و از قرن اول هجری کانون تشیع در ایران محسوب شد. چنان‌که پس از شهادت امام سجاد (علیه‌السّلام) مردم کاشان پیرو فرزند ارشد او امام محمدباقر (علیه‌السّلام) گشتند و امام فرزند خود علی بن محمدباقر (علیه‌السّلام) را برای رهبری مردم به کاشان فرستاد، لیکن آن حضرت به دست مخالفان به شهادت رسید.
در اغلب موارد تاریخی با حضور ائمه یا فرزندان و یا اصحاب ایشان در شهرهای نمختلف اسلام و بالاخص شیعه رو به گسترش می گذارد. یکی از این شهرها کاشان می‌باشد که با حضور اصحاب ائمه شاهد پیدایش حوزه علمیه در این شهر می‌باشیم. از قرن هشتم با به قدرت رسیدن سلطان محمد خدابنده حوزه کاشان رو به رشد نهاده و تا قرن پانزدهم هجری قمری این رشد و رونق ادامه پیدا کرده است.
با توجه به تاریخ تشیع در کاشان دوره نخست حوزه علمیه کاشان به عصر امامت می‌رسد. در این دوره جمعی از اصحاب امامان شیعه در کاشان زیسته و علوم اسلامی را در آن سامان رواج داده‌اند.
رونق تشیع در قرن چهارم توسط بویهیان، باعث می‌شود که حوزه علمیه کاشان نیز به موازات رشد جمعیت شیعه، مراحل کمال را طی کند و این روند را در قرن ششم به سی دانشمند فرزانه رساند.
که از مهم‌ترین آنها علامه فقیه و مفسر و محدث بزرگ «قطب راوندی» است. انحطاط این دوره در قرن هفتم با حمله سپاه مغول در دو نوبت بین سال‌های ۶۲۱ و ۶۳۹ قمری اتفاق می‌افتد.
[۱۸]جوینی، عطاملک، تاریخ جهانگشای جوینی، ج۲، ص۱۶۹.
این دوره از قرن هشتم با حکم‌فرمایی سلطان محمد خدابنده (۷۰۳ـ۷۱۶ق) و پسرش آغاز می‌شود. شمار عالمان دینی به هشت نفر افزایش می‌یابد و در قرن نهم به یازده نفر می‌رسد. و با استقرار صفویان حوزه علمیه کاشان نیز چون دیگر حوزه‌های علمیه شیعه رو به رشد نهاده و در قرن دهم تا دوازدهم ده‌ها عالم شیعی پا به عرصه وجود می‌نهند. از ویژگی‌های این دوره شکوفایی فلسفه، کلام و ریاضیات و دیگر علوم متداول است. حال آنکه در دوره نخست بیشتر به حدیث و علوم نقلی توجه می‌شد. هرچند در قرن دوازدهم سپاه افغانکاشان را تحت نفوذ خود در می‌آورند لیکن در اندک مدتی از بین رفته و حوزه به روند خود ادامه می‌دهد. از این پس حوزه کاشان در علم فقه پیشرفت شایسته‌ای نموده و فقهای بزرگ و مجتهدان وارسته‌ای را پرورش می‌دهد که «ملااحمد نراقی» (۱۱۸۵ـ۱۲۴۵ق)، و برادرش «ملامهدی بن ملامحمد نراقی» (۱۲۰۹ـ۱۲۶۸ق) از آن جمله‌اند
«حوزه علمیه مصطفویه»، «میانچال» و «امام خمینی» از مدارس دایر این حوزه است. با توجه به این نکته که سابقه حوزه علمیه کاشان به عصر امامت می‌رسد، باید آن را یکی از حوزه‌های موفق شیعه خواند که در اثر حوادث روزگار از بین نرفته و تا قرن پانزدهم هجری قمری به حیات فرهنگی خود ادامه داده است.
