شیراز در سال۷۴ هجری به دست مسلمانان فتح شد. هجرت امام رضا به ایران خیل عاشقان ولایت و سادات علوی را راهی ایران نمود که برخی از آنان در شیراز به دست حاکمان عباسی به شهادت رسیدند. تاریخ پیدایش حوزه علمیه شیراز به قرن دوم با روی کار آمدن آل بویه باز می‌گردد و با به قدرت رسیدن صفویان و افزایش قدرت تشیع حوزه علمیه شیراز نیز رو به گسترش پا نهاد و تا به امروز این راه را ادامه داده است.
این دوره از قرن دوم شروع و تا قرن دهم ادامه می‌یابد. حکومت آل بویه موجب شکوفایی حوزه علمیه شیراز در این دوره است و برخی از فقها و حکیمان از این دیار به کاروان دانش می‌پیوندند. اواسط قرن چهارم هجری شیراز به تصرف دیلمیان درآمده و تشیع به عنوان مذهب رسمی مورد توجه قرار گرفته است.
[۱]افسر، کرامت‌الله، تاریخ بافت قدیمی شیراز، ص۴۴ـ۴۷.
برخی از مشاهیر حوزه علمیه شیراز هستند که با حوزه علمیه نجف در ارتباط می‌باشند و بعضی از آنها خود از اساتید حوزه نجف محسوب می‌گردند. این روند در قرن ششم نیز ادامه دارد
صفویان در نشر تشیع در ایران هر چند پیشگام نیستند و برخی دیگر از حکومت‌های شیعه چون آل بویه و علویان بر آنان پیشی دارند، لیکن آنها در دایره گسترده‌تری تمدن اسلامی و فرهنگ شیعی را نشر داده‌اند. آغاز دوره دوم حوزه علمیه شیراز با استقرار دولت صفوی آغاز و تا قرن پانزدهم ادامه می‌یابد.
از بزرگان این دوره «صدرالمتالهین شیرازی» و «حاج میرزا محمدحسن» معروف به «میرزای شیرازی» است که هر چند هیچ کدام در شیراز اقامت دایم نداشته‌اند، لیکن نام شیراز را به عنوان دیاری شیعی که فرزانگانی در فلسفه و فقه را به جهان تشیع عرضه نموده است در خاطره‌ها زنده می‌کنند. به خصوص میرزای شیرزای که نهضت ضد استعماری تنباکو را به وجود آورد و قدرت دینی عالمان شیعه را به نمایش گذاشت.
از اواخر قرن سیزدهم هجری حوزه علمیه شیراز شاهد تعداد قابل توجهی از دانشمندان فرزانه در فقه و اصول و معارف الهی است که برخی از آنان با موضع‌گیری در مقابل شیخیه کرمان، کتاب‌هایی را در ردّ فرقه شیخیه به رشته تحریر درآورده‌اند و برخی بر ضد استعمار انگلیس موضع‌گیری نموده مردم را علیه آنان بسیج نموده‌اند. بعضی از مشاهیر دانشمندان شیراز به قرار زیر هستند:
۲۷. حضرت آیت‌الله ناصر مکارم شیرازی (متولد ۱۳۴۷. ق/۱۳۰۵ ش.)، معظم له مقدمات و سطح را در حوزه علمیه شیراز به پایان رساند، سپس در حوزه علمیه قم و نجف سطوح عالی را از محضر آیات عظام بروجردی، علامه طباطبایی و دیگران فرا گرفت و به مقام رفیع اجتهاد نایل آمد. ایشان علاوه بر تالیف و تدریس در حوزه و مباحث فقهی و اصولی با نگارش کتاب‌هایی در رد اصول فلسفه مارکسیست و تبیین مبانی عقیدتی، اقتصادی و حقوقی اسلام پاسخگوی نسل جوان گردید و اینک در حوزه قم یکی از اساتید فقه و اصول و تفسیر قرآن کریم محسوب می‌شوند که صدها جلد کتاب و مقاله در زمینه‌های گوناگون علمی به رشته تحریر درآورده‌اند. قواعد الفقهیه، انوار الاصول و نظارت بر تفسیر نمونه برخی از آنهاست.
