می توان نتیجه گرفت که وی در دهه شصت قرن اول هجری، احتمالا میان سالهای ۶۰ تا ۶۵، به دنیا آمده است. با توجه به اینکه خاستگاه و اقامتگاه قبیلهنامدارثقیف از دیرباز شهر طائف بوده است و پدر و نیای یوسف بن عمر در این شهر می زیسته اند،
[۳۴]عبدالمجید محمدصالح کبیسی، عصر هشام بن عبدالملک: ۱۰۵ـ ۱۲۵ه، ص۱۲۰ـ۱۲۷.
). در آن زمان فرستاده‌ی یوسف بن عمر ثقفی نزد وی بود و خلیفه فرمان حکومت عراق را برای ثقفی با نامه‌ی کوچکی همراه با نامه‌ی رسمی دولت، بدون اطلاع دیگران، با همان فرستاده برای او فرستاد.
خلیفه در نامه اش به یوسف بن عمر او را فرمانروای جدید عراق و خراسان کرد و به وی دستور داد هر چه سریع تر همراه با سی تن راهی کوفه شود و کسی را از مقصدش آگاه نکند.
او در نخستین خطبه خود مردم عراق را تهدید کرد و به دستور هشام بن عبدالملک، به دستگیری و شکنجه کردن خالدبن عبداللّه قسری (حاکم پیشین ) و کارگزارانش، که بالغ بر ۳۵۰ تن بودند، پرداخت.
یوسف بن عمر بسیاری از عاملان سابق عراق را دستگیر و برای گرفتن مال بیشتر، آنها را بشدت شکنجه کرد تا حدی که جمع زیادی از آنان، مانند بلال بن ابی بُرْدَة بن ابی موسی اشعری حاکم بصره، در زندانوفات یافتند و تعدادی نیز تحت تعقیب قرار گرفتند.
[۷۱]عبدالمجید محمدصالح کبیسی، عصر هشام بن عبدالملک: ۱۰۵ـ ۱۲۵ ه، ص۱۳۳.
فرمانروای عراق در شهر واسط خالدبن عبداللّه قسری را زندانی کرد و پس از اصرار فراوان و کسب اجازه از خلیفه اموی، خالد را به شدت شکنجه داد و مبلغ کلانی از وی گرفت
ثقفی نخست کوفه و سپس واسط را محل اقامت خود قرار داد و پس از یک سال اقامت در این شهر به حیره بازگشت و آنجا را قرارگاه خویش کرد تا به کوفه، مرکز مخالفان اموی، نزدیک باشد.
[۸۱]عبدالمجید محمدصالح کبیسی، عصر هشام بن عبدالملک: ۱۰۵ـ ۱۲۵ ه، ص۱۳۵.
زید بن علی پس از مخالفت علنی با هشام بن عبدالملک و نبردهای شجاعانه با سپاهیان اموی، در صفر سال ۱۲۱ و به روایتی ۱۲۲، هنگام مصاف با سپاه ثقفی به سرداری عباس بن سعید مُزَنیّ به شهادت رسید.
اما در زمان خلافتولید بن یزید، موفق شد خالد بن عبداللّه قسری را از خلیفه به مبلغ پنجاه میلیون درهم بخرد و با خود به عراق ببرد و پس از شکنجه بسیار، در محرّم ۱۲۶ او را در حیره به قتل رساند.
[۸۳]خلیفه بن خیاط، تاریخ خلیفة بن خیاط، روایة بقی بن مخلد قسم۲، ص۵۴۶.
وی دستور داده بود در ضربسکهها دقت بسیار شود؛ ازاین رو، سکه های عصر وی، به نام یوسفیه، شهرت فراوان داشت و از بهترین نوع سکه‌ها به شمار می رفت. او جاعلان سکه را به شدت تنبیه می کرد.
ولید به دلایلی ــ که شاید نظر منفی ثقفی به خلیفه یکی از مهم ترین آنها بوده است ــ قصد داشت وی را معزول سازد و پسر عموی او، عبدالملک بن محمد بن حجاج بن یوسف ثقفی، را به جای او تعیین کند؛
[۱۳۵]ذهبی، تاریخ الاسلام و وفیات المشاهیر والاعلام، حوادث و وفیات ۱۲۱ـ۱۴۰ ه، ص۳۱۶-۳۱۷.
ازاین رو او را به دمشق فرا خواند. ثقفی با اموال عظیمی راهی شام شد. در راه حسان نبطی او را از قصد خلیفه آگاه کرد و ثقفی با پخش کردن اموال زیادی بالغ بر پانصد هزار درهم در میان اطرافیان و درباریان خلافت اموی، توانست مقام خود را حفظ کند.
ثقفی پس از شش سال حکومت بر عراق (از ۱۲۰تا۱۲۶) به فرمان خلیفه جدید اموی، یزید بن ولید معروف به ناقص (متوفی ۱۲۶) ــ که کمتر از شش ماه خلافت کـرد (۲۸ جمادی الاخر ـ ۵ ذیحجة ۱۲۶) ــ عزل و منصور بن جُمهور کلبی جانشین او شد. ثقفی با شنیدن این خبر متواری گردید و مدتی در منزل عمر بن محمد بن سعید بن عاص پنهانی اقامت کرد. در این مدت همچنان امید داشت به حکومت باز گردد. وقتی کاملاً نا امید شد، ناگزیر به کمک دوستانش و در رأس آنها سلیمان بن سلیم بن کیسان مخفیانه کوفه را ترک کرد و از راه سماوه ـ بَلْقاء (واقع در مشرق اردن فعلی )، به شام و به میان افراد خاندانش رفت.
[۱۳۸]خلیفه بن خیاط، تاریخ خلیفة بن خیاط، روایة بقی بن مخلد قسم۲، ص۵۵۳.
وقتی یزید بن ولید از مخفیگاه او مطّلع شد، سپاهی مرکّب از پنجاه سوار به سوی وی گسیل داشت. آنان او را که در میان زنان حرم‌سرا و با لباس زنانه پنهان شده بود، دستگیر کردند و نزد خلیفه بردند. خلیفه، پس از توبیخ او، دستور داد که وی را در بازداشتگاه خضرا زندانی کنند.
ثقفی در مدت خلافت یزید بن ولید و در هفتاد روز از خلافت برادر یزید، ابراهیم بن ولید، در زندان به سر برد تا اینکه چند روز پیش از ورود مروان بن محمد، واپسین خلیفه اموی معروف به مروان حمار ، به دمشق در ۱۲۷، همراه با دو فرزند ولید، در همان زندان به دست یکی از موالیخالد بن عبداللّه قسری به نام ابوالاسد و به دستور یزید بن خالد بن عبداللّه قسری به خونخواهی پدرش کشته شد.
[۱۴۷]خلیفه بن خیاط، تاریخ خلیفة بن خیاط، روایة بقی بن مخلد قسم۲، ص۵۵۶.
