت خرید مردم اشاره کرده، و چنین گفته است: گاهی متاع خود که به بازار می‌برم/دامان و آستین خریدار می‌کشم.
پس‌ازکشته‌شدن‌عبیدالله‌خان، ابوالفیض‌خان (حک ۱۱۲۳-۱۱۶۰ق/ ۱۷۱۱-۱۷۴۷م)، آخرین فرمانروای دودمان جانی یا اشترخانیان در بخارا بر تخت نشست، اما در عمل زمام امور در دست محمدرحیم‌خان و پدرش محمدحکیم بی آتالیق بود.
۱۱سال آخر حکومت ابوالفیض‌خان مصادف با سلطنت نادرشاه افشار (۱۱۴۸-۱۱۶۰ق/ ۱۷۳۵-۱۷۴۷م) بود.نادر همواره در این‌اندیشه بود که مرزهای مطمئن ایران را بدان باز رساند و به حریم فرمانروایی خان بخارا پای گذارد.
هنگامی که رضا قلی‌خان فرزند نادر حاکم خراسان شد، درصدد لشکرکشی به ماوراءالنهر برآمد و در ۱۱۵۰ق/۱۷۳۷م پس از تصرف اراضی اطراف جیحون، از ترمذ گذشت و به ماوراءالنهر رسید.امیر دانیال بی حاکم قارشی از ابوالفیض‌خان امیربخارا یاری خواست.در نخستین پیکار، ازبکان توفیق بیشتری داشتند، ولی پس از رسیدن توپخانه، کارزار به سود سپاهیان ایران پایان پذیرفت.
نادر که نمی‌خواست در دو جبهه جنگ کند، پسرش رضاقلی را به بازگشت فراخواند و در همان زمان، ضمن نامهای فرمانروایی ابوالفیض‌خان را در بخارا به رسمیت شناخت.در نتیجه، میان طرفین صلح برقرار شد.
نادر در ۱۱۵۲ق/۱۷۳۹م پس از جنگ هندوستان متوجه ماوراءالنهر شد.ابوالفیض‌خان که از آمدن نادر نگران شده بود، حکیم‌بی‌آتالیق را به عنوان سفیر به اردوگاه نادر فرستاد.نادر خواستار آمدن ابوالفیض‌خان شد.ابوالفیض‌خان نیز درصدد ملاقات با نادر برآمد.
در این زمان، خبر رسید که طوایف یوز، مین، نایمان، قنقرات، کنه‌کس، قیاط، بیات، ارمند، جغتای و قزاق با حدود صد هزار نفر به خونخواهی آدینه قلی - که در جنگ با رضا قلی‌میرزا به قتل رسید - فرا می‌رسند.روز بعد سپاه یاد شده به ابوالفیض‌خان رسیدند.حکیم‌بی‌آتالیق کوشید تا به ابوالفیض‌خان بفهماند که لشکر ترکان قادر به مقابله نخواهند بود، ولی مؤثر نیفتاد.لشکریان ازبک در بیرون بخارا اردو زدند..
سپاه نادر بر ازبکها غلبه کرد.ابوالفیض‌خان به حصار بخارا پناه برد و طی‌نامه‌ای از نادر تقاضای بخشش نمود.حکیم بی‌آتالیق، نامه را به نادر داد.نادر نیز نامهای همراه با اعلام عفو برای ابوالفیض‌خان فرستاد و او را به عنوان شاه بخارا به رسمیت شناخت.
میان طرفین پیمانی منعقد شد که طبق آن رود آموی مرز میان ایران و بخارا شناخته‌شد.
پس از کشته‌شدن نادر، محمدرحیم‌بی، ابوالفیض‌خان و دو پسرش را به قتل رسانید.با کشته شدن ابوالفیض‌خان، حکومت اشترخانیان و اعقاب جانی‌بیگ منقرض شد و محمدرحیم بی (حک ۱۱۶۰-۱۱۷۲ق/۱۷۴۷-۱۷۵۹م) جای او را گرفت و سلسله دیگری از دودمان چنگیز به نام منغیتیه بنیاد نهاد.
شرح زندگی او را محمدوفا کرمینگی در کتاب تحفهالخانی آورده است
پس از محمدرحیم‌بی، عموی او دانیال بی آتالیق (حک ۱۱۷۲-۱۱۹۹ق/۱۷۵۹- ۱۷۸۵م) قدرت را در دست گرفت.وی عنوان خانی را به ابوالغازی نواده ابوالفیض‌خان واگذارد و خود وظیفه آتالیقی (بزرگ و پدر) را عهده‌دار شد.
در اواخر سده ۱۲ و اوایل سده ۱۳ق توجه روسیه و اروپای غربی به آسیای مرکزی به ویژه بخارا فزونی گرفت.نام بخارا نزد غربیان به مفهوم آسیای مرکزی بود.
پس از دانیال بی، پسرش شاه‌مراد (حک ۱۱۹۹- ۱۲۱۵ق/۱۷۸۵-۱۸۰۰م) زمامدار بخارا شد.در ۱۱۹۹ق در بخارا شورشی روی داد.شاه مراد کوشید تا مردم را راضی کند؛ مالیاتها را لغو کرد و خراجهای شرعی از جمله زکات را باقی گذاشت.در نتیجه، روحانیان اهل سنت به حمایت از او برخاستند.در عهد وی، دولت منغیتیان از استحکام بیشتری برخوردار گردید.شاه‌مراد به نام میرمعصوم نیز شهرت دارد.
گرچه اعقاب شاه مراد، عنوان سید و میر بر خود نهاده بودند، ولی سید بودن و رابطه آنان با بیت پیامبر (ص) مشخص نیست.در کتاب خاطره‌های امیرعالم‌خان آمده‌است که دودمان اشترخانی (هشترخانی) خود را از اعقاب پیامبر اسلام (ص) می‌دانستند و تخلص افتخاری «سید» داشتند.دودمان منغیتیه از اولاد پیامبر (ص) نبودند.محمد رحیم‌خان، دختر ارشد ابوالفیض‌خان را به همسری گرفت.هدف او داشتن عنوان «سید» بود، ولی از آن زن فرزندی نداشت.بعد شاه مراد او را به نکاح خود آورد.از آنها ۳ فرزند تولد یافت که بزرگ‌ترین آنها حیدر بود.از این‌رو، امیرحیدر که ظاهراً از مادری سیده تولد یافته بود، عنوان «سید» و «میر» بر خود نهاد.
شاه‌مراد به عنوان جهاد چند بار برضد شیعیان به خراسان لشکر کشید، دست به غارت و کشتار زد و اسیرانی گرد آورد؛ از این‌رو، بازار برده‌فروشی در بخارا رونق گرفت.شاه مراد خون مخالفان مذهب سنت را مباح، و اموال آنان را حلال می‌شمرد.وی با شیعیان و مذهب شیعه بغض و عداوت زیادی داشت؛ همه ساله به بهانه غزا به محدوده شرقی ایران لشکر می‌کشید؛ بسیاری از مردم را می‌کشت و اموالشان را غارت می‌کرد و یک پنجم آن را به خزانه می‌افزود.
در اواخر سده ۱۲ق، هنگامی که ایران سرگرم جنگهای داخلی بود، شاه مراد مرو را به تصرف آورد و گروهی از مردم آن سامان را به بخارا و سمرقند کوچ داد.
شاه مراد مملکت متصرفی خود را میان ۳ فرزندش قسمت کرد، مرو را به دین ناصربیگ، سمرقند را به میرحسین بیگ و قارشی را به میرحیدر واگذارد.
پس از درگذشت شاه مراد، امنای دولت گرد آمدند و امیرحیدر را به فرمانروایی (۱۲۱۵-۱۲۴۲ق/۱۸۰۰-۱۸۲۶م) برداشتند.
سامی جلوس امیرحیدر بر تخت سلطنت را ۱۲۱۶ق نوشته است.
امیرحیدر از برادران خواستار اطاعت شد و کسانی را مامور کرد که به منطقه‌های آنان بروند و برادرانش را دستگیر کنند و به بخارا بیاورند.میرحسین بیگ حاکم سمرقند با فرزندان و ۵۰ تن از نزدیکان خود به شهرسبز گریخت، ولی دین‌ناصربیگ حاکم مرو که از حمایت اهالی برخوردار بود، مقاومت ابراز داشت.در نتیجه امیرحیدر به مرو لشکر کشید که حاصلی نداشت.۳ سال میان دو برادر جنگ بود.سرانجام، دین ناصربیگ شکست یافت و با نزدیکان خود به خراسان گریخت و در پناه دولت ایران درآمد.بخارایی، تاریخی برای این درگیریها و پناهندگی دین ناصربیگ یاد نکرده است.
محتمل است این واقعه در ۱۲۱۸ق/۱۸۰۳م روی داده باشد.بخارا که قبه الاسلام شرق نامیده می‌شد، در زمان امیرحیدر به بخارای شریف شهرت یافت.
امیرحیدر مدت ۱۰ سال به تحصیل علوم دینی پرداخت و سپس کار تدریس را در پیش گرفت، چنانکه ۴۰۰ تا ۵۰۰ طالب علم در مجلس درس او حضور داشتند.
بخارایی که در خدمت امیرحیدر بوده، با تجلیل از او یاد کرده است که مبالغه‌آمیز به نظر می‌رسد؛ چه، او را به سبب داشتن حرم بزرگ با زنان بسیار سرزنش می‌کردند.امیرحیدر آخرین فرمانروایی بود که در بخارا به نام او سکه ضرب شد.پس از مرگ وی نیز ضرب سکه‌هایی با عنوان «مرحوم امیرحیدر» ادامه یافت.
امیرحیدر در آغاز توفیقهایی داشت، ولی با گذشت زمان، خانهای خیوه به صورتی متواتر واحه بخارا را مورد حمله قرار دادند و تا دیوار بخارا پیش آمدند.
در ۱۲۲۸ق/۱۸۱۳م ماوراءالنهر میان حکام متعدد تقسیم شد که قدرتمندترین آنها امیرحیدر فرمانروای بخارا بود (همانجا). وی به سبب بیماری درگذشت.پس از او فرزندش امیرنصرالله (حک ۱۲۴۲- ۱۲۷۷ق/ ۱۸۲۶-۱۸۶۰م) جانشین وی گردید و با قتل دو برادر خود حسین و عمر که وارثان قانونی سلطنت بودند، بر تخت نشست و مدت یک ماه پس از جلوس، روزی ۵۰ تا ۱۰۰ نفر را کشت.
او را به سبب بی‌رحمی، امیرقصاب نام داده بودند (امیر عالم‌خان، همانجا). امیر نصرالله با وجود دشمنی سران قبایل ازبک توانست موقعیت خود را استوار کند و محدوده حکومت خود را وسعت بخشد.مآخذ اروپایی و جهانگردان از او به عنوان مردی خودکامه یاد کرده‌اند.وی به خلاف رسم ازبکان که لشکرهایشان از داوطلبان تشکیل می‌یافت، به تاسیس سپاهی منظم دست زد، ولی این وضع دیری نپایید.
هنگامی که امیر نصرالله بخارا را به تصرف آورد، ظرف یک روز تا نزدیک ظهر به فرمان او ۵ هزار تن از لشکریان اسیر بخارا را در برابر دیدگانش گردن زدند.پس از آن حکم به قتل عام داد که ۳ هزار تن دیگر را نیز در کوی و برزن کشتند.
وی برادران دیگر خود را با همه اعضای خانواده آنان در قلعه «نر زوم» نزدیک رود آموی زندانی کرد؛ سپس به فرمان او همه آنان را از بزرگ و کوچک کشتند و به خاک سپردند.در بخارا نیز به فرمان او اغلب بزرگان را دستگیر کردند و کشتند و اموال و املاک آنها را به یغما بردند و اطفالشان را بی‌قوت لایموت گذاشتند که بسیاری از آنان را کار به تکدی رسید.
سیمیونف محقق تاریخ منغیتیه نوشته است که امیرنصرالله نسبت به تنها فرزند خود مظفر احساس پدری نداشت، ولی چون دارای پسر دیگری نشده بود، قتل او را به تاخیر می‌افکند.
پس از مرگ امیر نصرالله، امیرمظفر (حک ۱۲۷۷-۱۳۰۲ق/ ۱۸۶۰- ۱۸۸۵م) که همانند پدرش سفاک بود، بر تخت نشست.وی پیش از مرگ پدر حاکم کرمینه بود.
آشفتگیهای دوران حکومت امیر نصرالله و امیر مظفر سبب شد که دولت روسیه از ناراضی بودن مردم آن سامان، برای اعمال نفوذ در آسیای مرکزی به ویژه واحه بخارا بهره جوید.از ۱۱۹۵ق/ ۱۷۸۱م، بیچورین با سمت سفیر دولت امپراتوری روسیه به بخارا فرستاده شد.وظیفه عمده او برقراری روابط بازرگانی بود.در اواخر سده ۱۸م، روابط میان دو دولت گسترش یافت.در سالهای ۱۲۵۶-۱۲۶۶ق/ ۱۸۴۰-۱۸۵۰م حجم تجارت طرفین باز هم بیشتر شد.در دوران حکومت امیر نصرالله، بیگانگان، از جمله بازرگانان خارجی دستگیر و زندانی می‌شدند.این وضع مایه نگرانی دولتهای انگلیس و روسیه شد.
نیاز به مبادله کالا و رشد روابط بازرگانی از یک سو، و اقدام دولت بریتانیا به منظور دستیابی به آسیای مرکزی، موجب نگرانی دولت روسیه و از دست رفتن مواضع این دولت در آن سرزمین بود.
در دوران جنگ اول‌ِ دولت بریتانیا با افغانستان (۱۲۵۴- ۱۲۵۸ق/ ۱۸۳۸- ۱۸۴۲م) موضوع فرستادن ماموران اطلاعاتی انگلیس به بخارا مطرح شد.در این سالها هرات به مرکز فعالیت دولت بریتانیا بدل گشت.پس از اشغال افغانستان، به دستور فرمانفرمای کل هندوستان دو تن از ماموران اطلاعاتی انگلیس به نامهای استودارت و کونولی یکی از پی دیگری به بخارا فرستاده شدند، ولی فعالیت این دو مامور اطلاعاتی انگلیس نتیجه‌ای به بار نیاورد، زیرا به دستور امیرنصرالله بازداشت، و در ۱۸۴۲م اعدام شدند.
دولت بریتانیا که از سرنوشت ماموران خود بی‌خبر مانده بود، نماینده خود جوزف ولف را در ۱۲۶۰ق/۱۸۴۴م به بخارا فرستاد.وی که از سوی کمیته‌ای برای نجات آن دو تن مامور شده بود، پیش از این ماموریت خطیر به ایران آمد و به حضور محمدشاه قاجار فرزند عباس میرزا بار یافت و ظاهراً امان نامهای از شاه قاجار گرفت و روانه بخارا شد.
به رغم تلاش ولف، امیر بخارا او را نیز به دیده جاسوس نگریست و به زندان افکند، چنانکه در معرض خطر مرگ قرار گرفت.در این زمان کلنل شیل مامور انگلیس در ایران از شاه قاجار تقاضای کمک کرد.
ظاهراً در همان سال ۱۲۶۰ق محمدشاه مامور عالی‌رتبه‌ای را که نام وی مشخص نشده است، نزد امیر بخارا فرستاد.متن سفرنامه وی بسیار گویا و حاوی مطالبی ارزشمند درباره روابط امیر بخارا با دولت ایران است.مؤلف کتاب در جریان ملاقات با امیر نصرالله از بیم آنکه ولف نیز همانند دیگر فرستادگان دولت انگلیس کشته شود، صلاح را در ارائه پیام محمدشاه دانست.امیر بخارا ضمن پذیرفتن خواست شاه قاجار، به نماینده دولت ایران گفت که آنها گاهی خان خوقند و زمانی خان اورگنج را به دشمنی با ما تحریک می‌کنند و از حدود ولایت بخارا نقشه معابر و راهها را برمی‌دارند.
سرانجام، امیر بخارا ولف را آزاد کرد تا به همراه مؤلف به ایران برود.
در تضعیف موقعیت انگلیس، علائق دولت روسیه‌اندک نبوده است.بی‌گمان دولت روسیه بجز علائق اقتصادی، علائق سیاسی نیز داشته است.مؤید این نکته تلاش‌های حکومت تزاری روسیه از نیمه دوم سده ۱۳ق/۱۹م در جهت استقرار کنترل و اعمال نفوذ در آسیای مرکزی و ممانعت از استیلای دولت بریتانیا بوده است.
در دوران امیرمظفر، اقدام روسیه برای تصرف آسیای مرکزی آغاز شد.سپاهیان روسی در مسیر سفلای سیر دریا مستقر شدند و از آن نواحی به ماوراءالنهر رخنه کردند
نخستین شکست امیرمظفر از روسیه در ۱۲۸۳ق/۱۸۶۶م روی داد که در نتیجه آن لشکریان روس شهرهای خجند و اوراتپه را تصرف کردند.شکست دوم امیرمظفر از روسیه پس از تصرف سمرقند بود که به انعقاد پیمانی نابرابر در ۲۳ ژوئن ۱۸۶۶ انجامید.گرچه امیرمظفر به کمک لشکریان روس توانست شهر سبز و جنوب شرقی واحه بخارا را تابع خود کند، ولی امارت بخارا خود تابع روسیه شد.
امیرمظفر پس از چند درگیری، ناگزیر تبعیت دولت روسیه را گردن نهاد و از ادعاهای ارضی خود نسبت به نواحی اطراف سیر دریا صرف‌نظر کرد.جیزک، اوراتپه و سمرقند از ۱۲۸۵ق به روسها واگذار شد.
امیرمظفر فرزند خود عبدالاحد را به صورت گروگان به پترزبورگ فرستاد.
وی در آنجا به تحصیلات نظامی پرداخت و درجه ژنرال آجودان رسته سوار نظام ارتش روسیه و فرماندهی هنگ ۵ قزاق را داشت و از سوی امپراتور الکساندر سوم پس از مرگ پدر وارث تخت بخارا شد.
عبدالاحد (حک ۱۳۰۲- ۱۳۲۸ق/۱۸۸۵-۱۹۱۰م) امیر بخارا تابع دولت روسیه بود.در زمان او مرز میان بخارا و افغانستان مشخص شد.در ۱۳۱۳ق/۱۸۹۵م ضمن توافق میان دولتهای روس و انگلیس، پنج‌کند به عنوان مرز دو دولت شناخته شد و امیر عبدالاحد ناگزیر شهرستان درواز را در مقابل ولایات روشن و شوغنان به افغانستان واگذار کرد.
از ۱۳۰۴ق/۱۸۸۷م راه آهن روسیه از سرزمین تحت فرمان این امیر عبور داده شد.در ۱۵ کیلومتری بخارای قدیم، در مسیر راه آهن قصبه‌ای روسی به نام «بخارای جدید» احداث شد که ایستگاه آن کاگان نام گرفت.بعدها این قصبه به مرکز ماموران سیاسی روسیه بدل گشت.به هزینه امیر بخارا، راه آهن یاد شده با پایتخت قدیمی مرتبط شد و سراسر خان‌نشین بخارا به صورت منطقه گمرکی روسیه درآمد.در مرز افغانستان اداره گمرک روسیه احداث شد و در چند نقطه پست‌های نظامی روسیه تاسیس گردید.
اختلاف امیر عبدالاحد با روحانیان بخارا، موجب شد که وی تختگاه خود را از بخارا به کرمینه انتقال دهد.
پس از او پسرش امیرعالم‌خان در ۱۳۲۹ق/۱۹۱۱م جانشین پدر شد.وی که در پترزبورگ تعلیم و پرورش یافته بود، از حمایت دولت امپراتوری روسیه برخوردار گردید.وی استظهار خود به دولت روسیه را چنین به شرح آورده است: «برای محافظت مملکت هرگاه اسباب عساکر لازم می‌بود، از طرف دولت روس برای دولت بخارا مهیا بود.تا زمان بودن دولت امپراتوری به عساکر و آلات حرب بخارا هیچ احتیاج نداشته، به آسوده حالی حکمرانی نموده، به آبادی مملکتها می‌کوشیدم».
وی در ادامه خاطرات می‌نویسد: بخارا گرچه تحت حمایت دولت روسیه بود، ولی استقلال قدیمی خود را حفظ می‌کرد.امرای بخارا به موجب اصول شریعت و عادت حکومت می‌کردند.
در سده ۱۴ق/۲۰م روشنفکران ترقی‌خواه بخارا به پیروی از نهضت مشروطه ایران و جرایدی که به حمایت از این نهضت در خارج از ایران چاپ می‌رشد - چون حبل المتین در هندوستان و ملانصرالدین در قفقاز - به انتشار جرایدی دست زدند که از آن جمله‌اند: سمرقند، بخارای شریف، صدای فرغانه و آیینه.عبدالرحیم فطرت، میرزا سراج حکیم
و صدرالدین عینی از جمله روشنفکران ترقی‌خواه بخارا بودند که به «بخاراییان جوان» شهرت داشتند.در میان این‌گروه کسانی به‌جریانهای چپ روی‌آوردند.روزنامه بخارای شریف به مدیریت میرزا محیی‌الدین منصورف و میرزا سراج حکیم که از گروه «بخاراییان جوان» بودند، از ۴ ربیع‌الا¸خر ۱۳۳۰ق/۱۱ مارس ۱۹۱۲م تا ۲۴ محرم ۱۳۳۱ق/۲ ژانویه ۱۹۱۳م در شهرستان کاگان نزدیک بخارا چاپ و منتشر می‌شد.زبان روزنامه فارسی ساده همراه با اصطلاحات کهن و نیز واژه‌هایی از زبانهای روسی و ترکی و عناصری از گویش تاجیکی بود.
پس از انقلاب فوریه ۱۹۱۷ روسیه، تلاش نیروهای بلشویک برای در دست گرفتن حکومت آغاز شد.بلشویکها در ۱۰ مارس ۱۹۱۸ به بخارا حمله کردند و ضیاءالدین را متصرف شدند.طرفداران امیر بخارا عساکر روس‌را در مرزافغانستان به‌قتل رسانیدند.رفته‌رفته آتش انقلاب شعله‌ور شد.در ۵ سپتامبر ۱۹۲۰ بخارا به دست نیروهای بلشویک افتاد.امیر عالم‌خان که آخرین امیر بخارا از دودمان منغیتیه بود، به افغانستان مهاجرت کرد.
یاران و عساکر امیر عالم‌خان به همراه انور پاشا، سیاستمدار و سردار عثمانی و از سران حزب اتحاد و ترقی (ه م) مدت ۷ سال در قیام باسماچیان برضد حکومت بلشویکها در برابر ارتش سرخ پایداری کردند.
گرچه بخارا بارها در پیکار میان طرفین دست به دست شد، با این وصف در ۸ اکتبر ۱۹۲۰ حکومت بلشویکی روسیه در بخارا جمهوری بلشویکی به نام «جمهوری شوروی خلق بخارا» اعلام کرد که مساحت آن ۱۹۳، ۱۸۲ کم ۲ با ۲/۲ میلیون نفر جمعیت بود.این جمهوری با جمهوری شوروی خلق خوارزم و افغانستان هم مرز، و تختگاه آن نیز شهر بخارا بود.در ۱۹ سپتامبر ۱۹۲۴ این جمهوری به جمهوری شوروی سوسیالیستی بخارا تغییر نام یافت.یک‌ماه و چند روز بعد در ۲۷ اکتبر همان سال این نام نیز از میان رفت و اراضی واحه بخارا میان دو جمهوری شوروی سوسیالیستی ازبکستان و ترکمنستان و جمهوری خودمختار تاجیکستان تقسیم شد.اکنون بخارا یکی از استانهای جمهوری ازبکستان است.
قدیم‌ترین ماخذ درباره مشخصات جغرافیایی بخارا نوشته محمد بن جعفر نرشخی (د۳۴۸ق/۹۵۹م) است.نسخه‌هایی از این اثر ارزشمند وجود داشته که متاسفانه متن کامل آن بر جا نمانده است.مبسوط ترین متن، ترجمه احمد بن محمد قباوی با تلخیص محمد ابن زفر است که به آن مطالبی از دیگر مؤلفان، از جمله عبدالرحمان محمد نیشابوری مؤلف خزائن العلوم افزوده شده است.از دیگر منابع کتاب اصطخری است که ابن حوقل بسیاری از مطالب کتاب خود را از او اقتباس کرده است.اصطخری بخارا را شهری بر‌هامون نوشته است که در آن باغها، بوستانها و روستاها به یکدیگر پیوسته و نزدیکند.وی می‌نویسد: گرد بخارا دیواری ۱۲ در ۱۲ فرسنگ کشیده شده است که درون آن فضای خالی نتوان یافت.
درون دیوار بزرگ نیز دیوار دیگری به اضلاع نیم در نیم فرسنگ وجود داشته که شهر درون این دیوار بوده است.بیرون شهر از قهندز (کهندز) چند شهر کوچک و نیز قلعه‌ای بوده است.در کهندز ربض و در آن بازار است.رود سغد از میان شهر می‌گذرد و از آنجا تابیکند ادامه می‌یابد.
نرشخی از ۱۲ رود یاد کرده، ولی اصطخری رودهای بخارا و توابع آن را نام برده، و رودهای فَشیدیزه، جویبار بکار، رود بیکند، رود آسیا که بر سراها و آسیاها گذرد و رودهای کُشنه، رَباح، ریگستان، سافری، خَرْغان رود، جُرغ، فرخشنه، رامیثنه، فراورسفلی، اروان، فراور علیا، خامه، بتنگان و نوکند را از جمله رودهای بخارا دانسته است.این رودها جملگی از رود سغد برمی‌خیزند که قابل کشتیرانی است.
اصطخری می‌نویسد: نزدیک‌ترین کوه به بخارا کوه ورکه میان سمرقند و کش است.
وی می‌افزاید که درون و بیرون دیوار بخارا نواحی متعددی است.به نوشته او طواویس بزرگ‌ترین شهر این نواحی است.
نرشخی به شرح مطالبی پیرامون طواویس پرداخته، و نوشته است که در هر خانه آن یکی دو طاووس وجود داشت.عربها طاووس ندیده بودند؛ چون در آنجا طاووس بسیار دیدند، آن را ذات الطواویس نامیدند.در نتیجه، نام اصلی آن از میان رفت.بعدها واژه ذات را رها کردند و طواویس گفتند.
از شهرهای درون دیوار بزرگ بمجکث است
که ابن حوقل آن را نمجکت نامیده است.
لسترنج این شهر را تومجکث یا تمشکث آورده، و صورت بمجکث یا بومجکث را خطای کاتب دانسته است.
از دیگر شهرهای درون دیوار بزرگ، زندنه، مغکان و خجاده است.
اصطخری بیکند، فَرَبر، کرمینه (کرمینیه)، خُدیَمنکن، خرغانکث و مدیامجکث را از شهرهای درون دیوار نوشته است.
در سده ۴ق/۱۰م بجز دیوار قدیمی دیوار دیگری نیز وجود داشت.هر یک از این دیوارها دروازه‌های متعدد داشتند.فاصله میان دروازه‌های دیوارهای درونی و بیرونی مشخص نشده است.
از میان دروازه‌های دیوار درونی، دروازه کوی مغان قابل ذکر است.کوی مغان که در شمال شرق شهرستان (شارستان) واقع شده بود، در ۳۲۵ق/۹۳۷م دستخوش حریق شد.
گمان می‌رود این کوی در عهد سامانیان کوشک مغان نام داشته است.بازرگانان از آن روزگار به این کوی انتقال یافته بودند که در واقع در حکم بازگشت آنان بود، زیرا در عهد قتیبه بن مسلم مردم شهر ناگزیر نیمی از خانه‌های خود را به عربها واگذاردند که بیشتر شامل شارستان می‌شد.بازرگانان پس از خروج از شهر که در نتیجه فشار عربها پدید آمده بود، در خارج از آن ۷۰ کوشک بنا کردند که در هر یک از آنها باغ، حیاط و محل خدمتکاران قرار داشت؛ چه بسا از آن سبب کوشک مغان نام گرفت.در روزگار ابومسلم این منطقه پر جمعیت‌تر از شهر بود.چنانکه در اخبار آمده است، بعدها این کوشکها ویران، و به آتش کشیده شد.صاحبان کوشکها بر درها صورت بتهای خویش را نصب می‌کردند.چون شمار مسجدها زیاد شد، آن درها را به مسجدها آوردند و روی صورتها را تراشیدند.
احمد بن محمد قباوی می‌نویسد که امروز (سده ۶ق/۱۲م) از آن درها یکی مانده است.چون خواهی به سرای امیر خراسان روی، در دوم که از بقیت آن درهاست، اثر تراشیدگی بر روی آن مشهود است.
اصطخری از دروازه‌های بخارا با دقت یاد کرده است.
بیرون باروی شهر بخارا کهندزی در سمت شمال غربی وجود داشت که متصل به شهر، و خود شهر کوچکی بود.
سرای شاهان و امیران، زندان، دیوانهای شاهان، حرم و خزاین در آنجا بود.کهندز را حصارک ارگ نیز می‌نامیدند.ابوالحسن عبدالرحمان نیشابوری درباره بنای کهندز مطالبی ارائه کرده که بعضی نکات آن با افسانه و اسطوره‌های کهن آمیخته است.به روزگار مترجم کتاب تاریخ بخارا (۵۲۲ق/۱۱۲۸م) این حصار ویران شد، ولی در زمان ارسلان‌خان بار دیگر بنا گردید.اندکی بعد در ۵۳۴ق/۱۱۴۰م هنگامی که امیر زنگی علی خلیفه به فرمان سلطان سنجر والی بخارا بود، خوارزمشاه به بخارا رسید، او را کشت و حصار را ویران کرد که بیش از دو سال ویران بود تا در ۵۳۶ق که البتکین از جانب گورخان والی بخارا شد، دستور داد حصار بازسازی شود.در ۵۳۸ق بار دیگر حصار ویران شد و همچنان ویران ماند؛ در ۶۰۴ ق/۱۲۰۷م محمد خوارزمشاه آن را آباد کرد، تا اینکه در ۶۱۶ق/۱۲۱۹م لشکریان چنگیز آن را ویران کردند.
از در غربی حصار بخارا تا دروازه معبد، ریگستان نام داشت که سرای شاهان بود.
پیش از اسلام در ریگستان دژهایی وجود داشت.نصر بن احمد سامانی (حک ۳۰۱-۳۳۱ق/۹۱۴-۹۴۳م) برای خود در آنجا کاخی بنا کرد.پیش از در ورودی کاخ ۱۰ دیوانخانه قرار داشت که نرشخی از آن یاد کرده است.در نخستین سال فرمانروایی منصور بن نوح سامانی (حک ۳۵۰- ۳۶۵ق/۹۶۱-۹۷۶م) این کاخ به سبب حریق ویران، و سپس بازسازی شد.مقدسی می‌نویسد که در عهد او دارالملک در ریگستان روبه‌روی قلعه قرار داشت و او هرگز در جهان اسلام مشابه آن را ندیده بود،
تا سال ۳۶۰ق/۹۷۱م که از ریگستان به عنوان نمازگاه (مصلّی) استفاده شد.
در عهد سامانیان کاخ شاهی دیگری وجود داشت که بر کنار جوی مولیان احداث شده بود.کاخ به فرمان اسماعیل بن احمد (حک ۲۷۹- ۲۹۵ق/۸۹۲ - ۹۰۸م) بنا شد.این کاخ پس از سقوط دولت سامانی ویران گشت.در عهد منصور بن نوح، نمازگاه جدیدی احداث شد، زیرا نمازگاه ریگستان در روزهای معین گنجایش همه نمازگزاران را نداشت.
در ۳۶۰ق نمازگاه جدید، حدود نیم فرسنگ دورتر در کنار راه قصبه سامتین احداث گردید.آگاهی درباره محل این قصبه کافی نیست و محتمل است که این قصبه همان قشلاق سومتیان در محل آرامگاه چاربکر در ۶ کیلومتری بخارا باشد.
بنابر عادت قدیم، اهالی در مراسم مذهبی سلاح حمل می‌کردند، زیرا در عهد سامانیان، حمل سلاح در ماوراءالنهر معمول بود.
از توابع بخارا، کرمینه (بادیه خردک)، نور، طواویس (ارقود)، اسکجکت، زندنه، وردانه، افشنه، برکد، رامتین، ورخشه (فرخشه)، بیکند، فرب و دیگر جاها را می‌توان نام برد که شرح آنها به تفصیل در تاریخ بخارای نرشخی آمده است.
در بخارا بنابر معمول‌ِ ایران و آسیای مرکزی در دوره‌های پیش از اسلام، بازارها در خارج از حصار و کنار دروازه شهر واقع شده بودند که دروازه بازار نامیده می‌شدند.یکی از مشهورترین آنها بازار ماخ است که نرشخی از آن یاد کرده است.در سده ۳ق/۹م این بازار وجود داشت.سالمندان می‌گفتند که در قدیم اهل بخارا بت‌پرست بودند.از آن زمان در این بازار تندیسهایی می‌فروختند.نرشخی می‌افزاید که «حالا نیز همچنان مانده است». مؤلف خزائن العلوم می‌نویسد که در قدیم پادشاهی به نام ماخ بود.بازار به فرمان و به نام او ساخته شد که جایگاه بت فروشان بود.
اصطخری این نام را ماج نوشته است.
کریستن سن ضمن بحث پیرامون مسجد ماخ بر این عقیده است که ماخ احتمالاً صورتی از تلفظ ماه بوده است.
بخارا ۷ دروازه، قهندز (کهندز) دو دروازه، و ربض چند دروازه داشت که برشمردن و تعیین محل هر یک از آنها آسان نیست.
در بخارا به خلاف اکثر شهرهای ماوراءالنهر، قلعه درون شارستان نبود، بلکه در خارج آن نهاده بود.میان قلعه درونی و بیرونی، محوطه آزادی وجود داشت که از نیمه دوم سده ۲ق/۸م تا ۶ق/۱۲م مسجد جامع در آن واقع شده بود.می‌توان محل شارستان (شهرستان) را در محدوده شهر کنونی بخارا تا حدودی معلوم کرد، زیرا به نوشته اصطخری، میان شارستان و قهندز هیچ آب روان نیست و آب از رود بزرگ بردارند
طبق کشفیات شیشکین معلوم شده که مساحت شارستان ۳۵ هکتار، و حدود ۱۰ برابر قلعه بوده است.دروازه یا در عطاران در ضلع جنوبی، و در آهنین (باب الحدید) در ضلع شمال غربی شارستان نهاده بود
نرشخی نقشه شارستان را به روشنی به شرح آورده است.شارستان بخارا بعدها نیز اهمیت پیشین را از دست نداد و گمان می‌رود که در جنوب به سال ۵۱۵ق/۱۱۲۱م ساخته شده باشد.
نرشخی از وجود کارگاهی به نام بیت الطراز میان حصار و شارستان (شهرستان) نزدیک مسجد جامع یاد کرده‌است.
در بیت‌الطراز کارگاه بافندگی وجود داشت.منسوجات این کارگاه را به شهرهای شام و مصر و روم می‌بردند.
انواع گونه‌گون کالاهای بخارا نشانه‌ای از رشد بازرگانی آن سرزمین بود که بعضی از آنها در زندانها تولید می‌شد.
مقدسی در ضمن از نارساییهای بخارا یاد کرده، و از وجود و کثرت حریق در آن خبر داده است.
آن زمان به مراتب بیش از امروز در ساختمانها چوب به کار می‌رفت؛ حتی بخش فوقانی مناره مسجد اصلی شهر از چوب بود.در نتیجه، به سال ۴۶۰ق/۱۰۶۸م هنگامی که دو مدعی سلطنت به جان هم افتاده، قصد تصرف قلعه را داشتند، مناره دستخوش حریق شد و مسجد نیز به همراه آن سوخت.چندی بعد مناره با آجر پخته بازسازی شد.
درباره روستاهای بخارا، اصطخری و نرشخی هر دو مطالبی آورده‌اند؛ آنها به وجود کانالها (جویبارها) اشاره کرده، و از آنها نام برده‌اند.این کانالها از رود زرافشان برای آبیاری کشتزارها و باغها منشعب می‌شد.این جویبارها به نوشته نرشخی در عصر اسلامی حفر شده بودند.تاکنون نیز این جویبارها اغلب برجا مانده‌اند.
در مورد دیوار بخارا باید افزود که در سایه کوششهای سیتنیاکوفسکی بقایای دیوار بخارا کشف شد.این دیوار در عهد عباسیان وسیله‌ای برای حفاظت و دفاع از واحه بخارا در برابر هجوم ترکان و اقوام کوچنده بود.
بنا به نوشته نرشخی آغاز بنای دیوار سال ۱۶۶ق/۷۸۲م، و پایان آن سال ۲۱۵ق/۸۳۰م بوده است.
نرشخی در شرح بخارا به جوی مولیان، شمس آباد، ناحیه کشکتان و ربض بخارا اشاره کرده است.یکی از دیوارهای بخارا دیوار کنپرک (کنپیرک) است که بارتولد آن را دیوار پیرزن (به احتمال زن پیرک) نامیده است.بقایای دیوار تاکنون در شمال شرق شهر در مرز دشت میان بخارا و کرمینه باقی مانده است.
واحه بخارا در ۱۹۳۸م/۱۳۱۷ش به صورت یکی از استانهای جمهوری ازبکستان درآمد.استان بخارا شامل ۳۲% اراضی ازبکستان، و دارای ۱۱ بخش، ۳ شهر و ۹ شهرک است.مرکز استان شهر بخاراست.در شمال غرب استان، صحرای قزل قوم، و در جنوب آن دشت وسیعی واقع شده است که رود زرافشان از آن می‌گذرد.آبهای این رود در شن‌زارها فرو رفته، و دریاچه‌ای از آب شور پدید آورده است.غرب استان با جمهوری ترکمنستان هم مرز است.رود جیحون (آمودریا) از اراضی این استان می‌گذرد.جمعیت استان بخارا در ۱۹۸۵م/۱۳۶۴ش بالغ بر یک میلیون و ۱۷ هزار نفر بوده است.در ۱۹۹۳م/۱۳۷۲ش شمار اهالی به ۹۰۰، ۲۶۱، ۱نفر رسید.حدود ۳۶% اهالی در شهرها سکنی دارند.
از نوشته‌های متقدمان چنین برمی‌آید که اقوام آریایی در بخارا مقام داشتند.هرگاه نامهای جغرافیایی را نمادی از اقوام ساکن سرزمینها به شمار آوریم، نامهای ایرانی بخارا نشانه‌ای از وجود اقوام ایرانی در آن سرزمین است.نرشخی می‌نویسد: کیخسرو در دیه رامش آتشخانه‌ای (آتشکده) نهاد و مغان چنین گویند که آن آتشخانه قدیم‌تر از آتشخانه‌های بخاراست.
وی می‌نویسد: «اهل بخارا را بر کشتن سیاوش سرودهای عجیب است و مطربان آن سرودها را کین سیاوش گویند».
این مطالب و نامهای ایرانی بسیاری چون ورخشه (فرخشه)، پای‌کند (بیکند)، فرب، کوشک مغان و جز آن نموداری از وجود اقوام ایرانی در آن سرزمین است.
هفتالیان و کوشانیان نیز زمانی در بخارا سکنی داشتند که ریچارد فرای زبان آنان را ایرانی‌ِ کوشانی - باکتریایی (باختری) نوشته است.
اصطخری می‌نویسد: «زبان اهل بخارا زبان اهل سغد باشد».
در آثار مؤلفان اسلامی آمده است که قتیبه بن مسلم باهلی هنگامی که به بخارا آمد، فرمان داد تا اهل بخارا نیمی از خانه‌ها و املاک خود را به عربها واگذارند.
بدین‌روال، برخی گروههای عرب نیز در بخارا مقام کردند.ترکان، ازبکها و دیگر اقوام نیز در طول زمان بدین سرزمین روی آوردند.با این وصف، ساکنان اصلی بخارا را هنوز مردمی از تیره آریایی تشکیل می‌دهند که به زبان تاجیکی سخن می‌گویند.به عنوان نمونه از مجموع ۲۲۰ محله بخارا در ۱۹۳ محله تاجیکها زندگی می‌کنند.
گروه دیگری از ایرانی زبانان در بخارا سکنی دارند که آنان را فارس می‌نامند
وجود این گروه از مردم یادآور نوشته اصطخری است که «اصل مردم بخارا در قدیم قومی بودند که از اصطخر، آنجا انتقال کردند».
اینان که شیعه مذهبند، تا ۱۹۱۰م ایرانی نامیده می‌شدند.این گروه اکنون نیز خود را ایرانی می‌نامند، ولی در نوشته‌ها آنان را فارس می‌خوانند.این گروه به زبان تاجیکی سخن می‌گویند.
اقوام ترکی‌زبان از جمله ازبکها و قلموقها نیز گروه دیگری از مردم بخارا را تشکیل می‌دهند.
عربهای ساکن بخارا گرچه در میان تاجیکی زبانان مستحیل شدند، با این وصف، بخشی از آداب و سنتهای خود را حفظ کرده‌اند.اینان خود را عرب می‌شمارند و به قبیله‌های معینی از قبایل عرب منتسب می‌دانند.آنان که خود را از قبیله قریش می‌شمارند، در محله سلاّخ‌خانه سکنی دارند و میان خود ازدواج می‌کنند.
از دیگر گروههای قومی بخارا، یهودیان آسیای مرکزی هستند که به گویشی از زبان تاجیکی سخن می‌گویند.گفته می‌شود که این گروه از عهد باستان به بخارا آمدند و در سده ۶م جماعتی از ایشان در این سرزمین سکنی داشتند.
سوخاروا به نقل از اِوِرسمان می‌نویسد که یهودان بخارا حدود هزار سال قبل، از ایران به بخارا رفتند.
از دیگر گروههای قومی ساکن بخارا، روسها و تاتارها هستند.روسها از اواخر سده ۱۲ق/۱۸م و تاتارها در اوایل سده ۱۳ق/۱۹م به بخارا روی آوردند که شمارشان به ۲-۳ هزار تن می‌رسید.
بعضی اقوام قفقاز، از جمله لزگیها و ارمنیها که به تجارت اشتغال داشتند، در بخارا سکنی گزیدند.افغانها نیز از هرات و دیگر نواحی افغانستان به ماوراءالنهر و بخارا آمدند.
گروهی از قراقالپاقها نیز در بخارا سکنی دارند.پنبه، ابریشم و پوست قره‌کل از محصولات‌عمده بخاراست.صنایع استان برکشاورزی و دام‌پروری آن متکی است.
شهر بخارا مرکز استانی به همین نام است.تاریخ بنای شهر مشخص نیست.در رویدادنامه‌های چینی سده ۵م برای نخستین بار از این شهر یاد شده است.شهر بخارا در منطقه‌ای از غرب آسیای میانه واقع شده است که به ورارود (فرارود) و به عربی ماوراءالنهر شهرت داشته است.شهر در مسیر سفلای رود زرافشان و مرز دشت وسیع خوارزم بر سر راه بازرگانی واقع است که آسیای مرکزی را با آسیای مقدم، افغانستان، هندوستان، ترکستان شرقی و چین مرتبط می‌سازد.از دیگر نواحی ماوراءالنهر نیز راههای بازرگانی تا بخارا کشیده شده است.
در عهد نرشخی کنار حصار شهر نیزاری به نام دشتک وجود داشته که وی در کتاب خود از آن یاد کرده است.
از آن روزگار مردم بخارا کوشش فراوانی برای خشکانیدن اراضی باتلاقی نیزار مصروف داشتند.
آب شهر از رودخانه‌ای با نام شهر رود یا رودشهر تامین می‌شد که در قدیم آن را رودزر می‌نامیدند.این رودخانه، شاخه‌ای از رود زرافشان است.آب شهررود از جنوب دروازه مزار وارد شهر می‌شود و منطقه وسیعی را در برمی‌گیرد.شهررود بخارا را به دو بخش به تقریب برابر تقسیم می‌کند.از شهررود جویبارهای بسیاری منشعب، و به سراسر شهر گسترده شده است.بنابر محاسبه در سالهای ۱۹۲۵-۱۹۲۶م شمار شاخه‌های منشعب از این رود به ۲۲۰ می‌رسید.
در بخارا برای آبیاری، آبگیرها و استخرهای متعددی در طول زمان ساخته شده بود که حجم آنها را ۵۸۰، ۸۲متر مکعب نوشته‌اند.این آبگیرها را حوض می‌نامیدند.در شهر ۹۷ حوض شناخته شده است که از آن جمله‌اند: حوضهای میردوستوم، رشید، شیخ شاه، قتلق و بادام
بجز حوضها، چاه نیز از منابع تامین آب بخارا بوده است.
در مآخذ قدیم، آگاهی روشنی درباره شمار جمعیت شهر بخارا وجود ندارد.اغلب محققان در این زمینه به نوشته اصطخری که سفری به بخارا داشته است، استناد جسته‌اند: «در خراسان و ماوراءالنهر هیچ شهر انبوه‌تر از بخارا نیست».
وی ضمن شرح از بسیاری جمعیت بخارا می‌نویسد که غله بخارا کفایت نیاز اهالی را نمی‌کند و از دیگر جاها به آنجا غله می‌آورند.
در سده ۴ق/۱۰م جمعیت انبوهی در شهر سکنی گزیدند.آب و هوای شهر ناسالم شده بود.کوچه‌ها وسعت گرفتند.حال آنکه شهر گنجایش چنین جمعیت انبوهی را نداشت.مقدسی،
ثعالبی
و دیگران از وضع ناهنجار بخارا یاد کرده‌اند
در نیمه نخست سده ۱۳ق/۱۹م نظر محققان روسی درباره جمعیت بخارا متفاوت بوده است.بعضی شمار آن را ۶۰ هزار، و برخی ۱۰۰ هزار نوشته‌اند.
شمار جمعیت شهر را ۲۰۰ هزار و ۱۶۰ هزار نیز ذکر کرده‌اند.طبق محاسبه گریگوری اسپاسکی، در سده ۱۹م در بخارا ۴۰۰ محله مسکونی، و در هر یک ۵۰ خانه وجود داشت.در هر خانه ۳ خانوار ۴ نفره زندگی می‌کردند.وی با افزودن شمار ساکنان حجره‌های مدارس و کاروانسراها جمعیت بخارا را حدود ۲۵۰، ۲۴۹نفر تخمین زده است.
جمعیت شهر را در ۱۹۳۹م، ۵۰ هزار، در ۱۹۵۹م، ۶۹ هزار و در ۱۹۷۰م حدود ۱۱۲ هزار نفر نوشته‌اند.
بازارها، کاروانسراها و مراکز بازرگانی در ساختار شهر بخارا تاثیری بسزا داشته‌اند.در نیمه سده ۱۳ق/۱۹م در بخارا ۳۸ کاروانسرا وجود داشت که ۲۴ باب آن سنگی و ۱۴ باب از چوب ساخته شده بود.در سده ۲۰م شمار کاروانسراهای بخارا به ۶۰ باب فزونی یافت.
در میان تاسیسات فرهنگی شهر مدرسه‌ها و مساجد از اهمیت فراوان برخوردار بودند.شهر دارای چند مسجد جامع و نمازگاه برای نماز در اعیاد فطر و قربان بود.
جنب مساجد مکتب خانه‌های متعدد وجود داشت.در مساجد محل‌هایی برای وضو ساخته شده بود که به هنگام سرمای سخت زمستان، مردم برای نماز صبح با آب گرم وضو می‌ساختند.شیعیان بخارا، ۴ مرکز عبادت با نام حسینیه داشتند که در کوی‌های جان آفران، مرقوش، حوض بلند و توپخانه قرار داشت.یهودیان بخارا دو کنیسه داشتند که یکی در محله امیرآباد قدیم و دیگری در امیرآباد نو بود.در سده ۱۹م در بخارا ۱۰۳ مدرسه وجود داشت که ۶۰ مدرسه آن بزرگ و دارای حجره‌های متعدد بودند.
شمار گورستان‌های شهر بخارا را ۳۰ مزار نوشته‌اند.
بخارا شهر و سرزمین موزه‌ها و در واقع موزه‌ای است در فضای باز که آن را مرواریدی بر تارک آسیای مرکزی نامیده‌اند.
از سده ۶م همراه با آگاهیهای تاریخی پیرامون بخارا، آثار هنر معماری نیز در آن ظاهر شد.برای ارزشیابی آثار معماری شهر، کافی است از بیرون بدان نظر افکند تا ضمن قیاس با دیگر شهرها، ارزش و اهمیت بخارا مشخص شود.آنچه از بیرون جلب‌نظر می‌کند، حصار قلعه بخاراست که ما را به گذشته‌های دور رهنمون می‌گردد.
گرچه از روزگار نرشخی (۲۸۶- ۳۴۸ق/۸۹۹ -۹۵۹م) حدود ۱۱ قرن می‌گذرد، با وجود کشفیات باستان‌شناسی، هنوز دوران بسیار کهن بخارا چنانکه باید شناخته نیست.قلعه بخارا که ویرانه‌هایی از آن برجا مانده، نشانه‌ای از هجوم صحراگردان در سده ۷م است
این اثر تاریخی از نخستین آثار برجا مانده در بخاراست.باستان‌شناسان تاریخ بنای ارگ قلعه را حدود سده ۳ق م تخمین زده‌اند.
طی سده‌های دراز ارگ ویران شد و برجای آن تپه‌ای به ارتفاع ۱۸ متر پدید آمد که بعدها امیران بخارا بر قشر فوقانی تپه، بناهایی پدید آوردند.
مقابل ارگ، اثر تاریخی کهن دروازه معبد ریگستان نهاده شده است.
قلعه که به کهندز (قهندز) شهرت دارد، نموداری از اوضاع اجتماعی و اقتصادی بخارا در دوران پیش از اسلام است.در کنار قلعه، شهرستان (شارستان) و دیوارهای آن واقع است که در آغاز ۴ دروازه داشته، و سپس شمار دروازه‌های آن به ۷ رسیده است.این محل، بازار و مرکز پیشه‌وران و بازرگانان بود، ولی به محل ربض انتقال یافت.
در ۳۳۱ق/۹۴۳م در ریگستان کاخ دارالملک (سرای سلطان) بنا شد که در برابر آن ۱۰ دیوانخانه وجود داشت.
میان قلعه و شهرستان، مسجد جامع بنا شد که تاریخ آن را ۱۷۸ق/۷۹۴م دانسته‌اند.
از آثار قدیمی بخارا مقبره امیراسماعیل سامانی است که بیش از ۱۱۰۰ سال از تاریخ بنای آن می‌گذرد.معماری آرامگاه نمونه‌ای از تکامل این هنر، قدرت فنی و احساس هنرمندانی است که آن را پدید آورده‌اند.در ضمن این بنای استوار، بیانگر زندگی دولتمداران سامانی است.این بنا که به فرمان نصر دوم (۳۰۱-۳۳۱ق/۹۱۴-۹۴۳م) بنا شده است، به اضلاع ۸۰/۱۰ئ۷۰/۱۰ متر، و دارای ۴ دهانه است که از سبک و شیوه معماری ایران پیش از اسلام مایه گرفته است.این بنای آجری مشبک با نقشهایی از خورشید و ماه و ستارگان، از آثار هنری برجسته و کم‌نظیر است.
یکی از آثار معماری بخارا مناره کلان است که تاریخ بنای آن را ۵۲۱ق/۱۱۲۷م نوشته‌اند.قطر این بنای آجری در پایه ۹ متر است که تا عمق ۱۰ متر در زیرزمین مشخص شده است.ارتفاع آن از سطح زمین ۴۶ متر، و قطر بخش فوقانی آن ۶ متر است.در بالای مناره اتاقکی برای مؤذن منظور شده بوده است.مناره تا ۸۰۰ سال بدون نیاز به مرمت همچنان استوار بود.
در زیر مناره مجموعه‌ای با نام پای کلان وجود دارد که تاریخ بناهای متعدد آن را از سده ۶ تا ۱۰ق/۱۲ تا ۱۶م دانسته‌اند.مناره که در مرکز شهر قرار دارد، به فرمان ارسلان خان از دودمان قراختاییان بنا شده است.مجموعه پای‌کلان بجز مناره شامل مسجد کلان، مدرسه میرابراهیم، طاق زرگران، مدرسه الغ‌بیگ، مدرسه عبدالعزیزخان، تیم عبدالله‌خان و کتابخانه است.
از دیگر آثار تاریخی که به فرمان ارسلان‌خان امیر قراختایی ساخته شده، مسجد نمازگاه است که تاریخ بنای آن را سالهای ۵۱۳ -۵۱۴ق/ ۱۱۱۹-۱۱۲۰م دانسته‌اند.این مسجد ویژه اقامه نماز و مراسم عبادت در اعیاد فطر و قربان بود.بر دور محراب مسجد، خطوطی با تکرار جمله «الملک‌لله» و درون آن نام پیامبر (ص) و خلفای راشدین نقش شده است.
اثر دیگر مسجد مغاک عطار (عطاری) است. ضمن کاوشهای شیشکین در عمق ۱۲ متری، سفالینه‌هایی به دست آمد که احتمالاً متعلق به نخستین سالهای میلادی بوده است.گمان می‌رود مغاک عطار همان مسجد قرون وسطایی ماخ (ماه) باشد که مؤلفان اسلامی از آن یاد کرده‌اند.در این محل یکی از آتشکده‌های سابق واقع بوده است.
این مسجد که بنای نخستین آن به سده ۵ق/۱۱م باز می‌گردد، بارها دستخوش حریق و ویرانی شده است.بنای کنونی که از سالهای ۹۵۳-۹۵۴ق/۱۵۴۶-۱۵۴۷م برجا مانده، در گودالی به عمق ۶ متر ساخته شده است و به همین سبب، آن را مغاک نامیده‌اند.
کنده‌کاریهای سر در جنوبی مسجد و گچ‌بری و رنگ‌آمیزی آن درخور توجه است.
از دیگر آثار تاریخی و هنری بخارا مسجد بیان قلی‌خان یکی از خوانین مغول است که ۷۵۹ق/۱۳۵۸م در جریان شورش سمرقند کشته شد.این مسجد که در محل فتح‌آباد واقع شده، از آثار تاریخی سده‌های ۷ و ۸ق/۱۳ و ۱۴م است.سبک معماری این بنا، مشابه بنای پرستشگاههای بوداییان ماوراءالنهر است
از آثار معماری فتح‌آباد بخارا آرامگاه سیف‌الدین باخرزی است که درگذشت (۶۵۹ق/۱۲۶۱م) او را پیش از مرگ بیان قلی‌خان نوشته‌اند.این بنای مکعب شکل به ارتفاع ۷۰/۲۰ متر است که بر بالای آن گنبدی بیضی شکل نهاده شده است.
آرامگاه چشمه ایوب یکی دیگر از آثار معماری سده ۸ق/۱۴م است.این بنا که در ۷۸۲ق/۱۳۸۰م ساخته شد، در سده‌های ۱۰ تا ۱۳ق/۱۶ تا ۱۹م چند بار مرمت شد و توسعه یافت.این مقبره با دو گنبد مخروطی شکل، دارای اتاقهای متعدد، برای استراحت، پذیرایی و محل خواب زائران و تالاری ویژه عبادت آنهاست که در واقع به صورت خانقاه درآمده است.
گفته شده است که ایوب (ع) بدانجا رفت و برای بخارا دعای خیر کرد.این دعا سبب شد که بخارا بر دیگر شهرها فخر کند.نام فاخره بر بخارا از همین جا آمده است.
از آثار تاریخی بخارا در سده‌های ۷-۹ق/۱۳- ۱۵م مسجد و خانقاه شیخ صفی‌الدین بخاری است.از دیگر بناهای تاریخی بخارا مسجد بلند و خواجه زین‌الدین است که نمونه‌ای کامل از سبک معماری بخارا در عهد فرمانروایان شیبانی است.گنبد بزرگ این مسجد با رگه‌هایی که در آن دیده می‌شود، آمیزه‌ای از هنر محلی و هنر مغولی است.
مدرسه الغ‌بیگ از آثار معماری برجسته سده ۹ق/۱۵م است که در ۸۲۰ق/۱۴۱۷م به فرمان الغ‌بیگ احداث گردید و در ۹۹۴ق/۱۵۸۶م، زمان فرمانروایی عبدالله‌خان دوم بازسازی شد.این مدرسه که در مقابل مدرسه عبدالله‌خان واقع شده، نموداری از پیشرفت هنر معماری در بخاراست.بنابر کتیبه موجود، مدرسه الغ‌بیگ توسط شخصی به نام اسماعیل فرزند طاهر، نواده محمد معمار اصفهانی ساخته شد.
مدرسه عبدالعزیزخان که ۲۳۵ سال پس از بنای مدرسه الغ‌بیگ ساخته شده، یکی از شاهکارهای معماری عصر خویش است.آراستگی درون سقف گنبد، گچ‌بری و کنده‌کاریهای آن، به راستی مایه شگفتی است.
مسجد کلان که مسجد جامع شهر بخارا بوده، از نظر وسعت مشابه مسجد بی‌بی‌خانم در سمرقند است.
این مسجد که در سده ۱۰ق/۱۶م در پای مناره کلان احداث گردید، مسجد جمعه نیز نامیده می‌شد که به وسعت ۱۲۷ئ۷۸ متر و از بزرگ‌ترین مساجد آسیای مرکزی است.
از دیگر بناهای تاریخی بخارا مدرسه میرعرب است که مقابل مسجد کلان و کنار میدان واقع است.این مدرسه بزرگ دارای بیش از ۱۰۰ حجره است که توسط شیخ عبدالله یمنی، مشهور به میرعرب ساخته شده است.گفته شده است که هزینه بنای این مدرسه از درآمد فروش ۳ هزار اسیر شیعه ایرانی، توسط عبدالله‌خان شیبانی حاکم وقت بخارا ساخته شد.در بخش شمالی مدرسه مزار عبیدالله‌خان شیبانی و شیخ عبدالله یمنی مؤسس مدرسه قرار دارد.
طی سده‌های ۱۰ و ۱۱ق/۱۶ و ۱۷م در بخارا چند مجموعه ساخته شد که برجسته‌ترین آنها قوش مدرسه، چاربکر و لب حوض است.قوش به معنای جفت آمده است و هنگامی که از قوش مدرسه سخن می‌رود، دو مدرسه مقابل یکدیگر مطمح نظر قرار می‌گیرد که یکی مدرسه مادر عبدالله‌خان (مدرسه مادرخان) و دیگری مدرسه عبدالله خان است.بنای مدرسه مادرخان، طبق کتیبه منظوم آن در سالهای ۹۷۴- ۹۷۵ق/۱۵۶۶-۱۵۶۷م، و بنای مدرسه عبدالله‌خان در سالهای ۹۹۶- ۹۹۸ق/۱۵۸۸-۱۵۹۰م بوده است.
مجموعه قوش‌مدرسه در سالهای ۱۰۶۱-۱۰۶۲ق/۱۶۵۱-۱۶۵۲م با بنای مدرسه عبدالعزیزخان‌دوم کمال یافت که یکی‌از احساس برانگیزترین‌مجموعه‌های هنری بخاراست.
مدرسه عبدالعزیزخان از دیدگاه سبک معماری با مدرسه الغ‌بیگ متفاوت است.نام بعضی از استادانی که مدرسه عبدالعزیزخان را بنا کرده‌اند، در مدخل مدرسه باقی مانده است.اینان محمدصالح معمار، مولانا محمد امین خطاط و فرزندش، و نیز میم خاقان استاد کاشی کارند و به نظر می‌رسد که از استادان محلی بخارا بوده باشند.خطوط دیوارها را مولانا محمدامین با خط ثلث آماده کرد.این مطلب را محمدیوسف منشی در نوشته خود آورده است.
چاربکر که در ۵ کیلومتری شهر بخارا واقع شده، مجموعه هنری دیگری از سده ۱۰ق/۱۶م است.
این مجموعه شامل مدرسه، مسجد، خانقاه و باغ در کنار گورستان است.نماز یومیه و نیز نماز جمعه در مسجد این مجموعه برگذار می‌شد.طاق ایوان ورودی مسجد از نظر معماری بی‌مانند، و متناسب با گنبد مسجد است.باغ بزرگی این مجموعه را در برگرفته است.از اینجا دو ردیف درختان بید تا شهر امتداد دارد.
از آثار تاریخی سده ۱۰ق/۱۶م مجموعه خانقاه و آرامگاه شیخ بهاءالدین نقشبندی (د ۷۹۱ق/۱۳۸۹م) است که در ۹۵۱ق/۱۵۴۴م به فرمان عبدالعزیزخان دوم احداث، و گرد آن دیواری از مرمر کشیده شد که به صورت زیارتگاه درآمده است.
از بناهای تاریخی و آثار هنر معماری بخارا می‌توان به مدرسه کوکلتاش، بزرگ‌ترین مدرسه آسیای مرکزی اشاره کرد که به ابعاد ۸۰ئ۶۰ متر در نیمه دوم سده ۱۰ق/۱۶م ساخته شد.گنبد بزرگ و منحصر به فرد این مدرسه، شاخص است.مجموعه مدرسه گوکُشان (گاوکشان) با مناره زیبای آن، یکی دیگر از آثار تاریخی و هنری واقع در مرکز بخاراست.
از دیگر آثار تاریخی بخارا می‌توان به مجموعه لب حوض، مدرسه، مسجد و خانقاه دیوان‌بیگی با کاشی‌کاریهای بسیار زیبا، مدرسه عبدالعزیزخان، مدرسه چهارمنار، مسجد و مناره بالاحوض با ستونهای چوبی زیبا و تزیینات درونی آنها اشاره کرد.
در سده‌های ۲ و ۳ق/۸ و ۹م بغداد بزرگ‌ترین حوزه علمی مسلمانان و تنها مرکز علوم عقلی در محدوده ممالک اسلامی محسوب می‌شد.پس از بغداد حوزه‌های دیگری در جهان اسلام پدید آمدند که ماوراءالنهر یکی از آنها بود.
ابن ابی اصیبعه به نقل از فارابی گفته است که پس از ظهور اسلام تعلیم از اسکندریه به انطاکیه منتقل شد و چندی در آنجا ادامه یافت، تا آنکه از همه معلمان آنجا یک معلم باقی ماند که از او دو تن تعلیم یافتند: یکی از آن دو اهل حرّان، و دیگری از مرو بود.از معلم مرو نیز دو تن تعلیم یافتند که یکی از آن دو ابراهیم مروزی و دیگری یوحنا بن حیلان بود.
بعدها حوزه علمی انطاکیه به تشویق مسلمانان به بغداد انتقال یافت.
پس از بغداد حوزه‌های دیگری در جهان اسلام، از جمله اصفهان، ری و بخارا پدید آمد.کتابخانه عظیم بخارا در قصر سامانیان شهرتی بسزا داشت.ابن سینا و ثعالبی در باب بخارا و وصف آن از جهت رواج علم و دانش و حضور بزرگان علوم عقلی، بیانی مشبع دارند.
اینکه بخارا به صورت یکی از مراکز علمی ماوراءالنهر درآمد، مربوط به پیشینه تاریخی آن است.در تاریخ بخارا به اشعار و سرودهایی اشاره شده است که مردم بخارا در عشق سعید بن عثمان امیر خراسان بر خاتون بخارا به لهجه بخاری می‌خواندند.این و دیگر سرودهای مردم بخارا نمونه‌هایی از شعر و ادب در آن دیار بود.
عوفی می‌نویسد: نخستین کسی که شعر پارسی گفت، بهرام گور بود و «بنده در کتابخانه سر پل بازارچه بخارا دیوان او دیده است و در مطالعه آورده است و از آنجا اشعار نوشته و یاد گرفته» است.
از سده‌های ۲ و ۳ق/۸ و ۹م به بعد در بخارا حوزه‌های تدریس دایر بود.در شعری مربوط به عهد سامانی درباره بخارا چنین آمده است: امروز به هر حالی، بغداد بخاراست {} کجا میر خراسان است، پیروزی آنجاست.
از بزرگان و مشاهیر اسلامی، می‌توان به کسانی چون ابوعبدالله ابن ابی‌حفص، فقیه بزرگ بخارا
و ابن سینا (ه م) اشاره کرد.ابوعبدالله احمد بن محمد جیهانی مؤلف کتاب‌های آیین، المسالک و الممالک و بسیاری کتب دیگر، وزیر آل سامان در بخارا بود که ابن فضلان او را شیخ‌العمید نامیده، و در بخارا با او دیدار داشته است.
بلعمی مترجم تاریخ طبری نیز از وزیران دولت سامانی بود.رودکی و ابوشکور بلخی از بزرگان متقدم ادب فارسی در بخارا می‌زیستند.
از بزرگانی که در بخارا می‌زیستند، می‌توان از ابوالفتح بستی، ابوبکر بن احمد بن حامد فقیه، عبدالعزیز بن احمد بن صالح حلوانی امام حنفیه بخارا، قاضی عبدالرزاق ترکی، جوهری زرگر، عمعق بخارایی، سوزنی سمرقندی، حسن بن علی قطان مروزی، محمد بن جعفر نرشخی، ابونصر احمد بن محمد نصر قباوی و محمد بن محمد عوفی نام برد.
محمد بن احمد حسینی مورخ اخباری و از اکابر علم حدیث که کتاب القول الجلی فی ترجمه ابن تیمیه الحنبلی از اوست، از مردم بخارا بود.
از دیگر مشاهیر بخارا می‌توان اینان را نام برد: محمد بن اسماعیل حافظ بخاری از محدثان مشهور، ابوالطیب محمد بن علی بخاری،
عبدالله بن محمد مُسندی جُعفی، ابوزکریا عبدالرحیم ابن احمد تمیمی بخاری، محمد بن احمد بن سلیمان الغنجار بخاری، احمد بن علی بن عمرو سلیمانی بیکندی و عبدالرحمان بن محمد بن حمدون.
سمعانی نیز به گروهی از این مشاهیر اشاره کرده است.
از مشاهیر عارفان بخارا اینان را می‌توان نام برد: عزیزالدین نسفی، سیف‌الدین باخرزی و نواده‌اش ابوالمفاخر باخرزی که در بخارا مدفونند، بهاءالدین محمد نقشبندی، علاء منجم بخاری،
عبدالرحمان مشفقی ملک الشعرا،
محمدبن اسماعیل حافظ بخاری،
حمویه صاحب طواویس
و سیفی بخاری.
محمود هدایت شماری از بزرگان و شاعران بخارا را یاد کرده است.
معین‌الفقرا نیز در کتاب خود از بزرگان بسیاری نام برده است که یا بخارایی بودند و یا در بخارا می‌زیستند و در آنجا مدفون شدند.وجود گروه کثیری از شاعران و نویسندگان پارسی‌گوی و پارسی نویس که از سده‌های دور تا روزگار ما بوده‌اند و اکنون نیز هستند، نشانه‌ای بارز از گسترش زبان و ادب پارسی در سرزمین بخاراست.بخارا بی‌گمان از مراکز عمده فرهنگ و ادب پارسی و هنر ایرانی بوده است.
(۱) آرونوا، م‌ر و ک‌ز اشرافیان، دولت نادرشاه افشار، ترجمه حمید امین، تهران، ۱۳۵۲ش.
(۲) ابن ابی اصیبعه، احمد، عیون الانباء، بیروت، ۱۳۷۷ق/۱۹۵۷م.
(۳) ابن اثیر، الکامل.
(۴) ابن بطوطه، رحله، بیروت، ۱۴۰۷ق/۱۹۸۷م.
(۵) ابن حوقل، محمد، صوره الارض، لیدن، ۱۹۳۸م.
(۶) ابن خردادبه، عبیدالله، المسالک و الممالک، لیدن، ۱۳۰۶ق.
(۷) ابن فضلان، احمد، رساله، به کوشش سامی دهان، دمشق، ۱۳۷۹ق.
(۸) ابن ندیم، الفهرست.
(۹) اصطخری، ابراهیم، مسالک و ممالک، ترجمه کهن فارسی، به کوشش ایرج افشار، تهران، ۱۳۶۸ش.
(۱۰) اعتمادالسلطنه، محمدحسن، تاریخ منتظم ناصری، به کوشش محمداسماعیل رضوانی، تهران، ۱۳۶۳-۱۳۶۴ش.
(۱۱) امیرعالم خان، خاطره‌ها، به کوشش احرار مختارف، تهران، ۱۳۷۳ش.
(۱۲) بازورث، ک ا، سلسله‌های اسلامی، ترجمه فریدون بدره‌ای، تهران، ۱۳۴۹ش.
(۱۳) بخارایی، شمس، تاریخ بخارا، خوقند و کاشغر، به کوشش محمداکبر عشیق، تهران، ۱۳۷۷ش.
(۱۴) بلاذری، احمد، فتوح البلدان، به کوشش دخویه، لیدن، ۱۸۶۶م.
(۱۵) بلنیتسکی، آ، خراسان و ماوراءالنهر (آسیای میانه)، ترجمه پرویز ورجاوند، تهران، ۱۳۶۴ش.
(۱۶) بنداری اصفهانی، فتح، زبده النصره، مختصر تاریخ آل سلجوق عمادالدین کاتب، قاهره، ۱۹۷۴م.
(۱۷) بیرونی، محمد، الا¸ثار الباقیه، به کوشش زاخاو، لایپزیگ، ۱۹۲۳م.
(۱۸) ثعالبی، عبدالملک، یتیمه الدهر، بیروت، ۱۴۰۳ق/ ۱۹۸۳م.
(۱۹) جوینی، محمد، تاریخ جهانگشای، به کوشش محمد قزوینی، لیدن، ج ۱، ۱۳۲۹ق/۱۹۱۱م، ج ۲، ۱۳۳۴ق/۱۹۱۶م.
(۲۰) چرمی، داوود، ازبکستان، تهران، ۱۳۷۵ش.
(۲۱) خافی خان نظام‌الملکی، محمدهاشم، منتخب اللباب، کلکته، ۱۸۶۸- ۱۸۶۹م.
(۲۲) دینوری، احمد، الاخبار الطوال، به کوشش عبدالمنعم عامر، قاهره، ۱۹۶۰م.
(۲۳) رشیدالدین فضل‌الله، جامع التواریخ، به کوشش محمد روشن و مصطفی موسوی، تهران، ۱۳۷۳ش.
(۲۴) رضا، عنایت‌الله، ایران و ترکان در روزگار ساسانیان، تهران، ۱۳۶۵ش.
(۲۵) زمانی، حسین، مقدمه و حاشیه بر سفرنامه بخارا (هم).
(۲۶) سامی، عبدالعظیم، تاریخ سلاطین منغیتیه، به کوشش یپیفانوا، مسکو، ۱۹۶۲م.
(۲۷) سفرنامه بخارا، به کوشش حسین زمانی، تهران، ۱۳۷۳ش.
(۲۸) سفرنامه مارکوپولو، ترجمه منصور سجادی و آنجلادی جوانی رومانو، تهران، ۱۳۵۰ش.
(۲۹) سمعانی، عبدالکریم، الانساب، به کوشش عبدالله عمر بارودی، بیروت، ۱۴۰۸ق/۱۹۸۸م.
(۳۰) شعبانی، رضا، حاشیه و تعلیقات بر حدیث نادرشاهی، تهران، ۱۳۷۶ش.
(۳۱) صابی، هلال، تحفه الامراء فی تاریخ الوزراء، بیروت، ۱۹۰۴م.
(۳۲) صفا، ذبیح‌الله، تاریخ ادبیات در ایران، تهران، ج ۱ و ۲، ۱۳۵۶ش، ج ۳ (۲)، ۱۳۶۶ش.
(۳۳) صفا، ذبیح‌الله، تاریخ علوم عقلی در تمدن اسلامی، تهران، ۱۳۳۶ش.
(۳۴) طاهری، ابوالقاسم، جغرافیای تاریخی خراسان از نظر جهانگردان، تهران، ۱۳۴۸ش.
(۳۵) طبری، تاریخ.
(۳۶) عبدالرزاق سمرقندی، مطلع سعدین و مجمع بحرین، به کوشش عبدالحسین نوایی، تهران، ۱۳۷۲ش.
(۳۷) عشیق، محمداکبر، حاشیه و تعلیقات بر تاریخ بخارا.
(۳۸) عوفی، محمد، لباب الالباب، به کوشش ادوارد براون، لیدن، ۱۳۲۱ق/ ۱۹۰۳م.
(۳۹) غفورف، باباجان، تاجیکان، ترجمه محمد نیازف، دوشنبه، ۱۹۹۷م.
(۴۰) فردوسی، شاهنامه، ج ۸، به کوشش رستم علی اف، مسکو، ۱۹۷۰م، ج ۹، به کوشش آ برتلس، مسکو، ۱۹۷۱م.
(۴۱) فضل‌الله بن روزبهان خنجی، مهمان‌نامه بخارا، به کوشش منوچهر ستوده، تهران، ۱۳۵۵ش.
(۴۲) فلسفی، نصرالله، زندگانی شاه عباس اول، تهران، ۱۳۳۲ش.
(۴۳) گردیزی، عبدالحی، زین الاخبار، به کوشش عبدالحی حبیبی، تهران، ۱۳۴۷ش.
(۴۴) محمدکاظم، عالم آرای نادری، به کوشش محمدامین ریاحی، تهران، ۱۳۶۴ش.
(۴۵) محمود، محمود، تاریخ روابط سیاسی ایران و انگلیس، تهران، ۱۳۳۳ش.
(۴۶) مدرس، محمدعلی، ریحانه الادب، تهران، ۱۳۶۹ش.
(۴۷) مدرس رضوی، محمدتقی، تعلیقات بر تاریخ بخارا.
(۴۸) مشکور، محمدجواد، جغرافیای تاریخی ایران باستان، تهران، ۱۳۷۱ش.
(۴۹) معین‌الفقرا، احمد، تاریخ ملازاده (در ذکر مزارات بخارا)، به‌کوشش احمد گلچین معانی، تهران، ۱۳۳۹ش.
(۵۰) مقدسی، محمد، احسن التقاسیم، لیدن، ۱۹۰۶م.
(۵۱) منهاج سراج، طبقات ناصری، به کوشش عبدالحی حبیبی، تهران، ۱۳۶۳ش.
(۵۲) میرخواند، محمد، روضه الصفا، تهران، ۱۳۳۹ش.
(۵۳) نرشخی، محمد، تاریخ بخارا، ترجمه احمد بن محمد قباوی، تلخیص محمد بن زفر، به کوشش محمدتقی مدرس رضوی، تهران، ۱۳۵۱ش.
(۵۴) نظامی عروضی، احمد، چهار مقاله، به کوشش محمد قزوینی و محمد معین، تهران، ۱۳۳۳ش.
(۵۵) واصفی، محمود، بدایع الوقایع، به کوشش الکساندربلدروف، تهران، ۱۳۴۹-۱۳۵۰ش.
(۵۶) وامبری، آ، تاریخ بخاری، به کوشش احمد محمود ساداتی و یحیی خشاب، قاهره، ۱۹۶۵م.
(۵۷) وصاف، تاریخ، چ سنگی، بمبئی، ۱۲۶۹ق.
(۵۸)هاشمی گلپایگانی، محمد موسی، ابنیه و آثار تاریخی اسلام در ماوراءالنهر، ترجمه بهرام شادابی، تهران، ۱۳۷۹ش.
(۵۹) هدایت، رضاقلی، ملحقات تاریخ روضه الصفای ناصری، تهران، ۱۳۳۹ش.
(۶۰) هدایت، محمود، گلزار جاویدان، تهران، ۱۳۵۳ش.
(۶۱) یاقوت حموی، بلدان.
(۶۲) یعقوبی، احمد، تاریخ، بیروت، ۱۳۷۹ق/۱۹۶۰م.
(۶۳) Ashurov، Ya S et al، Bukhara، kratki o spravochnik، Tashkent، ۱۹۶۳.
(۶۴) Barthold، WW، Sochineniya، Moscow، ۱۹۶۳-۱۹۶۸.
(۶۵) Belyaev، EA، Araby، Islam i arabski o khalifat v rannee srednevekov'e، Moscow، ۱۹۶۶.
(۶۶) BSE ۳.
(۶۷) Christensen، A، X Die Mosch E e ‘ُ in Buh r n، Orientalistische Litteratur-Zeitung، ed FE Peiser، Berlin، ۱۹۰۴.
(۶۸) Dani، AH، X Alexander's Campaign in Central Asia n، History of Civilizations of Central Asia، Paris، ۱۹۹۴، vol II.
(۶۹) Frye، RN، Bukhara، the Medieval Achievement، New York، ۱۹۶۵.
(۷۰) Gafurov، B G، Tadzhiki، Moscow، ۱۹۷۲.
(۷۱) Gershevitch، I، A Grammar of Manichean Sogdian، Oxford، ۱۹۶۱.
(۷۲) Gumilev، LN، Drevnie Tyurki، Moscow، ۱۹۶۷.
(۷۳) Henning، WB، Selected Papers، Hommages et opera minora، Acta Iranica، Leiden/Tehran، ۱۹۷۷.
(۷۴) Iranica.
(۷۵) Istoriya Bukhari، ed IM Muminov، Tashkent، ۱۹۷۶.
(۷۶) Jenkinson، A، Early Voyages and Travels to Russia and Persia، ed ED Morgan and C H Coote، New York، ۱۹۶۷.
(۷۷) Kratkaya geograficheskaya entsiklopediya، Moscow، ۱۹۶۰.
(۷۸) Le Strange، G، The Lands of the Eastern Caliphate، London، ۱۹۶۶.
(۷۹) Mankovskaya، L Yu X Zhemchuzhini Otechestvennoi kulturi n، Bukhara، a Museum in the Open، Tashkent، ۱۹۹۱.
(۸۰) Marquart، J، Er n l ahr، Berlin، ۱۹۰۱.
(۸۱) Petrushevski o I P، Istoriya Irana، Moscow، ۱۹۷۷.
(۸۲) Pribytkova، AM، Pamyatniki arkhitekturi Srednei Azii، Moscow، ۱۹۷۱.
(۸۳) Pugachenkova، GA and LI Rempel، Vydayushchiesia، Pamyatniki arkhitektury Uzbekistana، Tashkent، ۱۹۵۸.
(۸۴) Pulatov، T، X Vizhdondek barha M t shahar n، Bukhara، a Museum in the Open، Tashkent، ۱۹۹۱.
(۸۵) Smirnova، OI، Ocherki iz istorii Sogda، Moscow، ۱۹۷۰.
(۸۶) Sovetski o entsiklopedicheski o slovar'، Moscow، ۱۹۸۷.
(۸۷) Staviski o، B Ya، Mezhdu Pamirom i Kaspiem، Moscow، ۱۹۶۶.
(۸۸) Sukhareva OA، Bukhara XIX-nachalo XX v، Moscow، ۱۹۶۶؛
دانشنامه بزرگ اسلامی، مرکز دائرة المعارف بزرگ اسلامی، برگرفته از مقاله «بخارا»، شماره۴۵۴۴.
