زنجان شهری است که در دوران خلافت عثمانی فتح و به «زنجان» تغییر نام داد. به طوری که در کتب اولیه اسلامی نظیر حدود العالم و احسن التقاسیم قید گردیده، شهری آباد و پر نعمت و از جمله شهرهای م فتوحة العنوة (سرزمین‌هایی که با پیروزی‌های نظامی به دست آمده‌اند.) بوده است. در قرن چهارم و پنجم که سال مهاجرت قبایل تُرک نژاد به ایران است، به علت چراگاه‌های وسیع و گسترده مورد توجه قبایل مذکور قرار گرفته و قبایل مختلفی از ترکان در زنجان و نواحی مختلف آن به خصوص در چمن «کنگرلند» که بعدها به «سلطانیه» معروف شده است، مسکن گزیدند.
[۱]جمعی از محققین و پژوهش‌گران ایرانی و خارجی، جغرافیای کامل ایران، ج۱، ص۷۲۳ـ۷۲۴.
بعد از فتح زنجان و ترغیب مردم به تشیع و اسکان قبایل ترک در آن حوزه علمیه زنجان تاسیس شد اما با حمله مغول به رکود رفته تا در قرن دوازهم بار دیگر به شکوفایی و گسترش روی آورد و امروز با حدود بیش از ۴۵۰ روحانی در آن شهر به حیات خود ادامه می‌دهد.
نخستین دوره حوزه علمیه زنجان نیز همزمان با اسکان قبایل ترک در این سامان است. حال آیا در بین مهاجران عالمان بزرگ شیعی بودند تا حوزه زنجان را به پا دارند یا خود شهر در این دوره به چنان مرحله علمی رسیده بود، دقیقاً معلوم نیست.
[۳]حقیقت، عبدالرفیع، تاریخ نهضت‌های ملی ایران، ص۱۰۷.
و موجب شکوفایی علوم اسلامی در این سامان گشت و حوزه شیعی زنجان تا قرن هفتم تداوم یافت. ۲. عالمی دیگر که آقابزرگ تهرانی از آن یاد می کند، «حسین بن محمد زنجانی» مجاور حرمین شریفین
[۴]آقابزرگ تهرانی، محمدمحسن، طبقات اعلام الشیعه، الثقات العیون، ج۲، ص۸۱.
است. ۳. «ناصر» فرزند «نصر بن هبة‌الله بن نصر زنجانی» (علامه طهرانی احتمال دیگری هم در مورد این شخصیت علمی می‌دهد، که شاید او از اکراد حله باشد.)
[۵]آقابزرگ تهرانی، محمدمحسن، طبقات اعلام الشیعه، الثقات العیون، ج۲، ص۳۱۷.
از عالمان شیعه قرن ششم زنجان می‌باشند. ۴. «ابوالبقاء هبة‌الله بن ناصر» از علمای زنجان می‌باشد که از پدرش نقل حدیث می‌کند. ۵. «شیخ ابومظفر لیث بن سعد بن لیث اسدی»، ساکن زنجان از دیگر عالمان حوزه علمیه زنجان است که شیخ منتجب‌الدین در الفهرست خود از وی به عنوان فقیه، صالح، ناظم و ناثر یاد می‌کند.
این دوره که از قرن هفتم تا دوازدهم را شامل است دوره رکود حوزه علمیه زنجان است. قتل و غارت مغول به فجیع‌ترین وضعی که خاص خودشان بود، از عوامل عمده این رکود علمی است.
[۷]حقیقت، عبدالرفیع، تاریخ نهضت‌های ملی ایران، ص۵۲۸.
این دوره که از قرن دوازدهم تا قرن پانزدهم را شامل است، عصر شکوفایی این حوزه شیعی تلقی می‌گردد. در این دوره فقهای بزرگی پا به عرصه حیات می‌گذارند و حوزه علمیه زنجان علاوه بر تربیت طلاب شهر به پرورش دانشجویان علوم دینی که از آذربایجان و قفقاز به این حوزه مهاجرت کرده‌اند همت می‌گمارند. و تعداد قابل توجهی مدرسه علمیه تاسیس می‌گردد،
[۱۳]آقابزرگ تهرانی، محمدمحسن، طبقات اعلام الشیعه، الکرام البررة، ج۲، ص۸۲۷.
۴. شیخ اسدالله فرزند علی‌اکبر زنجانی (۱۳۵۴ـ۱۲۸۲ق) ۵. شیخ محمدباقر زنجانی (متوفی ۱۳۴۱ق) ۶. میرزا محمدباقر زنجانی (متوفی ۱۳۲۲ق) ۷. سیدمحمدجواد زنجانی اغلب دانشمندان این دوره که سطوح عالی را در حوزه نجف اشرف از شیخ انصاری و مجدد شیرازی فرا گرفته‌اند، در نجف مانده و به زادگاه خویش بازنگشته‌اند. در عین حال حوزه زنجان در قرن چهاردهم عالمان بیشتری را در خود پرورش داده و به غنای قابل توجهی دست یافته است. در قرن دوازدهم که اغلب عالمان این حوزه تا دوره سطوح را طی کرده و اشتهار آنها در علوم ادبی و فنون شعری است، در قرن چهاردهم به علومی چون فقه و ریاضیات و فلسفه آراسته می‌گردند.
امام جمعه زنجان (حجت‌الاسلام و المسلمین حاج سیدمحمود حسینی موسوی) که در سال ۱۳۰۹ق تولد یافته بود از فرزانگانی چون ملا سبزعلی و شیخ جواد طارمی، فقه و اصول و از علامه میرزا مجید زنجانی، منظومه حکمت و اسفار را آموخته، آنگاه در درس خارج آقا شیخ غلامحسین فقیه زنجانی و آخوند ملا قربان‌علی، مجتهد معروف زنجان حاضر شد. سپس به نجف اشرف مهاجرت و درس خارج آقا سیدکاظم یزدی، شریعت اصفهانی و نایینی را درک کرده و به جهت رحلت پدرش به زنجان بازگشت. لیکن وی به جهت اشتیاق زاید الوصفی که به علوم دینی داشت دیگر بار به نجف مراجعت و به مقام اجتهاد نایل آمد. آنگاه به زادگاه خویش بازگشته و به ارشاد مردم پرداخت. مبارزه با حزب توده و پیشه‌وری از دیگر فعالیت‌های دوره مرجعیت محلی وی محسوب می‌گردد.
آیت‌الله میرزاعبدالرحیم مجتهد زنجانی (۱۳۶۵ـ۱۲۸۲ق) از دیگر عالمان و عارفان و فقیهان عالم اسلامی است که عمر را به ریاضت، جهاد و اجتهاد پرداخته و به مقامات معنوی و علمی نایل آمد. وی از دانشمندانی است که علاوه بر حوزه زنجان، حوزه نجف و سامرا را درک کرده و در درس آیات عظام شیخ حسن مامقانی، میرزا حبیب‌الله رشتی و میرزا محمدحسن شیرازی و آخوند خراسانی حاضر شد و در سال ۱۳۱۲ق از آیت‌الله آخوند خراسانی اجازه اجتهاد گرفت و راهی زنجان گردید. وی در زنجان به جبهه طرفداران مشروطیت پیوسته و به تدریس مباحث فقه و اصول پرداخته و قضاوت در زنجان را بر عهده گرفت. کتاب «قضا و شهادات» «شرحی بر صلوة از منظومه» علامه بحرالعلوم، و «تقریرات اصول آخوند خراسانی» و حاشیه بر رساله عملیه آیت‌الله میرزا محمدتقی شیرازی برخی از تالیفات ایشان است.
«آیت‌الله سیدمحمد بن سیدمحسن موسوی (۱۳۵۵ـ۱۲۸۴ق)» از دیگر فقها و حکمای الهی زنجان در این دوره هستند که حوزه زنجان، تهران و نجف را درک کرده و از آخوند خراسانی اجازه اجتهاد دریافت داشته است. آنگاه به زنجان مراجعت نموده و با تشکیل حوزه درس در تقویت حوزه علمیه زنجان کمال سعی را انجام دادند. تا در سال ۱۳۵۵ق از دنیا رفته و جنازه‌اش به کربلا منتقل و در رواق حضرت ابوالفضل (علیه‌السّلام) به خاک سپرده شد. «آیت‌الله آقا شیخ فیاض (۱۳۶۰ـ۱۲۸۵ق)» هم از جمله عالمان فرزانه‌ای است که جامع معقول و منقول بوده و تالیفاتی در فلسفه و فقه داشته است. ثقة المحدثین و جمال السالکین حاج ملا آقاجان از دیگر عالمان وارسته این خطه است که صاحب کرامات عدیده است. (حجة‌الاسلام محمد شریف رازی از خادم مدرسه‌ای هم نام می‌برند که چون حاج ملا آقاجان به حضرت ولی عصر (عجّل‌الله‌تعالی‌فرجه‌الشریف) عشق می‌ورزیده به ملاقات آن جناب نایل آمده است.)
حضرت آیت‌الله حاج سیدموسی شبیری زنجانی (متولد حدود ۱۳۴۷ق) از دیگر عالمان سترگ این دیار هستند که اینک در حوزه علمیه قم به تدریس درس خارج و تحقیق و تالیف اشتغال دارند.
[۳۷]هدایت، صادق، آشنایی با ستارگان هدایت، ص۱۰۳ـ۱۰۴.
«آقا شیخ فاضل قفقازی (متولد ۱۳۰۹ق)» از دانشوران مهاجری است که در این دوره از لنکران، به اردبیل آمده و سطوح فقه و اصول را نزد آخوند ملا محمدتقی و حاج میرزا علی‌نقی تحصیل کرده است.
هم اکنون در زنجان حدود چهارصد و پنجاه روحانی وجود دارد. حوزه علمیه آن به صورت شورایی اداره می‌شود و برنامه‌های آن با حوزه علمیه قم هماهنگ است. مرکز حوزه علمیه زنجان، مدرسه جدید التاسیس امام صادق (علیه‌السّلام) است. نظارت عالی بر حوزه، با امام جمعه محترم آنجاست و اساتید آن همه بومی هستند. در این حوزه ۶۰ نفر از خواهران طلبه نیز به تحصیل اشتغال دارند. ۱۱ نفر از طلاب زنجان در جنگ تحمیلی به شهادت رسیدند که مرحوم حجت‌الاسلام حاج شیخ اکبر بیگدلی با ۶۲ سال سن کهن سال‌ترین آنهاست.
[۳۹]مجله پیام حوزه، برگرفته از مصاحبه با اامام جمعه زنجان، زمستان ۱۳۷۴، شماره ۸، ص۹۳ـ۱۰۳.
