حوزه علمیه سامرا در شهر سامرا که در دورهای یکی از مراکز علمی مهم شیعیان بود. در سال ۱۲۹۱ق. سیدمحمدحسن شیرازی در سامرا اقامت گزید و در آنجا حوزه علمیه تأسیس کرد. با حضور شاگردان و علمای بزرگ در سامرا، مکتب خاصی در فقه و اصول شکل گرفت که به مکتب سامرا شهرت یافت. فتوای تحریم تنباکو میرزای شیرازی از حوزه علمیه سامرا صادر شد. در این حوزه به تربیت و خودسازی و تهذیب نفس حوزویان همراه با سایر آموزشهای اخلاقی پرداخت.
حوزه سامراء نیز همانند حوزه نجف مرکز پرورش انسانهای وارستهای در طول حیات خویش بوده و از این حوزه بزرگانی برخاستند که هر کدام تحولی در عالم اسلام و حوزهها بوجود آوردند که در قرون اخیر میتوان از میرزای شیرازی اول - صاحب فتوای تحریم تنباکو - و میرزا محمدتقی شیرازی - صاحب فتوای حماسی جهاد با انگلیس _ نام برد.
در این حوزه نیز به پرورش و پالایش جان حوزویان همراه با سایر آموزشها توجهی خاص میشده است تا آنجا که نوشتهاند: مرحوم میرزای شیرازی که دارای تعدادی کثیر از شاگردان مبرز و مجتهد بود، همیشه قبل از درس به یکی از شاگردان میگفتند قسمتی از (مواعظ) و کلمات سازنده مولا امیرالمومنین (علیهالسّلام) را بخواند تا زمینه فهم درست و نورانیت درون و صفای باطن برای مسائل علمی فراهم گردد.
و این خود نکتهای بسیار بلند و ارزنده است که باید حوزویان از آن الهام بگیرند.
علاوه بر این درسهای رسمی اخلاق توسط استوانههای علمی و عملی آن حوزه و جود داشته است که به چند نمونه اشاره میکنیم: مرحوم آقا بزرگ در شرح حال ملا علی نهاوندی مینویسد: آواز بزرگان علم اخلاق و از مشاهیر عرفاء به شمار میآمد و در حوزه سامراء دارای کرسی درس بود و گروه کثیری در آن درس شرکت میکردند. ایشان همواره بر تهذیب و تزکیه آنان تکیه میکرد و با ارشاد و وعظ و نصیحت به آنها تذکرات میداد و در این زمینه از هیچ کوششی دریغ نمیکرد.
همچنین در شرح حال آخوند ملا علی دماوندی مینویسد: ایشان جزء نخستین مهاجرین به سامراء بود و از محضر آیتالله شیرازی کسب فیض میکرد و در عین حال خود از مربیان طلاب به شمار میآمد و دارای حوزه درس اخلاق بود که گروهی همانند: مرحوم سید عزیزالله تهرانی و شیخ حسنعلی تهرانی و غیره در آن شرکت میجستند.