"تفسیر باطنیه" تفسیری است که بر اساس مذهب باطنیان مبتنی بر اشتمال قرآن بر ظهر و بطن ، به تبیین و تفسیر باطن قرآن می‌پردازد. باطنیه با استفاده از آیاتی از قرآن مانند: (فضرب بینهم بسور له باب باطنه فیه الرحمة وظاهره من قبله العذاب)؛ "آنگاه میان آنها دیواری زده می‌شود که آن را دروازه‌ای است باطنش رحمت است و ظاهرش روی به عذاب دارد "
و نیز روایاتی مانند فرمایش پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم : "ما نزلت علی من القرآن آیة الا و لها ظهر و بطن" معتقدند قرآن ظاهر و باطن دارد، و مراد اصلی، باطن قرآن است نه ظاهرش؛ و با این اعتقاد ، تفسیر خویش را به بیان باطن قرآن اختصاص داده‌اند. تفسیر باطنیه، تفسیری بر اساس ایجاد نوعی مماثله بین دو معنای ظاهری و باطنی است که نه تنها از نظر لغت و [۲] ارتباطی میان آنها نیست، بلکه هیچ گونه مؤیدی از جانب شرع نیز ندارد؛ برای مثال، اینان در تفسیر خویش، وضو را موالاتامام معصوم دانسته، تیمم را تبعیت از شخص ماذون در عصر غیبت ، و غسل را تجدید عهد معنا می‌کنند.
باطنیان که به فرقه سیاسی شبیه تر بوده‌اند تا فرقه مذهبی ، امامت را پس از امام صادق علیه‌السّلام حق اسماعیل فرزند بزرگ آن حضرت دانسته، برای کسب قدرت، عقاید خاص مذهبی را بهانه قرار می‌دادند و مخفیانه تبلیغ می‌کردند، و در اندک مدتی دعوت ایشان نمونه کامل خلع شریعت با استناد به تاویل دلخواه در قرآن و سنت و احکام شد.
باطنیان در فکر مستندی از عقل و نقل برای آرای تفسیری خود نبودند؛ بلکه تفسیر قرآن تابع اراده رهبران آنان بود و در هر زمان برحسب میل خود آن را به گونه‌ای تفسیر می‌کردند.
