نشانه دو دسته فعالیت تفسیری است: ۱. آثاری که به صورت حاشیه و تعلیقه بر تفسیرهای مشهور بوده است؛ ۲. آثار مستقل در زمینه علم تفسیر . در این دوره شاهد تفاسیر فراوانی به زبان فارسی هستیم که منشا تحول ادبی در ادبیات فارسی به شمار می‌آیند.
نمونه‌هایی از تفاسیر مستقل این دوره: ۱. جامع البیان فی تفسیرالقرآن تالیف محمدبن عبدالرحمان بن محمدحسینی صفوی شیرازی (م ۹۰۶ق) است. این تفسیر در یک جلد و به زبان عربی با شیوه کلامی و ادبی با بهره گیری از احادیث فریقین شیعه و سنی تدوین یافته است. ۲. تفسیر آیات الاحکام اثر ملا شرف الدین علی بن محمد شیفتکی (م ۹۰۷ق). ۳. تفسیر علامه دوانی ، نوشته متکلم معروف، جلال الدین محمد بن اسعد صدیقی دوانی (م ۹۰۸ق) که در مقام رفع معضلات چند آیه شریفه از آیات قرآن و به شیوه عرفانی و فلسفی تاویل شده است. ۴. جواهرالتفسیر تالیف مولا کمال الدین حسین (م ۹۱۰ق) مشهور به واعظ کاشفی. این تفسیر به نام‌های تفسیر العروس و تفسیر الزهراوین (نام دو سوره بقره و آل عمران) نیز شهرت دارد. امروزه نسخه‌های متعددی از این تفسیر در دست است؛ از جمله شش نسخه خطی از این تفسیر در کتابخانه آستان قدس رضوی وجود دارد. ۵. تفسیر شبستری اثر برهان الدین ابراهیم بن حسن شبستری ملقب به سیبویه ثانی (م ۹۱۷ق) که به شیوه عرفانی و تا پایان سوره یوسف است. ۶. تفسیر تستری اثر سید ضیاءالدین نورالله از علمای شوشتر (م ۹۲۵ق) در یک جلد، به زبان عربی و به شیوه کلامی-روایی است. ۷. تفسیر الهی اردبیلی ، تالیف جمال الدین حسین معروف به الهی اردبیلی (م ۹۵۰ق) که در دو مجلد به زبان فارسی است. ۸. تفسیر آیة الکرسی اثر سید محمد معروف به فخرالدین حسینی استرآبادی امامی (م حدود ۹۵۲ق) درباره آیة الکرسی به زبان فارسی است. ۹. تفسیر شهید ثانی به قلم شیخ زین الدین معروف به شهید ثانی (شهید ۹۶۶ق) فرزند نورالدین علی بن احمد عاملی جبعی ، در یک جلد به زبان عربی و به شیوه روایی-کلامی است. ۱۰. منهج الصادقین نوشته مولا فتح الله شریف کاشانی فرزند ملاشکرالله، معروف به ملا فتح الله کاشانی (م ۹۸۸ق) به زبان فارسی و در پنج جلد است که نسخه‌ای خطی از آن در کتابخانه آستان قدس نگهداری می‌شود.
