طبق روایتی از امام صادق(علیه السلام) نام‌گذاری این مسجد بدان جهت بوده که در آن‌جا درختفضیخ قرار داشت. فضیخ به نوعی شیره خرما ـ یا نبیذ خرما ـ نیز اطلاق شده است.
بر اساس نقل‌های موجود، رسول خدا(صلی الله علیه وآله) در این مسجدنماز فراوان خوانده و در برخی از روایات امامانِ معصوم نیز توصیه به خواندن نماز در آن‌جا شده است.
با توجه به آن‌چه که در تواریخ مدینه آمده، این مسجد یکی از پر زائرترین مساجد مدینه در گذر تاریخ بوده و بیشتر مورّخان و جغرافی‌دانان این شهر، در قرون مختلف، از آن یاد کرده اند.
بر اساس تواریخ موجود، نام دیگر این مسجد، مسجد رد شمس است. درباره نام‌گذاری آن به ردّ شمس یا شمس گفته‌اند که در جریان محاصرهقلعهبنی نضیر، رسول خدا(صلی الله علیه وآله) هنگام عصر، در حالی که سرش روی زانوی امیرمؤمنان، علی(علیه السلام) بود، به خواب رفت، نزدیک غروبخورشید بیدار شد و وقتی متوجه گردید که علی(علیه السلام) هنوز نماز عصر را نخوانده، از خداوند خواست خورشید را بازگرداند تا او نماز بگزارد. این روایت را به نام حدیث ردّ شمس میشناسند و جمعی از راویاناهل سنّت نیز آن را نقل کرده‌اند. برخی از منابع، به عمد یا غفلت، نوشته‌اند که وجه نام‌گذاری آن به شمس به این خاطر است که بر بلندی بوده و پیش از نقاط دیگر، ابتدا نورخورشید بر آن می‌تابیده است!
نام دیگر این مسجد، مسجد بنی نضیر است که به مناسبت نزدیکی آن به محل استقرار یهودیان بنی نضیر، بعدها این نام هم بر آن اطلاق شده است.[[روایت|
روایتی]] هم که در کتاب کافی نقل شده
نشان می‌دهد که محل رد شمس همان مسجد فضیخ است. جایی که اکنون در کنار وادی به نام مسجد شمسشهرت دارد و آثار مسجد بودن آن محو گشته و یک چهار دیواری بدون درِ ورودی است؛ جایی که به نظر محمد الیاس عبدالغنی، مسجد فضیخ یا شمس می‌باشد و در عوض، مسجد فضیخ فعلی، مسجد بنی قریظه است.
خیّارینویسندهکتابمعالم المدینة المنوره نیز مسجد شمس را در جای دیگری ـ جز جایی که فعلا مسجد فضیخ خوانده می شود ـ دانسته و از اهالی قربان که همه شیعه هستند، این مطلب را نقل کرده که مسجد شمس در قربان است. او می‌افزاید: این مسجد در شرقمسجد قبا بر تلّ مرتفعی بر کناره وادی قرار دارد و به همین جهت مسجد شمس نامیده می‌شود؛ زیرا که خورشید در وقت طلوع بر آن طلوع می‌کند؛ اما اکنون خراب شده است. وی می‌افزاید: با پرس و جو از اهل محل، بر من ثابت شد که مسجد شمس جدای از مسجد فضیخ است؛ چون مسجد شمس در قربان است و فاصله آن تا عوالی که مسجد فضیخ در آن قرار دارد و در کنار حرّه شرقی است، زیاد است.
در پاورقی همان‌جا آمده است که اکنون این مسجد از بین رفته و فقط یک چهار دیواری بر آن باقی مانده است.
در واقع، اگر سخن عبدالغنی درست باشد، بخشی از سخن خیّاری که مسجد شمس را همانی دانسته است که شیعیان در شرقمسجد قبا به او نشان داده‌اند، درست است؛ اما باید افزود که مسجد شمس یاد شده، همان مسجد فضیخ است و بنابراین، آن‌چه اکنون به نام مسجد فضیخ شهرت دارد، جایی جز مسجد بنی قریظه نیست.
