آیة الله اراکی در این سالها با امام خمینی آشنا شد. وی علاقه خاصی به امام خمینی داشت و هماره از فعالیتهای سیاسی ایشان علیه رژیم پهلوی پشتیبانی مینمود.
به دنبال اعلامیه کوبنده امام خمینی در سال ۱۳۴۱، علیه لایحه کاپیتولاسیون و قوانین غیر اسلامی مصوب مجلس شورای ملی، آیة الله اراکی نیز به پشتیبانی ایشان اعلامیهای صادر کردند و خواستار لغو مصوبات مخالف اسلام شدند.
پس از دستگیری و تبعیدامام خمینی، در سال ۱۳۴۲، آیة الله اراکی هماره از ایشان حمایت میکرد. عکاسی هما، عکسی از امام در خیابان ارم زده بود. حضرت آقا (آیة الله اراکی) که از فیضیه بر میگشتند، وقتی نگاهشان به آن عکس افتاده بود، فرموده بودند: قسم میخورم که صاحب این عکس اگر در کربلا میبود، در رکاب امام حسین ـ علیه السلام ـ به شهادت میرسید.
وقتی به منزل میآمدند و ما اطلاعیهها را برایشان میخواندیم، بسیار گریه میکردند و اشک شوق و نشاط از شنیدن این اطلاعیهها، میریختند ...
آیة الله اراکی در پی دستگیری و تبعید امام به نجف، همان سال به عراق و نجف رفت و در مدت اقامت تماماً میهمان حضرت امام بود این در حالی بود که آقا از سوی رژیم تحت فشار قرار گرفته بود و از سوی دیگر جواب میهمانی افراد دیگر را رد کرده بود ایشان با افتخار میهمانی امام را پذیرفت و بدون ترس و اضطراب چند روزی را در آن جا اقامت کرد.
اولین ملاقات امام با ایشان در کربلا بود، در ابتدا که وارد حرم حضرت ابو الفضل ـ علیه السلام ـ شد حضرت امام در حال خروج از حرم بود حدود پانزده سال بود که همدیگر را ندیده بودند. آن دو یکدیگر را در آغوش گرفتند و آقای اراکی شروع به گریه کرد و سپس این جمله را فرمود: با آل علی هر که در افتاد ور افتاد. بعد دوباره شروع به گریه کرد ... حجة الاسلام شهاب الدین اشراقی، داماد امام میگوید: امام به من گفتند: بغض گلویم را گرفته بود و نتوانستم پیش آقای اراکی بایستم ...
آیة الله اراکی درباره آشنایی خود با امام خمینی میفرماید:
«حضرت آقای خمینی یک مدتی را در اراک بودهاند و در حوزه آن جا تحصیل میکردند و حتی منبر میرفتهاند، من در آن مدت با ایشان آشنا شدیم و یکی از هم صحبتهای بنده بودند. گاهی اتفاق میافتاد از منزل تا میدان کهنه قم نزدیک شاهزاده حمزه این راه را به همراه هم طی میکردیم و ضمن صحبتها و مباحثهها بر میگشتیم و این مسأله بسیار اتفاق افتاد، با هم خیلی مأنوس بودیم.
آن اوایل که وارد قم شدم ایشان به من اظهار کرد شما یک درس تفسیر صافی برای من بگویید تفسیر صافی با اصول و فقه و اصطلاحات آن مناسبتی ندارد و لذا چون من با آن اصطلاحات مأنوس نبودم چند شب تدریس کردم اما دیگر نرفتم، ایشان هم اصراری نکردند ...
ایشان مرد بسیار جلیلی است و شناختم او را به جلالت؛ بسیار مرد پاکی است، پاک، پاکی نفس دارد، پاکی ذاتی و درونی دارد و این بر همه خلق معلوم شده است.
ما در مدت پنجاه سال که با این شخص بزرگ آشنایی پیدا کردهایم، جز تقوا و دیانت و سخاوت و شجاعت و شهامت و بزرگی نفس و بزرگی قلب و کثرت دیانت و جدّیت در علوم نقلی و عقلی و مقامات عالی و ... در او نیافتیم. این مرد ـ قدّ مردانگی علم کرد و در مقابل کفر ایستادگی کرد و دست غیبی هم با او همراهی کرد، به طوری که محیر العقول بود و هیچ خانهای و هیچ زاویهای از زوایای این مملکت باقی نماند مگر که گفته شد مرگ بر شاه. او جان در کف دست گذاشته است و در مقابل تبلیغقرآن و دین حنیف اسلام جانبازی میکند. جان در کف گذاشته و حاضر به شهادت شده است. خداوند یک قوه غریبی در این مرد خلق فرموده که به هیچ احدی نداده. هم چنین جرأتی، چنین شجاعتی و دیدی به او داده است که به احدی نداده، او مانند جدش علی بن ابی طالب است. یک چنین کسی کمیاب است کم نظیر است و نظیر ندارد.»
آیة الله اراکی در طول بیش از ۳۵ سال تدریس در حوزه علمیه قم، پیچیدهترین مباحث علمی را با گفتاری شیوا و بیانی رسا مطرح میکرد. از ویژگیهای درس ایشان پرهیز از تکرار و زیاده گویی بود. کلام را گزیده و پر معنی اداء میکرد. اعتقادش بر این بود که طالب علم باید قبل از حضور در درس، مطالعه نماید.
آیة الله اراکی پس از وفاتآیة الله سید محمد تقی خوانساری (متوفای ۱۳۷۱) به درخواست شماری از شاگردان او، به تدریس خارج فقه و اصول پرداخت. بسیار از استادان برجسته حوزه علمیه قم و مسؤولان نظام جمهوری اسلامی سالها از محضر ایشان کسب فیض نمودند.
آیة الله اراکی پیش از انقلاب، نماز جمعه را در قم اقامه میکرد. «ایشان همانند یک جلسه درس، برای نماز جمعه و خطبههای آن مطالعه میکردند ... رفته رفته نماز جمعه رونق بیشتری گرفت و با جمعیت بیشتری برگزار گردید و امامت ایشان بر نمازجمعه تا بعد از انقلاب که حضرت امام به قم آمدند، ادامه داشت. حضرت امام در مدتی که در قم بود روزی به منزل ایشان آمد. آیة الله اراکی به امام خمینی فرمود شما الآن دستتان باز است و مقتدر هستید، چون در زمان حکومت اسلامی قرار دارید شما باید اقامه نماز جمعه کنید. ولی امام به ایشان فرمود شما نماز جمعه را باید اقامه کنید. لذا مدتی نماز را با شکوه تمام اقامه کردند.»
آیة الله اراکی در طول هشت سال دفاع مقدس، از رزمندگان اسلام پشتیبانی نمود. ایشان درباره جنگ تحمیلی فرمودند:
«نظریه من هم مثل آقای خمینی است. آقای خمینی و همه علما نظرشان این است که هرگاه اسلام در خطر باشد، باید تمام مسلمانان در مقام دفاع، برآیند، هر کس که میتواند ... جنگ همان دفاع است و پاسداران هم همان جنگ جویان هستند که از حقیقت اسلام حمایت میکنند و ...
إِنْ تَنْصُرُوا اللَّهَ یَنْصُرْكُمْ وَ یُثَبِّتْ أَقْدامَكُمْ و پاسدارها جزو همین آیه هستند.»
آیة الله اراکی پس از رحلتامام خمینی و انتخاب حضرت آیة الله خامنهای به رهبری انقلاب با ارسال پیامی، از انتخاب ایشان به رهبری انقلاب اظهار خوشحالی نمودند. پس از رحلت امام خمینیاستکبار جهانی به امید مخالفت و یا بی اعتنایی مراجع تقلید شیعه نسبت به انتخاب آیة الله خامنهای به رهبر انقلاب، به وسیله رادیو، تلویزیون و مطبوعات به تضعیف رهبری نظام برخاستند. اما حمایت مراجع تقلید شیعه، به ویژه آیة الله العظمی اراکی که حدود چهل سال از آیة الله خامنهای بزرگتر بودند، امید دشمنان انقلاب اسلامی را به یأس مبدل ساخت. ایشان در بخشی از پیام خود چنین مرقوم داشت.
«انتخاب شایسته جنابعالی به مقام رهبری جمهوری اسلامی ایران مایه دلگرمی و امیدواری ملت قهرمان ایران است، شکی نیست که در موقعیت حساس کنونی حفظ نظام جمهوری اسلامی که از اهم واجبات شرعی است، متوقف به این امر مهم میباشد. اینک این جانب با ابتهال و تضرح به درگاه ربوبی و با استغاثه به ناحیه مقدسه حضرت ولی عصر (عج) دوام تأییدات و توفیقات آن جناب را در انجام این مسؤولیت بسیار سنگین خواستارم».
آیة الله اراکی به عبادت خیلی اهمیت میداد. قبل از اذان صبح بیدار میشد، هر روز یک جزء قرآن میخواند در ماه رمضان روزانه سه جزء قرآن میخواند. در نافله هایشب های جمعه، در قنوت، دعای کمیل میخواند.
وقتی به ایشان پیشنهاد کردند که نماز جماعت را به خاطر افراد کهنسال و مریض، زیاد طول ندهید، فرمودند: از من پیرتر و ضعیفتر، در نماز کسی هست؟!
استاد محمود شاهرخی، از شاعران شهیر انقلاب درباره دیدارش با آیة الله اراکی میگوید:
«در خلال شبهای شعرفیضیه به محضر حضرت آیة الله العظمی اراکی ـ دامت برکاته ـ مشرف شدیم چه دیداری! سخت بهجت خیز و عبرت انگیز! دیدار مردی بزرگ که آثار گذشت زمان بر سیمای مبارکش پدیدار بود و انوار معرفت از پیشانی روشنش ساطع. او مظهر و جلای روحانیت سخت کوش شیعه میباشد. در اتاقی محقر و سادهتر از ساده، آن بزرگ را دیدار کردیم که با ضعف مفرط مزاج، لباس رسمی پوشیده و بر روی چهار پایهای استقرار یافته بود.
پس از به جای آوردن معارفه، آن بزرگ سخنانی مبسوط و ممتّع و مواعظی رسا و بلیغ ایراد کرد که همگان را سخت متأثر ساخت، که از غایت شور و تأثیر بیانات ایشان اکثر حاضران اشک از دیدگان جاری ساختند. مکرر به ابیاتی از عارفان صاحبدل، از جمله شیخ شیراز و شیخ شبستری و شیخ بهایی استشهاد و استناد میفرمود و خود میگریست ...»